Stage 6

Developmental timeline and staging designations for Smed embryogenesis. Timeline: days (d) post egg capsule deposition at 20˚C. Gray bars indicate time windows for RNA-Sequencing samples. Double headed arrows: time windows for Stages (S) S1-S8.

 


 

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Overview

 

D7-D9. Organogenesis and morphogenesis. Definitive organ formation. Temporary embryonic cell types degenerate. Embryo elongation. [ PMID:28072387 ]

 

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Stage Description

 

Spherical embryos begin to flatten and elongate, with the anterior head margin becoming apparent. The posterior portion of the embryo usually appears larger and more bulbous than the head prior to formation of the tail stripe, a muscular septum connecting the dorsal and ventral surfaces that bifurcates the posterior gut. Embryos remain unpigmented and immotile during S6. Differentiation of the definitive organ systems continues. Parenchymal epidermal progenitors are abundant and are more densely packed on the dorsal side of the embryo, and are often more numerous in the anterior. Fusiform muscle cells, once uniformly distributed across the sphere, become more densely packed on the presumptive dorsal side of the elongating animal. The gut cavity, still filled with yolk, is ovoid and largely unbranched. Differentiated gut cells expressing embryonic gut markers are detected through S6; gut cells expressing definitive gut markers increase during S6. The definitive pharynx develops beneath the degenerating temporary embryonic pharynx on the ventral side of the embryo, near the presumptive posterior pole. Aggregations of differentiating neurons accumulate along the anterior head margin, along the presumptive dorsoventral boundary, and constellations of nerve cells form the ventral nerve cords, beginning from the base of the cerebral ganglia and progressively proceeding posteriorly. Although eye progenitors are present and differentiating, the eyes are generally not visible in live specimens during S6.

 

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Images

Brightfield images of live Stage 6 (S6) embryos harvested for RNA-Sequencing (left), a paraffin embedded S6 embryo sectioned coronally and stained with hematoxylin and eosin (middle), and heat maps for S6 enriched transcripts (right). Black arrowhead: definitive pharynx. Scale bars: 100 µm.

 

Figure 1 – figure supplement 8. Mean centered expression and average RPKM profiles for S6 enriched transcripts. Organized by cluster membership presented shown in the heat map and S6 enriched transcript excel file (Figure 1 – source data 6). S2-S8: Stages 2-8. Y: Yolk.

 

 

 

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Download Supplemental Table

 

 

Figure 1 – source data 6. S6 enriched transcripts from pairwise and/or mixed stage reference comparisons
Criteria for flagging differentially expressed transcripts:

1) Pairwise comparison (S5 vs S6): adjusted p-value < 1e-5 S6 vs mixed reference comparison: adjusted p-value <1e-20 2) log2 ratio ≥ 2.322 (5-fold upregulation, both comparisons) or log2 ratio ≤ -2.322 (5 fold downregulation, pairwise comparison only) 3) Average scaled RPKM value ≥ 1.0 for S6 4) Transcript has ≥ 1 ORF 5) Transcripts derived from transposase or retroviruses were omitted.

Tabs in this excel file contain 1) pairwise comparison data (if applicable), 2) mixed stage reference comparison data, 3) cluster membership, average RPKM values across embryogenesis (Y-S8), and in C4 and SX adults, as well as best BLASTx hits (E < 0.001) versus the NR, Swiss-Prot, C. elegans, D. melanogaster, D. rerio, X. tropicalis, M. musculus and H. sapiens REF-Seq databases, 4) GO analysis: Manually curated and categorized Biological Process (BP) GO IDs and 5) GO analysis: unabridged results. S2-S8: Stages 2-8. Y: Yolk. C4: C4 asexual adults. SX: Mature sexual adults

 

 

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In Situ Hybridization Data

Smed IDGene NameAliasExpression PatternWISH Image
SMED30021661Carbonic anhydrase 7CAVII-1protonephridia
SMED30023322Cathepsin LCTSL-likeembryonic gut cell
SMED30001900CUGBP Elav-like family member 3bruli-1neoblast
SMED30027428forkhead box A-1foxA1definitive pharynx
SMED30007290GATA456gata456adefinitive gut, gamma neoblast
SMED30018353Glycine amidinotransferase, mitochondrialAGAT-1Category 3 cell, epidermal progenitor
SMED30005748HNF4hnf-4definitive gut, gamma neoblast
SMED30024865Intermediate filament b-like proteinvim-3Category 5 cell, definitive epidermis
SMED30008639MyoD-like proteinmyoDmuscle organ, muscle progenitor
SMED30025388Myosin heavy chainDj-mhcmuscle organ
SMED30018592ovoovoeye, photoreceptor neuron, pigment cup, trail cell
SMED30024586Pax6Apax6Anervous system, neural progenitor
SMED30025591porcupine-like proteinporcn-Adefinitive gut
SMED30030379POU domain proteinpou2/3protonephridia
SMED30035904PROG-1prog-1, NB.21.11eCategory 2 cell, epidermal progenitor
SMED30004304Proliferating cell nuclear antigenPCNAneoblast
SMED30030007RootletinH.2.8b, croccCategory 5 cell, definitive epidermis, protonephridia
SMED30030681SMED30030681ZPUF-6Category 4 cell, epidermal progenitor
SMED30026364SMED-P53p53Category 2 cell, epidermal progenitor, zeta neoblast
SMED30007406SMEDWI-1piwi-1neoblast
SMED30014446SMEDWI-2piwi-2neoblast
SMED30001362SMEDWI-3piwi-3neoblast
SMED30019097SOXP-1SOXP-1neoblast, sigma neoblast
SMED30035063SOXP-2SOXP-2neoblast, sigma neoblast
SMED30022907Synaptotagmin-1Dj-sytnervous system
SMED30013909tud-1tud-1neoblast
Click to see image symbols and abbreviations
Abbreviation or symbolDefinition
Ooral hemisphere
Aaboral hemisphere
Ddorsal
Vventral
Llateral
black arrowheadembryonic pharynx
red arrowheaddefinitive pharynx
black arrowsprimitive gut
yellow arrowsprimitive ectoderm cells
cyan arrowsbrain
cyan arrowheadsnerve cords
blue arrowheadseye progenitors (trail cells)
purple arrowheadseyes
scale bar100 µm

 

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Sequences

smed_20140614 transcript sequences for genes validated by in situ hybridization (above).

>SMED30035148 ID=SMED30035148|Name=PROG-1|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=621bp
ATATAATAATCTTAACTATAAATATTATCAATATTATAATCAGAATTTAGTAATATGATGTTACGGATTATTTACGCGTT
CAGCGTGACTTTGGCAGTTCTGCGGGTTAACTGTTTGGAAAGCCCAAAGGTTTTCAAAGACGAAATAGTAAACAATTATG
AAAAAAAATGGATGAAATGCACCAAATTTCTCGATAAGGTTGATGCTGAATGTGACAAAAAATACGATTTACTCGACAAT
GACTGTAACGGCAGTTACAAGCAGCTGTATAAAACGTGCGACGTTAACTACTTGAAACTTAGCGGACGCTGTCAGATGCG
ACTGTCTAAAAATTGCATTAAAAAGTACGGTAAACTCGATCGGCATTGCATTAAAGCCTACGGTGAAATTGACGAATCAT
GCGACAAGCGATACGCAAAATTGGATCCGTATTGCGATGCGCTGTATACAAAAGAAGAAAATTGTGAAAGAAAAATTAAA
TAAATGATAAAAGTGGACTTCCTACTGATGATTTGTGATCTAGTTTATTCAATTTTTCATCCATATATAATAGCAAATTA
TTTCGTCACTTATTTAATTATAATATTTTATATAAAAATGTATTAAATCTTTAAAAAAAAA
>SMED30007406 ID=SMED30007406|Name=SMEDWI-1|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=2730bp
AATCGAATACATAAAAATTTATTTGACACCAAATACAAAGAGACATTAATCTACAAGTAAAATAAGCGTTCGCGAATTCT
GTCATTTATCGCTGGAGGAGTAACACCACGATGAATCTTGCCAACGAGTTCAGCCAAACGATGGGCATAATGCGTTGGAA
CAGGAACTCGGATTGTTCCCATCCAGTTAAAATACAAATGTGTTAACGAATAAGTTATTTGCTGCAATACACTCGGAGAC
ATAACTGAAACCTCATTTGTTTTCTTGTTTGTAAACTTAGTGTCCATAAGAACATTATAATTCGTAGGAGATGCTGTACC
TTTAGTTGTTTTCTGAGACACCAAGTAAAATTCATAGAAATTGGGTTTCACTATTTTCTCATCAACCACAGTACCAGGAT
TTGGATTAGCCCCATCTTTGAAAAATTTAACACTAATTCTCTTCTTAACCACAACATAAATAATTTGGGGCAAAGTTTGA
TTTTCGTAAATTTTCTCTATCATTTTCATAACAGCATCAGTTTCGAACTTTTTGGTAAATGCTAACTGTGAATCTCCAAC
ACCGTCACGATAAATAATCAAACGAAGAGGCATAGTGTTAAATTTGTTTTGGAATGTTGTAAGGGCCGTTAGGAAGTTTT
TGCCCAAATTTTCGTGAAATTCATTTTTACCTTTAGATGAATTGACAAAACTGATATACTGAGAAAATTTGGCACTAATT
GAAAATACGGATGCTTGAACAGATCTTTTACCGGTTTTGCTATGAAAAGTATCCAATCCTACAATCATAGTCGGTGCCAT
TTTAAGATTAATACCCCATGGGTCGTATCCTAATTTAGAAAACATTTGCATAACTGATTTATCTGCAACCGTTTTACGAC
GTCGATCATCTCTATTACTTCCGTTTCTCTGCGTCACACACTGAGTCAATAGACCTGTAGACATTGTAAAATTCTTTACT
TTTGCGTAAACTTTATCATCAGGAATGAACACTAATGCCATATGTACCTTGCTTACACGAATAAAATCTGTTAAAGCGTC
TTCAACTTCATTGGATCGACATGAAGATATACTGTCCATTGTGTAATTGATTCTTAATCTTCCTATTTCTCTTTTAACAT
CTTCAATAAAATTGTTGAAGTGACTAGGGTTTCGATCAACAACCAGTACACCAAAACGATGAGCTGTGCCTTTAGGAACG
TCAAATTTAATTTCCCCAAACTTCCAATCATCAGGGATTTTAGTATTAATTTTAACTTCGTTTGAAAATATATCAACTGG
AGCCAATTCACGACCACGAATCGTAATCGGTTGTTCTTCAATACACATCCCCCAGCTCTTCATATAATCTTTTGATTTCC
CAGCTCCGGTCCACTTACAAAAATCTCTTATGTCATTTAATCGTTCTCTAGGCTCACGTTTCAATACGGTTCCTAAATTC
TTTTGCAAATTTATATTACTTCTTTCACTATCCGAAAATCCACATAAATAGCATAATTCACCTGGAATTGATAAACTTTG
ATCTGTTTCTGTAGGTCCTTCAGGTTCATTTTCAGTTTTTTTCTTTTGGGCGAACCATCGATCGCTTGACTCGCGATATA
ACAAATGGTTGTTTGTCATTTTTCAAATTAATGTTATACCGTTGCTTGAAATAATTCAAATAGGATATCTTTTTATCGCC
TAGCTGAACCTCGTCATTAACATCCATTTCTTTAATATCTGAAATTCTATACGTCTTGTTATTATACTTGGTAATTATGT
CCCTTCCTATTAATTGATCAATTTGATCTCGTCGATACACTGATACTACATTGTTTTCATTTAGAACACGATTAATTCTT
TCAAGATAAAGTAAAGTCGAAGCAGTTCCATTTTCATTTGTTCCTCTTGTAATTGTAGTAGAATACCCTCCTAATATCTT
GAAATTGTCCATTTTAAAAAAGCTAGGTCCTTCTCGAATACCACCACTTTCACAATTTGATCCCAGAAAAAATTGTCTAC
CAATTTTTTCTTGTCCCATAAATATTTGAATATTATTAAATACAATATTTATCATCTGATAATATTCTTCAGAATTTTTT
AAAAACGTCGTCAGCAATCGTATGGAAATTTCAACATCTTTGATAACTAAGTTTTCTGTATCTTCATCTGAGTGCCACTT
AGAAGTCGTAAATAATCTTCTGCCATCAAAACAAAATGGTTGACCATTATTTTTGCTGTTTGCATAAGCTAATAATAACT
CTAGCTTAGTACGGATACTTTTATTCTCCATAACTACATCATACATGTAAAATGGTCCTTCGACTTTAATATTAAAGTTA
GCGTAGTTAGACTTGAGACTAACTACTCTTCCATCTTTCCCTATTTTGTCTGTAACTGTATCAGGCTGTAAAGCAGGTTC
AATAATTGCGAATCTTCTTTGGAGACCTCCTCTTCTTGGTCTTAAATTGGGATCACTTGTAACATTAGTTGAATCCATTT
CGTAAATTTGAGTAAAAATGTTAAAACAAAGACTTCGGTTTAAATAAACAAAATATACTATGTAAAACGATAAATATAAT
TGCTTTAATGGTTTATGATTTGTATTATATAATAATAATAATTTAATTTCCCTGTGAATATTATATTAAAATATAGTAAA
AATTACTCGTAAATGTGTGTTAAAGTAATAGGATTAAATTAAAATAAACATTTTACGAAATAAGTTCTAGTCAATTATGA
AGTCTTTTCT
>SMED30004304 ID=SMED30004304|Name=Proliferating cell nuclear antigen|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=907bp
CTAAAAGGTAATAATTTAAATTTAATTAGAACATTGTTTTAATATTCGGTTATATTCTCCATTATTCTAAATTATGTTTG
AAGCAAAATTAATAAAAGGCGAAGTTTGGAAAAAGGTTATAGAAGCTATAAAAGACTTAGTACAAGAAGCAACATTGGAT
TGCTCAGAAAATGGAATTAGTCTTCAAGCCATGGATACATCTCATGTGTCCTTAGTTAGTATGCTTCTTCGAAGTGATGG
TTTTGAGACTTATCGATGTGATAGAAATGTCAATCTCGGTCTTAATATAACAAGTGTTTCAAAAATTTTAAAGGCGCTTG
GTAGTAATGATTCCCTAACAATGAAAGCCGCTGATTCAAGTGAAACAATTTCGCTTTTGATAGAATCTGCAAATGAAAAT
GAATTATCTGAATACGAAATAAAATTAATGGACTTGGATGGAGATCACTTAGGTATACCAGATACTGAATATAAGTGCAT
TGTGAAAATGCCGAGTTCAAAGTTACAAAGAATATGTCGAGATTTAAGCCAAATTGGAGAAGCAATCACGATTTGTGTTA
CTAAAGATGGTGTAACTTTTGCTGCTGCTGGAGATCTAGGAAAAGGAGCTATAAAACTTAATCAAAATTCTAGTGCTGAC
AAAGAAAATGAAGGAGTAACTATTGAAATGACCGAACCTGTTTCGATGACATATTCATTGAGGTATTTCAATATGTTTAC
AAAGGCTGCACCTCTTTCTTCTCAAGTATCTCTGTCGTTGACTGAAAATGTTCCAGCAGTTATTGAGTTCATAATCGAAG
ATTTGGGATTTATTCGATATTACCTAGCTCCTAAAATCGAAGACGACGAGTGAAAGTTTAACTATTAATGTTGTATGTTT
AATAGATGTTATTTTGTTTAAAAAAAA
>SMED30009302 ID=SMED30009302|Name=PROG-1|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=608bp
CTCCATTCTATTGATATTGCTCATAGACTGTAGCTAACAAGTTCCTTCCATTCATATTTCATTCTATAAGTTTGCGTTCC
GACATCATTTGCAATCATTCTAAAATATCATGAATAAAATTTTACTTCTTACGTTTGTGATTTTTTTCGTGTCCGTTGAA
TGCAGATTCCGACTGAGACTGGACAAAATAGCAAAGAGAGAAATGAGTTCCGAATGTAAAGCCGAACTGAAAAAGTTAGA
TGACCAATTCACGGCAGCGGCAAATAAAATCGACGACGACTGCGATGCGGTATACGTAAAATGGTCAAAGAAATATTTGC
CGGAATATGTAGCTCTCAAAGAGAAATGCGGTTTGGATACTTCAAAAATGACAAAAGATTGTAAAACCGAATTAAAAAGA
TTATTTAATCTTTTTGCAGAAGGAAATTATAAAGTCGATTTGGAGTGCGACAATGAATATGCCGCTCTAGTGAGGCAGAC
GAGTAAAGAGAAAGAAAAATTGAAACAACAATGTGCAAGTTCTCGTTAAAGAAAATAAATTTTTCTAAATTTATTCTTAC
CGCCTTTTTTTATGAAAAATTTAGACAAATAAAACAAAATAGATATAA
>SMED30017940 ID=SMED30017940|Name=Cathepsin L|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=1165bp
CCTGATTGTGTGCTGTAAACAAATGCAACCTCACCGTATGTCATTATCATAATTGAAAAGATTTACGTATAAATTCAACG
TATTTTTGTCAAATTTATTATAACAATGAAGATCGTTCTACTTGCAGTATTTTGCGTTGTCTCGATTAGTGCTGGAAAAT
TAAAGTTTGAAGTCAACGAGGCCCTGAACGAGGAATGGAACATGTACAAGATCCAGTTCCAGAGAAAATACGAATCCATT
ATCGAATTAACTAGACGACTAATTTGGGAAGAAAATCTCAGATTGATACAGAAACACAATATCGAATACGATCTCGGAAA
ACATTCGTATTACCTCGGTCTGAATGAATTCGCAGACATGACCAACGAAGAATACAGAGTAAAGGTTCTCGGACTGAAAC
CAATAAACAAAAATTACACGAGAACAATTTTCCTGGCTCCGGAAAATACTGTCGATCTCCCTAAATCAGTTGATTGGAGA
ACAAAAGGATACGTAACTCCCGTGAAAAATCAGGCTAATTGTGGATCTTGTTGGTCGTTCTCGACTACTGGCTCACTAGA
GGGTCAACATAAGCGTAAAACTGGTCAGTTAATTTCCTTATCCGAACAGCAACTCGTAGACTGCAGTAAACCATTTGGTA
ATAATGGATGCAATGGTGGCCTCATGGATAACGCATTTCAGTACATTCAAAAAGACGGATTGGAATCGGAAGAAGATTAT
TCCTACACAGCAAAAGAAGGTAACTGTAAGTATGACGCCTCAAAGGTTGTTGCTCATTGCACAGGATTTGTCGATATTAA
AAAAGGAAACGAGAAAGACTTAGCAAAGGCTGTCGCAACAGTCGGTCCGATATCAGTGGCAATCGACGCCAGTAAACCAA
CTTTTCAATTATATAAAGGTGGAATCTATAATGAAAAATCATGCTCCTCCCGCCAATTGGACCATGGGGTCCTTGCAGTT
GGTTATGGGAAAGAGAACAATCAACATTTCTGGATTGTTAAAAACAGTTGGGGACCACAATGGGGACTTTCGGGGTACAT
AAAAATGACAAAGGATCGACACAATCAATGTGGAATAGCTACGATGGCTAGCTATCCTCTTGTTTGAGACTGCAATATTT
ATTTTGTTTTAATTTTATACATTTTATTTTATTTGTGAAAAAAAA
>SMED30023018 ID=SMED30023018|Name=Cathepsin L|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=1084bp
CCGCTCACATATTCCCGACCATGAAAGGAATGTATAAACTGAACCTTGATACCAAGCATACTATAAAACTCAAAGTAATC
GCATCATATTTCATAACATGAAGGCATTCATAATTTTGTCGTTATTCCTTGTTGCTATTGAGGCTGGGCCAAGGAGATTC
ACGGTCAACAGTGAGTTGAATGAAGAATGGGAATTATTCAAAACCAAATTTCATAAACAGTATGAACCGCTAACGGAGGC
TGCGAGAAGAATCATTTGGGAAGGAAATCTCGAGTTCATTAGACAACACAATCTTGAATACGATCTCGGAAAACATTCTT
ACACTTTGGGATTGAATGGATATTCTGATGTCACTGATGCAGAATTTAAGGCCAAACCTTTAGGAAACAGAATGAATGGA
TCAAACCCAAAAGGATCCGAATTTATAGTGACAGAAAACATTGGAGCTTTGCCTTCATCTGTGGATTGGAGAACTAAAGG
ATACGTAATCCTTGTGAAAGATCAACTTAATTGCGGGTCATGTTGGGCTTTCTCAGCCACCGGAGCTCTTGAAGGTCAGC
ACCTTCGAAAAACAGGAAAATTAATTAGTTTGTCTGAACAGCAACTTGTTGACTGCAATAGACCAAATGGAAACTTCGGA
TGTATCGGTGGTTTACCGTACCAGGCGTTTGACTATGTTGAAATCTCTGAAATGGAATTAGAGAAACATTACCGTTATTA
CGCGGAAGCCAAGAAATGTATTTATAATAAATCAAAGGTTGTCGCAAATTTCACTTCATATACTAATATCAAAAAGGAAA
CAATTCTGACTTGGCAGCCGCCGTGGCCACCTTGGGACCGCTGTCTGTAGCTATTGATGTCAGTAGCCGATGTTTCCGAT
TTTATAAAAATGGTATTTACAGTGACCTCCAACGTTCACAATATAACCGTTTTAGTCGTTGGCTACGGATCACTCTTTGG
GAGTAATTATTGGATTGTGAAGAATAGTTGGGCCCAAGTTGGGGAAACGGGCGATACATTCTCATGTCAAAAGACAACAA
CATCCAAAGTGGAATTGCTAGTCAAGCCGTTTATCCAGTTCTCT
>SMED30002072 ID=SMED30002072|Name=Intermediate filament b-like protein|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=2324bp
CATAAATGGTGCACTTTTGAGAAATTTGCGTTGGAGTAAATAGAAAGCAGTCTTAACAAAAGGATAACTAGGTCAGAACA
ATAGCTGCGTTGAAAAATCTATTATAAATATATCCAACTTTCAACTTGTTTCTCTAAAGTTATTTTTGTAATAATGGAAT
CGTCTAAAAGAACTGTCATTACGACTTCTAAACAAGAAGGGCCGATTAGTGGCTCAAGTTCGGTTACTAGATCTGGAGTC
TCAATGACATCAGGTTCTGGTTCTACTTACGGATCGGGATCTGGAGGAGAATTGGGCTCAGGTTCAGGATCCGGCTCTGG
AAGTCGATATCAAAGTTCGTCTCGTGTTACTACAACAACTAGATCTGACTATCCACAATCTGGAAATGAAAGAGAAGACT
ATAATGAATCAGGAAGTCAACAATTCAATGAAGATGGATCAGAGATTTCTGGTCGAATCGTTTCAACTACCAGATCCATG
TATAAGCCAATAAGTCAATCAAGGAATAATTTCAAAGACTTGCAAAGAAATGCTGCATCTTTAAGTTATAGTATGCAGTC
TGGAAACCAACAAAGTGGTTCAGTTATGCCACTCATCAGAGGTGATAGTGTAGCCTTACAGACTGGACTGAATTCGATAA
AGAAAGGAAGAGCTCAAGAAAAAAAAGACTTACAAGAGCTGAATGAAAGATTTGCGAGTTATATAGAAAAAGCACGATTT
TTGGAAGAGCAAAATAAGCAATTAGTCGGTGAAATTGAAGAACTCAAAGGGGGAACTATTCAAGATACATCAAAAGTTAA
AGAGATCTATGAAGTTGAAATCAATCAACTCCGATCTTTACTAAACGAATCAGAGAAAAGTAGAGCACCACTGGAAATTC
AAGTGAATTCCTTGGAATACGAAATAGGCGATTTGCAAAAAAGACTGCTGCTATTAGAGGATATAGGTACACAGTATAGA
GCAACGATTGATAAACAGCGTCGAGAACTCGAGACCTTCGAAGGGGAAATGGTTGAATTGAAAAGGTTTAAAGACACTCG
AAGTATCGATGCTACAAAAGAAAAGGATGAAACAAGCAACTTAAGAGATGAAATAAAAAAATTAAGACAAAACTATGAAA
AAGAAGCATTAGCGCATATCACCCTTGAACATGACTTGCAGAGTTTGAGAGAAACTATGGAGTTCGAGAAACAAATCCAT
GCTACAGAAGTAAAAGAGCTGGCAACCGTTGCATATCAAAACCCAACGAAAGAAAACATGGTTTACTGGCAAAGTGAAAT
GGGACGTGCTTTACGGGACATTCAAACTGAATATGAAAACAAGCTTACAGGAATCAAACAAGAATTGGAGGCTTCTTATG
GTTTACAAATGCAGGAAATACGAACAAGTAAAACCAGAGACAATGTGGAAACGACCCATTACAAAGAAGAGAACAGCCGA
ATAAAATCTCAAATCCAAAGCATGAGATCGAGAATCGCTGATCTTGAGATGCAGAATGCTGAATACGAACACAACTTGAA
TAATATTCGTGCTAATTACGAAGAAACTCAAAGAAGTCTTGAATTGCAGTTGTTGTATTTGCAAGAGCAATTGACAGGAA
CTCAACAAGAATTGACAGTCGCTTTGACCGAACTCCAAAGCTTATTGGACGCGAAGTTGGGACTGGAATTAGAAATCGCA
GCCTATGCAAAACTATTAGAATTCGAAGAGAGTCGTGTCAATTTCTCTGGTGATGGCAACGCTACTTTATCTCAATTTAT
GAGTTTCACATCAAGTAGCGGAGCTGGAGGTGCTGGAGGGGCTGGAGGTGCTGGTGGTGCTGGAGGAGGAGGAGGAGGAA
GCAGTGGGTTCGGATCAGGAAGTAGAATTGGAGGGTCAAGTGGTTTCAGCGGAATGACAGAAAGAGAAACAACTGACTAT
CAGTCAAAACGAATGAAATTTAGACGAACGACAAAGGGAAACATTTCCATTGCAGAGACTGACCTTATAGGTTCAACAAT
TATTCTGGAAAATATTGGGACCAAAGTGGAATCACTCGAAGGTATGACTATTAAAAGAGTAGTCGACGGCAGCGAAAATA
AAATCTCATTTACCATTTCCGGAAAAGTTAACTTAAATGCTGGTGAAAAGATTTCTCTTTGTGCCAAAGGGAAAATAACC
GGCAAAGGACGAGAAATCGAAATTGATGATGCTTCATGGGGGGTTGGTAACAATGTCGTAACAACACTTTGTGATTCAGA
AGGAGCGGAAAAGGCAGCTCACTATCAAGAGGTTTCGGCCTAGAAACCTTGCTAAATATTAAACTGAATTTGTATGAACA
TAAC
>SMED30019097 ID=SMED30019097|Name=SOXP-1|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=1596bp
GGAATAACAGCCAATTAGGGATCAGCTGCAATTTGGCCTATGATTGGACATTGATTTTTATAGTCTCAGGCGTTCTCAGC
TTACGTGTGCACCTTTTTAGTGGACACGTTAAATTTGATAGGTGCTTAGTGGTGTTGATTCCTGTTTGGAAACTGTATAT
AACCAAGGTTATTTGTTGCTTTGAGACAAATGCAACACAATCAAATAATTAATTATGCTATGTTCAAATTGTTCAAACAA
TCAGGATACTTTGAAATTATGGATGGTCCATTTAGCTTCTTGTCACCCATTACCTCCTGAATGGCTTAGTGAAAAGGCCA
AAGTATTAAATGATGACGAAAATCAGCGCCCCTATACAATTGTCACTGATTCCCGAAAAAGAAGGCGACGTCCAACCACA
CCAAGACCACTAAATACGTTCATGATTTTTTCGAGGCATATCAGACGAAATATTCTCTCAGTGTTTCCGGATGCATCAAA
TTCCCAATTAAGCAAAGAGCTTGGAATTTTATGGAAGAAAGTCACAAATGAAATTAAATCCCTTTATGAAGAAGAGGCAA
AGCGATTGGCTCAATTACATGCTCTTGAATTTCCCGATTATAAATATCAACCAAAGAAACGAGTCCGAAGATTTGGAAGA
GCGATTTATGATCGACAGCCCTGTACAACAGAAAGATCTAACTCAACTAGTGCAACAGACGAAGAAAATGGTAAAGACAA
TAATAGTGTTCAAGACGGTAGAAGATCAAGCGATATTGAGAATCAGTATATAAGATATTCAGTTTTGGGTAAAAATATTG
TAAAACGAGAATGTCAGTCCTTTAATAGTCCTTTAAAAAGCGACAACGTTAAATTGGAAACGCAAGAACAAGATTTTATC
CAAGCGATGCCCAAACCTCTAAACGTCCGAATAACGAATTACAACGAAAACAGTATATTTTTACGACAACAAAGATTACC
ATCAAGTAGCACAATGTATTTACTTCCTTCAGAAAACCTAATAATTAGTAATGGGATTATGGGATCACAGGACTTGGGTG
AGGATTATTGTAGAGAGTTGTATATAATTAATGATTTTTTCCCAGAAAATGTAAACATAGACGATGAAATTGATATAACA
GGAAACATTTTTAGCAATGATTTAGATTTAGAGTGGTCTGAAATTGATGAAAATTACAAACAAGATTTACCAAATCTTAA
TTCATTATTTCAACACTAATATATTTGATTTATAAAATATTTAAATATTTTTTATTAAACAGTCTTTTACATGTACATAT
AGTATTGGAACTCTTCTCTGACTTATAAGATAACAGAGATATTGTAATAAGATTAAATTGGTTATGTGTTTCGGTTTTTG
TAAGATTGGTAATTTTCAGAAGAATTTAGACTTTTTTCATGGAAATTGGAATTGAGAAACAAACTGAATAAAGAAACAAA
TTTTTGAAAAAAACGAAACAGATACTTATTATCAAAAGAAAATTATCTGAAGCATCGAGTCGGTATGAAAAATAAACTAA
TTAGTCAGAAAATTTTTGATGAAATAACGTCTAATGAAATTAAGATCTCCAAGGAATACTTTTTCTAACATTTGAT
>SMED30014446 ID=SMED30014446|Name=SMEDWI-2|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=4773bp
ATTTAATTTTCGAAAAAAAATATGGAGGAAATACCAGTAAAAGTAGCTAAACTTGAAGCGAATGGAAGTGAAACAAGAGG
TAAAATGGGAAATCGTGGTGGCCTGAGAAGAACATTTAGAATTGTTGAACCTAACTTGCAACCTGCTGATATCACTGAAA
AAACAGGAAACATAGGAAGAACAGTTAAATTACAATCAAATTTTACCAAATTCTCTGTTTTGCGTTCAGAAAAGTTCATG
ATGTATGATTCCGTGTTTTCTCAAGTTGGTTTGTCACCCAAAGTAAAATTACAGTTTATTGTTCGAGTCTGCCAAGAAAA
TAAATTGCCAGGGGCTTTTTGTTTTGATGGAAGACGTCTATTTACTAGTGAAAAATGGCATGGAGAATCGGACATTCAAG
AATTTAGTCATGATGAAAAAAAAATGACACTAAGATTGGTATCAACTATCCTTCCTGAAACTGAAGAATATTACCAAATG
ATCAATGTATTACTCAATAATTTACAAGTAATGTTAGGTCAAGAAAGAATTGGTAAAGGTTATTTTTTAAGCCCAAATAT
TACAAAAGATGAAGTTCCCCGTAATTCTGGACCGACATTTTTTGAAACCAATAGTTTTAAAGTTCTTGGGGGCTTTGGTA
CAACTTTACAAAGAGGCACAAAACCAACTGGTGAATTAACCACTCTTTTATATATTGAGCGTATTAACAGAGTATTAAAC
GATAACTCTGTTATGAAGGCATACAACAGAAGAAGTATCGATCAGTTGATAGGCAGAGATATCATAACAAAATATAATAA
CAAAACTTATAGGATAAGTGAAATAAAAGAAATGAACGTAGATGAGAAATTTGAAATGGGTGGTAGAACTTTATCGTATG
CCGAATATTTTAAGGAACGATATAATATTCGATTAACTCAAGGCGATCAACCATTTGTTCTAACGCGAGTGAAGAAACCA
ATGCGTCGAGAAAGAAAGAAAAAAGACGAAGAAGGAGTGGAAAAAGAGAAAGAAAAAGAACGCGAAAAAGAGGCTCCAGA
AGAGAAGGACATGACTCTCAATATTCCTGGAGAGTTGTGTTTCTTATGTGGGTTTTCAGATCAAGAGAAATCGAATATGG
ATCTGCAGAAGAATTTAGGGTGCGTTTTAAAAAGAGAGCCACGTGAAAGATTGGATGATATACCAGCTTATTGTAACTGG
ATTAAAAATAGTGATGCGGCAACTGGAATGTGCAATAAATGGCAGCTGAAAATAGATAACAAACCATTAGAAATCGAAGG
TAGAGAATTACCTCCATGCGATGTAATAAGTGGTGGCAGCAAAATTAATGAAAAAATGGGAGATGATTGGAAATTTGGTC
GAGTTCAATTTGATATTAAGCGTGATCGTAAGCATGAAATCGATGTGGTCATCGTTGATCGAAATGACTTTCAGTATAAA
AATTTTATGAATGATGTGGAACAAGAATTAAGAAACATGAGAATTGATGCTCGAGTTGGAAAGGTTAATACTTGTGGTCC
AAATGATGTTGAAAGATGTTTGAATGATGCCGCTAGAAGTGGAAGTGGGTGTGCTAAAATGGCGCTGGTATTCGTCCCAG
ATGATAGAGTATATGCCAAGGTGAAATCATTTACCATGAGTACTGGTCTTTTAACCCAATGTGTAACAACACGTAATGGT
ACTAATAGAAACGATAAACGAAGAAAGGTGGTTTCAAGTAAAACCGTGATGCAAATATTTGCAAAATTCGGATATGATCC
ATGGACAGTTGAAATTAAATTGAGACCAACTATGATTGTCGGTATGGATACCTATCATAACAAGTCCAGCAAGAAATCAA
TTCAAGCATCTGTATTTTCGATCAACAGCACATTTACACAATATATGAGCTTTGTTAATTCTCCTAAAGGACGTCAGGAA
TTCCACGAAACTTTAGGCAAAAATTTCAATTTAGCGTTAGAAGATTTCAAGAAACGTTATGACATATTGCCCCAGCGAAT
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GGT
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AGGAACTGATTCATTTTCAAGAAAGAGTGATTCTAATTTCAAGGATAGTGAAAAGTATCCAACAAACAATGGTGACTTTG
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TGACATTATACTTATAAGGCCAGTAAAGTCAACGGAAAATTCAAAAATTGAAATAGCAGATTTATTGTCACAAATAAATT
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CATGGGTATATTGAAGCATCAGTCAAGTATAAAAAAAAGCAGAAAGAGATTGAAATTCAAGACATTCAAATTTACAAATT
AGAATTTAACTCAATGAAAAAGCCGGATTGTTATTTAGTAATGTTTGTAAGGCATGGGAAATCTCAGTTGTATCCTTCCC
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