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Overview
A stage of Smed embryonic development defined by a unique gene expression signature and morphology, 3 - 5 days post-egg capsule deposition at 20C. Dispersed blastomere cleavage in the embryonic wall. Yolk ingestion into the gut cavity. Early embryonic gut formation. [PMID:28072387]
Stage Description
Blastomeres continue to divide asynchronously in the embryonic wall. The temporary embryonic pharynx ingests yolk cells into the gut cavity of spherical embryos, ranging in size from ~300-500 µm in diameter. Islands of differentiating gut cells appear within and beneath the parenchyma. It is not known whether the embryonic gut created during stage 4 is a temporary or definitive tissue.
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Figure 1 – source data 4. S4 enriched transcripts from pairwise and/or mixed stage reference comparisons
Criteria for flagging differentially expressed transcripts:
1) Pairwise comparison (S3 vs S4): adjusted p-value < 1e-5 S4 vs mixed reference comparison: adjusted p-value <1e-5 2) log2 ratio ≥ 2.322 (5-fold upregulation, both comparisons) or log2 ratio ≤ -2.322 (5 fold downregulation, pairwise comparison only) 3) Average scaled RPKM value ≥ 1.0 for S4 4) Transcript has ≥ 1 ORF 5) Transcripts derived from transposase or retroviruses were omitted, as were S4 enriched transcripts also upregulated in yolk in the mixed reference comparison.
Tabs in this excel file contain 1) pairwise comparison data (if applicable), 2) mixed stage reference comparison data, 3) cluster membership, average RPKM values across embryogenesis (Y-S8), and in C4 and SX adults, as well as best BLASTx hits (E < 0.001) versus the NR, Swiss-Prot, C. elegans, D. melanogaster, D. rerio, X. tropicalis, M. musculus and H. sapiens REF-Seq databases, 4) GO analysis: Manually curated and categorized Biological Process (BP) GO IDs and 5) GO analysis: unabridged results. S2-S8: Stages 2-8. Y: Yolk. C4: C4 asexual adults. SX: Mature sexual adults
In Situ Hybridization Data
| Abbreviation or symbol | Definition |
|---|---|
| O | oral hemisphere |
| A | aboral hemisphere |
| D | dorsal |
| V | ventral |
| L | lateral |
| black arrowhead | embryonic pharynx |
| red arrowhead | definitive pharynx |
| black arrows | primitive gut |
| yellow arrows | primitive ectoderm cells |
| cyan arrows | brain |
| cyan arrowheads | nerve cords |
| blue arrowheads | eye progenitors (trail cells) |
| purple arrowheads | eyes |
| scale bar | 100 µm |
>SMED30015512 ID=SMED30015512|Name=Venom allergen 5|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=890bp
CTCTTTTATGGTGAAAAATAGAAAAGAATGGTTGAAAATAAGTAGAAAAATCAATTCATAATTGTCCGGAGACTCGATTT
AAACAAGTATAGAATTAAAAACTAAAGGAAATTTAACCAGAAATCTTTTCAATCAGTCAATCATACTTTTAATGGATCTC
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AACTTGTGATGGTGGCCTGTGTAATTAATGAGAACTTTCATTTGAAAAAAGCAATAGAATGTTTTTAGATATTTATATAA
TACTTTAGAA
>SMED30004304 ID=SMED30004304|Name=Proliferating cell nuclear antigen|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=907bp
CTAAAAGGTAATAATTTAAATTTAATTAGAACATTGTTTTAATATTCGGTTATATTCTCCATTATTCTAAATTATGTTTG
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ATTTGGGATTTATTCGATATTACCTAGCTCCTAAAATCGAAGACGACGAGTGAAAGTTTAACTATTAATGTTGTATGTTT
AATAGATGTTATTTTGTTTAAAAAAAA
>SMED30013734 ID=SMED30013734|Name=Venom allergen 5|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=359bp
AATTAAAGTCGGATTTGTTTTAGTTGTTCTAGAATTTTGTTCTGGAGATCTTTCTAATGACGATAAAGACATAATCTTGA
CTCTCCACAACATGTACCGACAATATGTGGTCTATGAAGTATTTTCAGATATACCCGTCGCATCGAACATGCAGCAAATG
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TAAATACGGAGATTTTGAATGGGTTGGACAGAATGTTGCTAAGTTCGCTGGACAAAAAATTGCCAGAGGCGTCGAATTGT
GGTTTAATCAGGTTTCCGGATTCACATTTGAAAATAGTG
>SMED30028603 ID=SMED30028603|Name=Venom allergen 5|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=676bp
TAAAAATGTAAATCCGTTTAGTTTTTCTATTTCGATATGAATTTTTTAATTGAAGTCGCATTTGTTTTAGTTGTTCTAGA
TTTTTGTTCTGGAGATCTTTCTGAAAAAGAAAAAAATCTACTCTTGAATATCCACAATGAATACCGAGGAGATGTGGCCA
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AAATATCCCGTCAATCCTGCAGTCAGGATTGACTTG
>SMED30008247 ID=SMED30008247|Name=Venom allergen 5|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=799bp
TATTTAATTAGGGGAAATTATATTTGATTTATCTGAGTTGAACAGTTATTTAGTAAATCTTTATTCGCATGTTATATTAA
CTGACAAATTTGAAAAAAATATTCAATGATGATTCTTACGGGCTTCGTATTGATATCCATAATTTCTCAAGCATTTTCCA
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AATTAAAAAAAATAAGATATTGGACAAAATTATCCACCAAACAAAATTAAATGACAAACCTTTTGAAACGTTTTAAAAT
>SMED30019097 ID=SMED30019097|Name=SOXP-1|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=1596bp
GGAATAACAGCCAATTAGGGATCAGCTGCAATTTGGCCTATGATTGGACATTGATTTTTATAGTCTCAGGCGTTCTCAGC
TTACGTGTGCACCTTTTTAGTGGACACGTTAAATTTGATAGGTGCTTAGTGGTGTTGATTCCTGTTTGGAAACTGTATAT
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GCGATTTATGATCGACAGCCCTGTACAACAGAAAGATCTAACTCAACTAGTGCAACAGACGAAGAAAATGGTAAAGACAA
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TAAAACGAGAATGTCAGTCCTTTAATAGTCCTTTAAAAAGCGACAACGTTAAATTGGAAACGCAAGAACAAGATTTTATC
CAAGCGATGCCCAAACCTCTAAACGTCCGAATAACGAATTACAACGAAAACAGTATATTTTTACGACAACAAAGATTACC
ATCAAGTAGCACAATGTATTTACTTCCTTCAGAAAACCTAATAATTAGTAATGGGATTATGGGATCACAGGACTTGGGTG
AGGATTATTGTAGAGAGTTGTATATAATTAATGATTTTTTCCCAGAAAATGTAAACATAGACGATGAAATTGATATAACA
GGAAACATTTTTAGCAATGATTTAGATTTAGAGTGGTCTGAAATTGATGAAAATTACAAACAAGATTTACCAAATCTTAA
TTCATTATTTCAACACTAATATATTTGATTTATAAAATATTTAAATATTTTTTATTAAACAGTCTTTTACATGTACATAT
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TTAGTCAGAAAATTTTTGATGAAATAACGTCTAATGAAATTAAGATCTCCAAGGAATACTTTTTCTAACATTTGAT
>SMED30000735 ID=SMED30000735|Name=Venom allergen 5|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=669bp
GTTGACAGTAGACGGCAGGAAATTCGGCCCGATTTTAGTGGTGCTCATCTAGGAGGGGGTAAAACATCGATTAAATCCAA
ATTACCCCCATCGTTGTTCTAGAATTTTGTTCTGGAGATCTTTCTAATGACGATAAAGACGCACTCTTGAGATTCCACAA
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AAGAATCCGCGTCGAAAGCGCAGATCTACGCGGATAAATGCATATTTGCTCACGACACAATAGACGACCGTAAATACGGA
GATTTTGAATGGGTTGGACAGAATGTTGCTAAGTTCGCTGGAAAAAAAATTGACAGAGGCTTAGAATTGTGGTATAATGA
GGCTTCCGGATTCACATTTGAAAATAGTGCCTGTTCATTAAAAACCTGCGGCCATTATACACAACTTGTATGGGCCAACT
CTACTGAGGTTGGATGTGGACTTTCCAAATGTTCAATTGACGGAATTGATTTGAGTTTGTTAGTTTGCAATTACGGTCCA
GGAGGCAATTATGTCGGTGAGAAACCCTATAAAGCTGGCAAGACATGTTCTGAATGCAAATCCGGCCAATCCTGCACTGA
ATATGGACTTTGTAATTGATTAAAATAAA
>SMED30014446 ID=SMED30014446|Name=SMEDWI-2|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=4773bp
ATTTAATTTTCGAAAAAAAATATGGAGGAAATACCAGTAAAAGTAGCTAAACTTGAAGCGAATGGAAGTGAAACAAGAGG
TAAAATGGGAAATCGTGGTGGCCTGAGAAGAACATTTAGAATTGTTGAACCTAACTTGCAACCTGCTGATATCACTGAAA
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CCGAATATTTTAAGGAACGATATAATATTCGATTAACTCAAGGCGATCAACCATTTGTTCTAACGCGAGTGAAGAAACCA
ATGCGTCGAGAAAGAAAGAAAAAAGACGAAGAAGGAGTGGAAAAAGAGAAAGAAAAAGAACGCGAAAAAGAGGCTCCAGA
AGAGAAGGACATGACTCTCAATATTCCTGGAGAGTTGTGTTTCTTATGTGGGTTTTCAGATCAAGAGAAATCGAATATGG
ATCTGCAGAAGAATTTAGGGTGCGTTTTAAAAAGAGAGCCACGTGAAAGATTGGATGATATACCAGCTTATTGTAACTGG
ATTAAAAATAGTGATGCGGCAACTGGAATGTGCAATAAATGGCAGCTGAAAATAGATAACAAACCATTAGAAATCGAAGG
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AATTTTATGAATGATGTGGAACAAGAATTAAGAAACATGAGAATTGATGCTCGAGTTGGAAAGGTTAATACTTGTGGTCC
AAATGATGTTGAAAGATGTTTGAATGATGCCGCTAGAAGTGGAAGTGGGTGTGCTAAAATGGCGCTGGTATTCGTCCCAG
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ATGGACAGTTGAAATTAAATTGAGACCAACTATGATTGTCGGTATGGATACCTATCATAACAAGTCCAGCAAGAAATCAA
TTCAAGCATCTGTATTTTCGATCAACAGCACATTTACACAATATATGAGCTTTGTTAATTCTCCTAAAGGACGTCAGGAA
TTCCACGAAACTTTAGGCAAAAATTTCAATTTAGCGTTAGAAGATTTCAAGAAACGTTATGACATATTGCCCCAGCGAAT
TTTAGTCTTTAGAGATGGTGTTGGAGATAACCAACTTCAATTTACTAAAAATTTTGAAGTTGATGCAATGAAACCGCTTA
TTGAAAATATATACAAAGGCAACGGATTCCCTGTTCCACAAATCATTTATGTCATCGTAAAGAAAAGAGTCGGCACTAAG
CTTTTCAACAGAGGAAATAATCCAAATCCTGGAACTGTTGTGGATAAAGAAATTGTCAAACCGAATTTCTATGAATTTTT
CCTAGTTTCACAAAGAACAACGAAAGGAACTGCAACTCCAACTAATTATAATGTTTTAGAAGATACTCGATTGCTAACGA
AAAAAGGTACTATGGATCCTATGGCACCGAATGAGCTGCAAAAGATTACCTATGCTCTAACTCATTTATATTTCAATTGG
ATGGGAACTATCCGAGTTCCGGTTCCAGTGCATTATGCGCATAGATTGGCTGAATTAGTTGGAAAGGTGCATAAGGGCTC
TAATCCCGTTGCCATTAATGAAAGAATAAGAAATAGGCTCTTCTATTTATAAAAAGATCAAAACTTACATTTTTCTGTGT
TGATTACTATCCCAATTGTGGATTTAATTGTTTCTGAAAGCTGTTCATTCAAATTCTTCTGAAATCCATATTGATTCGTA
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TGAATCTTGGGTCTTGTTTTGTAAAGGAAGCTTTGTAAAATATGATGGGACAGTTGCACATAAATTCTAGGAATCCAGAT
TTTAGGCAAGATTGAAGTAATGTTGAATGGTTCTATTATAGAATAATCAGTTGCACTTTTAGATAACCAATATACCACAA
AGAGCCATCCGCAAATTTTGAAAGCCCAAAGCATTGAATCGTTGTCTATGTTACTCAGTATAGACAGCAGTAAAATGGCG
CTTTTTTGATATTGTAAACCGAAATGATTACTAGAATTCATTGTTTCGTCAAGAGATTTCGCGAAACTCTGAATATTATC
TGATTGATTTGATACTATTCCTTGGAGTTTACAAATTGATTTCAGTTCCAAATTCATACTATTGTGTTCTGCTGATTTGC
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ACCCCCAGCTTTGCAAAACAATTTTTTAACGCTCTTGTTATGACTTGAATCAACATTGTACAATTGTTACAATAGACTTG
ATGATTTACTTATTTACACCCCATCTAAATTGTTTCTTAACCCTTTGCCACCC
>SMED30002175 ID=SMED30002175|Name=Venom allergen 5|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=647bp
AAATGAATAATACAATCCTCGCAATTGTTATAATTCTAAGCAATCTCTTTGTATGTTATGGAGATCTTTTGGAAGATCAA
AAATCTCAACTTCTAGAAGCTCACAACATTTTTAGGCAAACTGTAGCAAAAGGTCTTGTTAAAAGTCAACCGCCAGCAGC
TGATATGTTGAAATTAATTTGGAGCACTGATTCCGCTTCTAAAGCACAGGGGTTAGCAGATAAATGTGCATTCTCCCATG
ATTCCATGAGCGATCGGGCATATGGAGATTACCAGTGGGTCGGACAAAATGTAGCAATGTTCAGTGGACAAAATATATCA
AAGGGTCTAGAGCTCTGGTTTAATGAAGTTACAGGATATTCTTATACAACTGGTGCTTGCTCGGGAATATCCTGTGGACA
TTATACACAATTAATATGGGCAACATCAAAGGAACTTGGTTGTGGAGTGGCTAGTTGTCCATATTCGAGTTACACAATTT
TATTTTTGGTCTGCAACTATGCCCCGGGTGGTAATACTAACGATGAGAAGCCATATCAAGTAGGAGATAATTGTTCTAAA
TGTCCAATTGGAACCGCTTGTACTGATGGACTTTGCAATTAGTTTTTCATTATTAAAATAAAAATTATGCACTGCAGATC
GGAAGAG
>SMED30018781 ID=SMED30018781|Name=Venom allergen 5|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=627bp
CCATGAATTTTATAATTAAAATTACATTTGTTTTAGTTGCACTAGATTTCTGTTCTGGAGATCTTTCTGATGAAGAAAGA
AATCAAATCTTGGAAATCCATAACAAATTCCGAAAATCTGTGGCCAATGGAGAAGTTTCGAACCAACCCAAAGCAGCGAA
CATGCAACAAATGGTATGGAGTGAAGAAGCGGCATCCAGAGCGCAGGCAACCGCGGATAAATGCTCATTTAATCACGACA
CAATAAATGACCGTAAATATGGAAATTATGAATGGGTTGGACAGAATATTGCCATGTTCACAGGAGGAAATATTGCCAAG
GGCGTACAATTGTGGTTTAACGAGGTTTCCGGATACACATTTTCAGATAATAGTTGTTCAGAAAATACTTGCGGACATTA
TACACAAATTGTATGGGCCAAATCTAAAGAGCTGGGCTGTGGACTGGCCAAATGTAAATATTCAAAGTATAAAATGAATT
TTTTGGTTTGCAATTACGGTCCAGGGGGTAATTTCAACAGTGAGCTACCTTACGAAACAGGCGAGCCATGTTCAAAATGT
CAATCCGGTTCAAACTGTAGTAATGGACTATGTTAAAGTTTTCAATAAATAAAATTTGCATCCAATG
>SMED30027701 ID=SMED30027701|Name=ATP dependent RNA helicase DDX5|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=2292bp
ATAATAATAATTGTTGTTATTATTTGATGAAACAATGAAGAATAGTGTCGATGTTTACTAGACATACAAGCCGTTACAAC
AAAGCGGCACATTTACGGGACTAAGCTGACATGTCCATAAATGGTCTATGTTAGCCGTGTGGGCGCATATCTGTGTGCAT
CAACACGGTAATTTCTCACACGAGCCGGTGGAGTGGTCTCGTTCATCGTGTTGCTGATAACCACCGAATGATGGTTTGCT
GTTGCCAAATAGCTCATCAGCCTCAGAGATTTGTGTCGTCGACCGGGGTGGTCGATGGAGCCACAGGTTTTGTCACTGGT
TTCCCACCAAGAAAGCCCGTGACACGACATCGCTTCGTGGTTCTGGTGATCACTCGGCGCGACTTCAATGACACACAGAA
AGACACATAGACAACTGTCCGGTCTCTTATGGGAGTACGTGGATATTGATGATATTGAATATGTCATCAATTATGATTAT
CCGAGCAAGTTAGAGGATTATATACATAGAATTGGCAGAACAGCTAGAAGCGGCAAAAAGGGAATCGCGTATACATTTTT
CAATCCCATGAAAGATAAGCCTAGACAAGCACAAGATCTAATTATGATTCTGGAAGAAGCAAAGCAAGAAGTTCCAACGG
AATTAAGAGACGTTGCTTCAAATCGAATACCTAGCAAACGATTTAAAAGTAAAAGAAATCGATCTCGTAGTAAACAGCGA
TCAAATAGTCCTAAAAGGTCAAGAAGTCGAAGAAGTAGAAGAAGATCAAAGAGTTCCAAAAAATCGAGAAGTCGTAGTCG
TAGACGATCTCGCAGTCCAAAACGTCGATCGAGAAGTAATCGTAGAAGGCGCTCACGTAGTGTAAGAAGAAGATCTCGGA
GTATTCGAAGATCAAGAAGTAGAAGACGTCGATCTAGAAGTAATCCAAGAAGATCAATAAATAGACGTCGAAGAGCAGAA
AGTAGAAGAAGAAGCAGAAGTCGGAATGATAGAAGATTGGCTGTTCCTAGACGACGACGCGTTTCACCTACTCCACCAAG
GTTACGTAGAAGAAAAAGCAGTTCCAGCAGTATATCAGGAAGTCAGTCTAGTGATTCTCGTTCCAATAGTAGCGTCTCAA
TAAAACGGGAAGCACTAGCCGATAAGATTCCAAATATAGCCAATGAAAAAGAAACTCATCAAAATGAACTGGAATCAAAA
CTTCATGACGAATTGAGTTCGGAAAATAGAGAGCCATTGGATATCCAATTGACAGTTAATGAAAATGAATTTGAAATCGA
AATGTCGAAATCAAGATTGAAAAAAGATATTGGGGAAGAGAGAAATAAAGAAAACAAAGTATACGAAAATTGCATGTGGC
AAAATAACTTTGCGGAAGAGGTTTTTGAAGTGCCTCCCGTTGTTGCACACCACGAGGTCGATATGGATATTGATGAATAT
CGAAAGTCATTTGATGCATTGAATCAAACAAGGCAAAAGGAGAAATTATTCGATTCTATTCGGAAAATAATAAAAATCGA
TGACGCTGCAAAACAGCGACCGATAGAAGTTATGACTAATGAAGAAATCGATATTATAACAACTGTTGAGCAGCCACCTG
TTAAAATGACGGCAGAGAAATCTGTCCAATACGAAGAACCGGAATTGGATAATATTGCAATGAAGGAATCAATCAAATCA
GATGTTGAAGTACTTTTGGAAAAATCCACTGAAAAGGATCAAAAAGTCAAAGTTCTGGAGTCTGACGAGGAACCTAAAAC
CTCCAATAAATCTAATTTGGATGAAAAATGTAAAAGTCGAAATAAATCCGATAATCAACATAGTTCAAGAGATGATCGTG
ATGAGAAATTTAAAAAAAGCAAAAATGAAAGCGATAAATCCAAGCGCACCGAAGACAAAAGCGATTCTAGAGTGGATAAT
AGAAAAGAGAGCAAACGTGACTCGAAAGGTGAACCACGTGTTTCTCGTTGGGAGATTCATTCATCGAATAAAAATGAAGA
AATCAAAGCGATGGGAAAGTGGGAAACTAAATCTGAGCTTAATCAAGATAAATGTGAAGCTGAAAAAACGTTTGATAGTA
AAGAGGAAAAACCTTGTAATATGCTCGAAGAAAAAAAGTTGGAAAAGAAGCATGAGCCGAAAGATGACAAGAAGCGGGAT
CATAAAGATGAAAAGAAACACGAACAGAGAGAAGATAAAAAACGTGATCATAAAGAGGATAAAAAACACGAAACGAAAGA
CGATAAGAAACATGAAGTGAAAGAAGAAAAGAAACATGAAACGAAAGACGAC
>SMED30022921 ID=SMED30022921|Name=Netrin 1|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=1370bp
GATTTTTATAAGAACAATAGCAATTCTAAATTTATCAGTGTGGATTCATTCTGTCAAGGTTATTTTTGAATCTCAGTCTT
CACCATGCTATTTAAACGGGAGGCCTCAACAGTGTTTGCCGTCTTTTACAAATATTATTGAAAACGTTAAAGCAGAAACT
ACAAGTACGTGTGGGACCAATGGACCGGAACAGATTTGTCGGAATTGGTATGACAAGACAACTGCAGAAGCCCGACAATA
TTGTAGTATATGCGACGCAAAACATCGTTCATATCCACCATCCCATATAACAGACCGACACATTCCAAAAAATCAAACAT
GTTGGTTTTCTGGACCGTTACAGGAAAATCCTGGTCAAAATGAAGTCAATATTACTGTTTCGCTGAAGAAAAGCTTCGAA
GTTTATTACATTGCATTGCAAATCTGCGGAACACTTCCAGATTCAATAGCAATTTACAAAAGCTTAGATTTTGGAGTTTC
ATGGAAACCTTGGCAGTTTTTTTCACAAGATTGCTACAGGGCATTTAAAATGCCAACAACCAACGAACAGAACTCTCAAA
TCACTCCTGCAAACATTCACGAAGTTCTTTGTGTTGAATTAAAAGCCCCTGAACGATACAATGATTATGGACAAGCAGAA
ACTGTGTTACCGTTTAGTACCATTTATGGGCGACCATCTGGACCTCCATGGAGTCAAGATTTAGTTGAATGGATGACAAT
GACAGATTTGAGAATAAGTTTGATGAGATTTACACCGGAAAAATCGACTCCATACAGATTGAAAGAATTGTATTATCATA
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GCTGTTGGTGGACGCTGCAAATGCAATGGCCATGCTAATCGATGTTTGATTGATGATAACGATGAAATCAAGTGTGACTG
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