neoblast compartment
The Planarian Anatomoy Ontology (PLANA) is a collection of terms curated from the literature and other organism anatomy ontologies to describe anatomical features, life cycle stages and developmental processes in the regenerative flatworm Schmidtea mediterranea. The latest version of the PLANA Ontology is available through the Open Biological and Biomedical Ontology Foundry (OBO) . PLANA Ontology terms are searchable at the EMBL-EBI Ontology Lookup Service (OLS) and the PLANA Ontology Terms Page.
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▻ Planarian Anatomy Ontology Term Overview
▻ Additional Term Information
▻ Figures
▻ In Situ Hybridization Data
▻ Sequences
Planarian Anatomy Ontology Term Overview
NAME:
neoblast compartment
DEFINITON:
A heterogeneous population of pluripotent, somatic adult stem cells and lineage primed progenitors that are required for maintenance and regeneration of all cell types in planaria, including the germline.
TERM DEFINITION CITATIONS:
PMID:22899852, PMID:21566185, PMID:16311336, planaref-0000004
TERM ID:
PLANA:0000429
ABOUT THIS TERM:
neoblast compartment "is a" anatomical system neoblast compartment "contained in" tail, parapharyngeal region, neck and head
neoblast compartment "develops from" blastomere compartment
neoblast compartment "existence overlaps" Stage 6, juvenile, Stage 5, asexual adult, sexually mature adult, Stage 8 and Stage 7
neoblast compartment "existence starts at point" Stage 5
serotonergic neural progenitor cell, klf+ sensory neuron progenitor cell, pax3/7+ neural progenitor cell, TrpA+ neural progenitor cell, trail cell, clonogenic neoblast, gamma neoblast, zeta neoblast, female primordial germ cell, protonephridial progenitor, longitudinal muscle progenitor cell, circular muscle progenitor cell, sigma neoblast, definitive pharynx progenitor and male primordial germ cell "is a" neoblast compartment
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Planarian Anatomy Ontology
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Additional Term Information
All experimental data displayed here is from Davies et. al., 2017, Smed Embryogenesis Molecular Staging Resource
FIGURES:
Figure 9: Ontogeny of the adult neoblast compartment.
Asynchronously cycling piwi-1+ cells fuel embryogenesis, giving rise to all temporary and definitive tissues. During S2, some piwi-1+ blastomeres (purple cells) exit the cell cycle and differentiate into temporary embryonic tissues (primitive ectoderm, temporary embryonic pharynx and primitive endoderm). The remaining piwi-1+ blastomeres, located in the embryonic wall (purple cells, S3-S4), continue to divide and express both early embryo enriched transcripts (turquoise arrow) and adult asexual neoblast enriched transcripts (red arrow). As organogenesis begins during S5, early embryo enriched transcripts are downregulated throughout the compartment (purple cells transition into red). Concomitantly, progenitor subpopulations required for definitive organ formation are specified via the heterogeneous expression of developmental transcription factors within the piwi-1+ population (colored cells denote different progenitor subpopulations). Adult pluripotent neoblasts, themselves a lineage, are established during S5 (red cells). Embryonic donor cells harvested during or after S6 function similarly to adult neoblasts (cNeoblast activity, gray arrow). Pluripotent and lineage-primed neoblasts established during embryogenesis are maintained throughout the lifetime of the animal, where they are required for tissue maintenance during homeostasis and formation of new tissue during regeneration.
IN SITU HYBRIDIZATION DATA:
Click to see image symbols and abbreviations
Abbreviation or symbol Definition O oral hemisphere A aboral hemisphere D dorsal V ventral L lateral black arrowhead embryonic pharynx red arrowhead definitive pharynx black arrows primitive gut yellow arrows primitive ectoderm cells cyan arrows brain cyan arrowheads nerve cords blue arrowheads eye progenitors (trail cells) purple arrowheads eyes scale bar 100 µm
SEQUENCES:
smed_20140614 transcript sequences for genes validated by in situ hybridization (above).
>SMED30010115 ID=SMED30010115|Name=ribonucleoside diphosphate reductase subunit M2-2|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=1127bp
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TAGATATTTATTATGGAGATTTTATTAACAGAAGATAAAAGTCGAATAGGATTTCTTAATATACAATATGAAGATATATG
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CTCGTCGAAAGATTCATTCAAGAAGTGAAAATTCCCGAAGCTGAGGCATTTTACAGTTTTCAAATTGCAATTGAAAACAT
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GCTGGTTGAATTGGGCTGTGACAAGTTCTGGAACACAGAGAACCCGTTGGATTTCATGGATAATATTTGCATCGATGGGA
AAACTAACTTCTTTGAGAAACGAGTCGGTGAATATTCCATGTCGAGCGTTGAGGACAAACACAAATTTGATGATGTCAAT
TTCGATATTGATTTTTGAGGGATTCCGTTTTTTGGCGCCAGTGTGCATTTAATGTGTTTTGGTTGTAATTGGCTATTTTT
GTTTGTT
>SMED30007406 ID=SMED30007406|Name=SMEDWI-1|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=2730bp
AATCGAATACATAAAAATTTATTTGACACCAAATACAAAGAGACATTAATCTACAAGTAAAATAAGCGTTCGCGAATTCT
GTCATTTATCGCTGGAGGAGTAACACCACGATGAATCTTGCCAACGAGTTCAGCCAAACGATGGGCATAATGCGTTGGAA
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TTTTGCAAATTTATATTACTTCTTTCACTATCCGAAAATCCACATAAATAGCATAATTCACCTGGAATTGATAAACTTTG
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AAAAACGTCGTCAGCAATCGTATGGAAATTTCAACATCTTTGATAACTAAGTTTTCTGTATCTTCATCTGAGTGCCACTT
AGAAGTCGTAAATAATCTTCTGCCATCAAAACAAAATGGTTGACCATTATTTTTGCTGTTTGCATAAGCTAATAATAACT
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GCGTAGTTAGACTTGAGACTAACTACTCTTCCATCTTTCCCTATTTTGTCTGTAACTGTATCAGGCTGTAAAGCAGGTTC
AATAATTGCGAATCTTCTTTGGAGACCTCCTCTTCTTGGTCTTAAATTGGGATCACTTGTAACATTAGTTGAATCCATTT
CGTAAATTTGAGTAAAAATGTTAAAACAAAGACTTCGGTTTAAATAAACAAAATATACTATGTAAAACGATAAATATAAT
TGCTTTAATGGTTTATGATTTGTATTATATAATAATAATAATTTAATTTCCCTGTGAATATTATATTAAAATATAGTAAA
AATTACTCGTAAATGTGTGTTAAAGTAATAGGATTAAATTAAAATAAACATTTTACGAAATAAGTTCTAGTCAATTATGA
AGTCTTTTCT
>SMED30004304 ID=SMED30004304|Name=Proliferating cell nuclear antigen|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=907bp
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AAGCAAAATTAATAAAAGGCGAAGTTTGGAAAAAGGTTATAGAAGCTATAAAAGACTTAGTACAAGAAGCAACATTGGAT
TGCTCAGAAAATGGAATTAGTCTTCAAGCCATGGATACATCTCATGTGTCCTTAGTTAGTATGCTTCTTCGAAGTGATGG
TTTTGAGACTTATCGATGTGATAGAAATGTCAATCTCGGTCTTAATATAACAAGTGTTTCAAAAATTTTAAAGGCGCTTG
GTAGTAATGATTCCCTAACAATGAAAGCCGCTGATTCAAGTGAAACAATTTCGCTTTTGATAGAATCTGCAAATGAAAAT
GAATTATCTGAATACGAAATAAAATTAATGGACTTGGATGGAGATCACTTAGGTATACCAGATACTGAATATAAGTGCAT
TGTGAAAATGCCGAGTTCAAAGTTACAAAGAATATGTCGAGATTTAAGCCAAATTGGAGAAGCAATCACGATTTGTGTTA
CTAAAGATGGTGTAACTTTTGCTGCTGCTGGAGATCTAGGAAAAGGAGCTATAAAACTTAATCAAAATTCTAGTGCTGAC
AAAGAAAATGAAGGAGTAACTATTGAAATGACCGAACCTGTTTCGATGACATATTCATTGAGGTATTTCAATATGTTTAC
AAAGGCTGCACCTCTTTCTTCTCAAGTATCTCTGTCGTTGACTGAAAATGTTCCAGCAGTTATTGAGTTCATAATCGAAG
ATTTGGGATTTATTCGATATTACCTAGCTCCTAAAATCGAAGACGACGAGTGAAAGTTTAACTATTAATGTTGTATGTTT
AATAGATGTTATTTTGTTTAAAAAAAA
>SMED30013909 ID=SMED30013909|Name=tud-1|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=2414bp
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ATTTTCTTCTGCTGGGAAAGTGTTAAAAGTGAAAATAATAGATGACAAAAGAAACGAAAATCAGAAGCTATGCTTCGTTG
GATTTCGAACTATGGATGAAGCATTAGAAGCCGTCAGAATTGCAGATAAATCTGATGCGTTTGGTGATCCAATTAGAGCC
AGTATATCAAAGAAGTGTTTAGACGGAATGGAGAATAATCAAAATAGATCAAATAATAACAGAAATGATTCAAGTTATAA
AGGAACTGATTCATTTTCAAGAAAGAGTGATTCTAATTTCAAGGATAGTGAAAAGTATCCAACAAACAATGGTGACTTTG
CACAAGTAAATCGTTTAAACAACGTTGGAAGAGGAAGAGGAATCCAGACTAAAATTATTAGTGGTCCACCTTCATTCAAA
ACTAATGAAATTAAGTTAAACGATATTAAACTTAAAACAAAAGAACTGATTGACATCGAAATCGTCGATTTAAGTAGAGT
TGACATTATACTTATAAGGCCAGTAAAGTCAACGGAAAATTCAAAAATTGAAATAGCAGATTTATTGTCACAAATAAATT
CAAATAAATCGAATCTAATGCCAGTTGACTGTCCTAAAATAGGAGATTTTTGTCTTGCAAAATGGACTGAAGATGATTGC
TATTATCGGGCTGAATTGTTAGATATATTAAAGGATGGATCTTTCAAAGTTACTTTTGTTGATGAAGGAACTTCGGGTGA
TATTGTGACTGATTTGAAACACATTCCGACTGGTGCTTTACAGCAGTATCCTAAACAATTTTTGAAGGTTTCAATCGGTT
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TATTGTGATTCCGTGCCTGTTGTAAATTTATTTCTGAATGAAGATGAAATTGTGGAAAAATATACCCAAATAAATAAAGT
AAATATCAGGAAAAAATTCTCACAGACATTTGATGATCTCCCAGTACATAACCTCGAAACTAATTCACATTTTTCAATAG
CACCATCAATGTATAAAAACCGAAATGATTTTATTCTTCAGATGAAAACTTTCTCGGTATCTTTAAAGCAAAAAAAATGT
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ACCTGTACACAGTCGAAGATATTCATGTAAAAGACGCTCCCTGTGCTATTACTTGCGATTTAGATAGTTCTATTAATATA
GATGGTATTAAGCTCCCTCAAGATTTGATCGATGGTGTTCTCTTTAATCTTAAAAAGTACAACAAAAATAATAAATACAC
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AAGTAATAATGTCGCACGTTGTCTCTCCCATTAATTTCTTTATTCAACTTGATGATGGAGAGCATCAGCTTGCACTTGGA
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TATTGCTCCTTTTATTGTTTCCGGAAGTGATGCGGAACTTTTTCGGGCTTATGTTTTAGAGAAACGAAAGGAATCTCCAC
AAATTCATGTATTGTTTATTGATTATGGTAATGATGAATGGGTGAATTATGAAACTTTACTGAATACAAATGAAGAATTA
GTTTCTAAACCAGGTTTCGCAATACATTGTAAATTATCTCTAAATATTAAGAAGGAAGCGTGGAGTCACGCTATTGAATT
ATTTAATGATTTAGCTGGTTATACTGAAAATGACCAGGGGACGTTTGTAATGCAGGTTATTAGTGTCGATGGTGATTCGT
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GAACCAATATGTAATGGAGGAGGACCCCAAGTTAAATTAAATGGCGTTTCAAATGATAAATCTCAATCAGCTATTCTTGA
AAATTTATCTGAAGGAGAATTATATAAAAAATTTATTGAACTAGAACGGAGATTAAGTGCTTTAGAGATATTGATGAAAT
AATGCTACCCGCGCAATTAGTATTATCAAATTATGATAATCTAGTCTTGATGTGTTTAAAATTTTGTATTTTAACATAAA
TTTATTCCGTGTTG
>SMED30025482 ID=SMED30025482|Name=Histone H4|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=552bp
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GTCTGGTCGAGGAAAAGGAGGAAAAGGCTTAGGTAAAGGTGGAGCTAAAAGACATAGAAAAGTTTTGCGAGACAACATCC
AAGGAATCACGAAACCAGCTATTAGAAGGTTAGCTCGCAGAGGTGGCGTGAAAAGAATTTCTGGTCTTATCTATGAAGAA
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AGTCACAGCTATGGATGTTGTTTATGCACTTAAACGACAAGGTCGTACTTTATACGGTTTTGGAGGGCCACAAATGTTGA
TTGTAGTGAATTGTTCAAATATTGTTATTCTATCTAGTAATTCTCAGCAATTTTATTAACGTTATTTAGAAATTAATTTT
ACAATTGCTAATTTCGAATGTTATATCTGGTGTCAATGTTCAGTTATATTATTTTACAAATGACTTGAAATG
>SMED30001900 ID=SMED30001900|Name=CUGBP Elav-like family member 3|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=1713bp
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TTAACCAACAATATTAGCCACATATTTCGTTTAATTATTGGTCTATCACTTTTCATTTTAACCAATTGTCTTGAGATAAT
GGAGAGTTTATCCTTAATTTTTATTATAAATCACTGGTTTTGATAGACTTATTAACAATGGAAAATTATTTCAAACTTTT
CGTTGGTCAGATACCTCGAAATACACCAGATAAAGAAATTAGACTTATTTTTGAAGCTTTTGGACCAATCTTTGAATTTT
TAATTTTAAGGGACAAGAAAACTGGTTTTCATAAAGGATGTGCTTTTGTTACATTTTATCATAAAGACTCTGCAGAAAAT
TGTCAAAAGGCGTTACATGACAAGAAAATCCTAAACGGGATGAATCGACCACTTCAAGTGAAACCAGCTAAAAATAAGTT
AGCAAAAAATTCAAGTTTGAATGGGGAAAATCAGACAGAAGAGCAGGTTTTCAGTGATGAAAGGAAATTGTTTGTTGGAA
TGTTGAGTAAAAATCAAACTGATGAAAATGTACAAAATATGTTCACAAAATTTGGCAAAATCGAAGAGTGCACTGTATTG
AAAGACCAAAATGGAAATAGTAAAGGATGTGCCTTTGTCAAATTCGTGAACCACACCGATGCTTGTGCAGCAATAAACGC
TCTTCATGCCAGTCAAAAAATGGAGGGTGCTTCATCCAGCCTTGTGGTTAAATTTGCTGACACGGATAAACAAAAACAAA
TAAGAAAATTGCAGCAATATATTCCAGATTTAAGCATTTTAAATTCGCGCATTCCTATTAATATTCCATACTATTCACAA
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TGCTGCTCAAATTCAACAAATAAATTTGTTTTCTAATTTATCATCGGTCTACCCATCTAATTCAATAGTGTCAATGCCAT
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GAACAAAAAGATTAAAAGTTCAGTTAAAAAAACCAAAAGAAGCAATAAACGAAATGAAAAACTTCAATCAAATGTTATCA
TCAACTCCCGACATAAACCAAGTATTTTGTTCATCCTAATGATTGTGATATTTTACAGGATTTTCTCGACCATATTGAAA
GCCTGATTGGTGATATGTAAAATGACCCACCGT
>SMED30022389 ID=SMED30022389|Name=Proliferating cell nuclear antigen|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=915bp
GTTATTAACGTTATTGGACTATAGTTTTATTATCATAAATTTTTGAATAAAATTGAGATCTTCTTTTAATAATGCTATTT
GAAGCAAAATTAAATAAAGTAGATGCATTTAAAAAGCTGATTGATTCGGTTAAAGAATTAATCCAAGAAGCAGTTTTTGA
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CTTTTTCGTCTTATAAATTTACGAGAAATGTATCTTTGGGTGTAAGTCTTGTAAGTCTATGTAAAATACTCAAACTTTCT
CAAATTAATGATTCAATTACAATTAAAGTTGATAATGAATGTGAAACAGTCGAATTTGTTTTCGAATCATCAGATAGTGA
TCGAATGTCTGAATTCAGTTTGAAGTTAATTGACTTGGATATTGACTGTTTAGCTATTCCGGAATCAGACTATGATTGCG
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GAGAATAGAAGATTCTATTAATATTGAAGTTGTTAATCCATTATCAATGGTTTACTCGCTTCGATTTTTTCATATATTCT
CGAAGGCCTATTCGCTTAGCAACAGAGTTTCTTTATCTTTTGCTAATAATTTCCCAGCTTTGGTGGAGTACAGCATGAAT
GAATTGGAAGGTCATCTACGATTTTACTTAGCTCCAAAATTAGATGATGATTGATTTTGCTCTTTTTCTAGTTTTGGGGT
GATATTTTAATTGTAGTGCTTTTTTAGTATGGTTA
>SMED30019097 ID=SMED30019097|Name=SOXP-1|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=1596bp
GGAATAACAGCCAATTAGGGATCAGCTGCAATTTGGCCTATGATTGGACATTGATTTTTATAGTCTCAGGCGTTCTCAGC
TTACGTGTGCACCTTTTTAGTGGACACGTTAAATTTGATAGGTGCTTAGTGGTGTTGATTCCTGTTTGGAAACTGTATAT
AACCAAGGTTATTTGTTGCTTTGAGACAAATGCAACACAATCAAATAATTAATTATGCTATGTTCAAATTGTTCAAACAA
TCAGGATACTTTGAAATTATGGATGGTCCATTTAGCTTCTTGTCACCCATTACCTCCTGAATGGCTTAGTGAAAAGGCCA
AAGTATTAAATGATGACGAAAATCAGCGCCCCTATACAATTGTCACTGATTCCCGAAAAAGAAGGCGACGTCCAACCACA
CCAAGACCACTAAATACGTTCATGATTTTTTCGAGGCATATCAGACGAAATATTCTCTCAGTGTTTCCGGATGCATCAAA
TTCCCAATTAAGCAAAGAGCTTGGAATTTTATGGAAGAAAGTCACAAATGAAATTAAATCCCTTTATGAAGAAGAGGCAA
AGCGATTGGCTCAATTACATGCTCTTGAATTTCCCGATTATAAATATCAACCAAAGAAACGAGTCCGAAGATTTGGAAGA
GCGATTTATGATCGACAGCCCTGTACAACAGAAAGATCTAACTCAACTAGTGCAACAGACGAAGAAAATGGTAAAGACAA
TAATAGTGTTCAAGACGGTAGAAGATCAAGCGATATTGAGAATCAGTATATAAGATATTCAGTTTTGGGTAAAAATATTG
TAAAACGAGAATGTCAGTCCTTTAATAGTCCTTTAAAAAGCGACAACGTTAAATTGGAAACGCAAGAACAAGATTTTATC
CAAGCGATGCCCAAACCTCTAAACGTCCGAATAACGAATTACAACGAAAACAGTATATTTTTACGACAACAAAGATTACC
ATCAAGTAGCACAATGTATTTACTTCCTTCAGAAAACCTAATAATTAGTAATGGGATTATGGGATCACAGGACTTGGGTG
AGGATTATTGTAGAGAGTTGTATATAATTAATGATTTTTTCCCAGAAAATGTAAACATAGACGATGAAATTGATATAACA
GGAAACATTTTTAGCAATGATTTAGATTTAGAGTGGTCTGAAATTGATGAAAATTACAAACAAGATTTACCAAATCTTAA
TTCATTATTTCAACACTAATATATTTGATTTATAAAATATTTAAATATTTTTTATTAAACAGTCTTTTACATGTACATAT
AGTATTGGAACTCTTCTCTGACTTATAAGATAACAGAGATATTGTAATAAGATTAAATTGGTTATGTGTTTCGGTTTTTG
TAAGATTGGTAATTTTCAGAAGAATTTAGACTTTTTTCATGGAAATTGGAATTGAGAAACAAACTGAATAAAGAAACAAA
TTTTTGAAAAAAACGAAACAGATACTTATTATCAAAAGAAAATTATCTGAAGCATCGAGTCGGTATGAAAAATAAACTAA
TTAGTCAGAAAATTTTTGATGAAATAACGTCTAATGAAATTAAGATCTCCAAGGAATACTTTTTCTAACATTTGAT
>SMED30029163 ID=SMED30029163|Name=Histone H4|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=537bp
AGGTTACAGTTTTTCAACTAATACCTCAAAGAAATAATGAAAGATGGACAGTAGAGTTTTGTCACCATCAGGAGACCAAG
TGTCATTTAGGATGATAATAGCCCAGTTAAGGAATCTTGCTGATCTAATCAATGCCAAAAATATTACAAAATTTCGATTT
AAAAGAAGCTAAAGGAGAAAAATTACACGGAAAAGTTCAGAGGTACAACATCCAAGGCATCCCTAGGTCTGCAATTAAAC
GATTAGCACAAAAAAGAGGTGTGAAAAGAATTCATGGGCTTATTTACAAAGAAACAATATATGTTATCAAGTTAGTCCTT
GAAAATGTCATCTTATATGATATTAAATACACATTGCAAGCCAAGCAAGAAACTTTTACTGCCAAGGATGTTTTTAATAT
TCTTGAATGTTTGGAGTTTTCTATTTTGTGATAACATCCTTCCCCAAATGAAAGTTATCAGATCATTTTGCAAAGTTTGT
GAGAAGGGATATATATTTACCAACAAGAAAAATGTTTTGAATTTAAGAATAGGACTC
>SMED30014446 ID=SMED30014446|Name=SMEDWI-2|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=4773bp
ATTTAATTTTCGAAAAAAAATATGGAGGAAATACCAGTAAAAGTAGCTAAACTTGAAGCGAATGGAAGTGAAACAAGAGG
TAAAATGGGAAATCGTGGTGGCCTGAGAAGAACATTTAGAATTGTTGAACCTAACTTGCAACCTGCTGATATCACTGAAA
AAACAGGAAACATAGGAAGAACAGTTAAATTACAATCAAATTTTACCAAATTCTCTGTTTTGCGTTCAGAAAAGTTCATG
ATGTATGATTCCGTGTTTTCTCAAGTTGGTTTGTCACCCAAAGTAAAATTACAGTTTATTGTTCGAGTCTGCCAAGAAAA
TAAATTGCCAGGGGCTTTTTGTTTTGATGGAAGACGTCTATTTACTAGTGAAAAATGGCATGGAGAATCGGACATTCAAG
AATTTAGTCATGATGAAAAAAAAATGACACTAAGATTGGTATCAACTATCCTTCCTGAAACTGAAGAATATTACCAAATG
ATCAATGTATTACTCAATAATTTACAAGTAATGTTAGGTCAAGAAAGAATTGGTAAAGGTTATTTTTTAAGCCCAAATAT
TACAAAAGATGAAGTTCCCCGTAATTCTGGACCGACATTTTTTGAAACCAATAGTTTTAAAGTTCTTGGGGGCTTTGGTA
CAACTTTACAAAGAGGCACAAAACCAACTGGTGAATTAACCACTCTTTTATATATTGAGCGTATTAACAGAGTATTAAAC
GATAACTCTGTTATGAAGGCATACAACAGAAGAAGTATCGATCAGTTGATAGGCAGAGATATCATAACAAAATATAATAA
CAAAACTTATAGGATAAGTGAAATAAAAGAAATGAACGTAGATGAGAAATTTGAAATGGGTGGTAGAACTTTATCGTATG
CCGAATATTTTAAGGAACGATATAATATTCGATTAACTCAAGGCGATCAACCATTTGTTCTAACGCGAGTGAAGAAACCA
ATGCGTCGAGAAAGAAAGAAAAAAGACGAAGAAGGAGTGGAAAAAGAGAAAGAAAAAGAACGCGAAAAAGAGGCTCCAGA
AGAGAAGGACATGACTCTCAATATTCCTGGAGAGTTGTGTTTCTTATGTGGGTTTTCAGATCAAGAGAAATCGAATATGG
ATCTGCAGAAGAATTTAGGGTGCGTTTTAAAAAGAGAGCCACGTGAAAGATTGGATGATATACCAGCTTATTGTAACTGG
ATTAAAAATAGTGATGCGGCAACTGGAATGTGCAATAAATGGCAGCTGAAAATAGATAACAAACCATTAGAAATCGAAGG
TAGAGAATTACCTCCATGCGATGTAATAAGTGGTGGCAGCAAAATTAATGAAAAAATGGGAGATGATTGGAAATTTGGTC
GAGTTCAATTTGATATTAAGCGTGATCGTAAGCATGAAATCGATGTGGTCATCGTTGATCGAAATGACTTTCAGTATAAA
AATTTTATGAATGATGTGGAACAAGAATTAAGAAACATGAGAATTGATGCTCGAGTTGGAAAGGTTAATACTTGTGGTCC
AAATGATGTTGAAAGATGTTTGAATGATGCCGCTAGAAGTGGAAGTGGGTGTGCTAAAATGGCGCTGGTATTCGTCCCAG
ATGATAGAGTATATGCCAAGGTGAAATCATTTACCATGAGTACTGGTCTTTTAACCCAATGTGTAACAACACGTAATGGT
ACTAATAGAAACGATAAACGAAGAAAGGTGGTTTCAAGTAAAACCGTGATGCAAATATTTGCAAAATTCGGATATGATCC
ATGGACAGTTGAAATTAAATTGAGACCAACTATGATTGTCGGTATGGATACCTATCATAACAAGTCCAGCAAGAAATCAA
TTCAAGCATCTGTATTTTCGATCAACAGCACATTTACACAATATATGAGCTTTGTTAATTCTCCTAAAGGACGTCAGGAA
TTCCACGAAACTTTAGGCAAAAATTTCAATTTAGCGTTAGAAGATTTCAAGAAACGTTATGACATATTGCCCCAGCGAAT
TTTAGTCTTTAGAGATGGTGTTGGAGATAACCAACTTCAATTTACTAAAAATTTTGAAGTTGATGCAATGAAACCGCTTA
TTGAAAATATATACAAAGGCAACGGATTCCCTGTTCCACAAATCATTTATGTCATCGTAAAGAAAAGAGTCGGCACTAAG
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ATTTTAATAAATTATTTAACTGGATTTTAATTTAAATATGTCGGTTTTGTAAATCCAATTTGTA
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TGGTCAGAATTTGAAAGCTGAACCTAGTAATCTTTTATGTGACAGACTTTTTTATTTGTAACATATGTGTTTCTATTTGT
ATTATTGTTAAACTGCATTTCGTAAAATAAATTAATTTCGTTATAAAAAAAAA
>SMED30035063 ID=SMED30035063|Name=SOXP-2|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=2664bp
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GCAAGATACATTATTTCATTTTAATTCTCTAGCATATGACATTTAAACATGGAGCTGAATTACTCGTTGAATGATAATAA
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TTACACTCCAAAGAATTTCCTGAATATAAATATCAACCTAAAAAGAAAAAAAAACAATATCTAACGAAATGCCCCATTAA
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CATAGTGTACAGTCCAGCAATTTTCCCAAAGAAATCAACCATAAACCAAGTAGAAAAATTGAAAAGCAATCGTGCAAAAT
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GTTTCAAAACACACTAGCGATTCCATTATAACGAATTCTCCTATCAGAGAAGAAATTGTCTTAGAAAATAATCAGCCCTC
TCAACAGAATAATATAAACAATTACCGACACGTATTTCAGAGAACTTCGACTCTATCCAACAGTTTGTTGACCCCTTTAA
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GAGTTCCATTCACGCCCTGAATACGACATTGACTCCAGATCTGTCGGTAAAACGCGAAGCCACTGTCAACAACAGCATGA
CAGATTATATCAATCGAAAACGTACAAATGTCGATCCACTTATCATCGATGATATATTTGAAAACGAACAATTTGAAGAT
GAGGAAGTGTTGAATTTTGACAATCCTGATAACAATAACAGTTCTCCTTGGTCGTTTAAATCGCCTAACTTTAAAATATC
TACCGGTTCCTCGACACTGTCAGACAATCCGTACAAAGAACAGTTTTGTTCTTCCCCGTTCCATCTATCAGAAACTGATA
CTCAACCGATTCCAGTTCAACGATTGCCAGCAATCGGCTCATGGTTAAAGTCAAACTATTCTGAATTCATGATCTGATCC
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AGGAAATTTGAATGTGTCTCTAGA
neoblast compartment "contained in" tail, parapharyngeal region, neck and head
neoblast compartment "develops from" blastomere compartment
neoblast compartment "existence overlaps" Stage 6, juvenile, Stage 5, asexual adult, sexually mature adult, Stage 8 and Stage 7
neoblast compartment "existence starts at point" Stage 5
serotonergic neural progenitor cell, klf+ sensory neuron progenitor cell, pax3/7+ neural progenitor cell, TrpA+ neural progenitor cell, trail cell, clonogenic neoblast, gamma neoblast, zeta neoblast, female primordial germ cell, protonephridial progenitor, longitudinal muscle progenitor cell, circular muscle progenitor cell, sigma neoblast, definitive pharynx progenitor and male primordial germ cell "is a" neoblast compartment
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Planarian Anatomy Ontology
EXPLORE ONTOLOGY GRAPH:
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Additional Term Information
All experimental data displayed here is from Davies et. al., 2017, Smed Embryogenesis Molecular Staging Resource
FIGURES:
Figure 9: Ontogeny of the adult neoblast compartment.
Asynchronously cycling piwi-1+ cells fuel embryogenesis, giving rise to all temporary and definitive tissues. During S2, some piwi-1+ blastomeres (purple cells) exit the cell cycle and differentiate into temporary embryonic tissues (primitive ectoderm, temporary embryonic pharynx and primitive endoderm). The remaining piwi-1+ blastomeres, located in the embryonic wall (purple cells, S3-S4), continue to divide and express both early embryo enriched transcripts (turquoise arrow) and adult asexual neoblast enriched transcripts (red arrow). As organogenesis begins during S5, early embryo enriched transcripts are downregulated throughout the compartment (purple cells transition into red). Concomitantly, progenitor subpopulations required for definitive organ formation are specified via the heterogeneous expression of developmental transcription factors within the piwi-1+ population (colored cells denote different progenitor subpopulations). Adult pluripotent neoblasts, themselves a lineage, are established during S5 (red cells). Embryonic donor cells harvested during or after S6 function similarly to adult neoblasts (cNeoblast activity, gray arrow). Pluripotent and lineage-primed neoblasts established during embryogenesis are maintained throughout the lifetime of the animal, where they are required for tissue maintenance during homeostasis and formation of new tissue during regeneration.
IN SITU HYBRIDIZATION DATA:
Click to see image symbols and abbreviations
| Abbreviation or symbol | Definition |
|---|---|
| O | oral hemisphere |
| A | aboral hemisphere |
| D | dorsal |
| V | ventral |
| L | lateral |
| black arrowhead | embryonic pharynx |
| red arrowhead | definitive pharynx |
| black arrows | primitive gut |
| yellow arrows | primitive ectoderm cells |
| cyan arrows | brain |
| cyan arrowheads | nerve cords |
| blue arrowheads | eye progenitors (trail cells) |
| purple arrowheads | eyes |
| scale bar | 100 µm |
SEQUENCES:
smed_20140614 transcript sequences for genes validated by in situ hybridization (above).
>SMED30010115 ID=SMED30010115|Name=ribonucleoside diphosphate reductase subunit M2-2|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=1127bp
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AATGCCCGGATTATGTTTCAGCAACGAATTAATTAGCCGAGATGAAGGACTTCATTGCGATTTTGCTTGTTTGATGTTTA
AATATTTAAGTAGCAAACCGTCACCTGAACAAGTTTTGGATTTGATCAAAGAAGCTGTCGGAATCGAGAAGGAATTTCTC
ACCGACGCATTGCCGGTTTCATTGATTGGCATGAACGCTGAATCGATGTGTGAGTATATTGAATTTGTGGCCGACCGGCT
GCTGGTTGAATTGGGCTGTGACAAGTTCTGGAACACAGAGAACCCGTTGGATTTCATGGATAATATTTGCATCGATGGGA
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TTCGATATTGATTTTTGAGGGATTCCGTTTTTTGGCGCCAGTGTGCATTTAATGTGTTTTGGTTGTAATTGGCTATTTTT
GTTTGTT
>SMED30007406 ID=SMED30007406|Name=SMEDWI-1|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=2730bp
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GTCATTTATCGCTGGAGGAGTAACACCACGATGAATCTTGCCAACGAGTTCAGCCAAACGATGGGCATAATGCGTTGGAA
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TTTAGTTGTTTTCTGAGACACCAAGTAAAATTCATAGAAATTGGGTTTCACTATTTTCTCATCAACCACAGTACCAGGAT
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TGCCCAAATTTTCGTGAAATTCATTTTTACCTTTAGATGAATTGACAAAACTGATATACTGAGAAAATTTGGCACTAATT
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TCAAATTTAATTTCCCCAAACTTCCAATCATCAGGGATTTTAGTATTAATTTTAACTTCGTTTGAAAATATATCAACTGG
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ATCTGTTTCTGTAGGTCCTTCAGGTTCATTTTCAGTTTTTTTCTTTTGGGCGAACCATCGATCGCTTGACTCGCGATATA
ACAAATGGTTGTTTGTCATTTTTCAAATTAATGTTATACCGTTGCTTGAAATAATTCAAATAGGATATCTTTTTATCGCC
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CCCTTCCTATTAATTGATCAATTTGATCTCGTCGATACACTGATACTACATTGTTTTCATTTAGAACACGATTAATTCTT
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AAAAACGTCGTCAGCAATCGTATGGAAATTTCAACATCTTTGATAACTAAGTTTTCTGTATCTTCATCTGAGTGCCACTT
AGAAGTCGTAAATAATCTTCTGCCATCAAAACAAAATGGTTGACCATTATTTTTGCTGTTTGCATAAGCTAATAATAACT
CTAGCTTAGTACGGATACTTTTATTCTCCATAACTACATCATACATGTAAAATGGTCCTTCGACTTTAATATTAAAGTTA
GCGTAGTTAGACTTGAGACTAACTACTCTTCCATCTTTCCCTATTTTGTCTGTAACTGTATCAGGCTGTAAAGCAGGTTC
AATAATTGCGAATCTTCTTTGGAGACCTCCTCTTCTTGGTCTTAAATTGGGATCACTTGTAACATTAGTTGAATCCATTT
CGTAAATTTGAGTAAAAATGTTAAAACAAAGACTTCGGTTTAAATAAACAAAATATACTATGTAAAACGATAAATATAAT
TGCTTTAATGGTTTATGATTTGTATTATATAATAATAATAATTTAATTTCCCTGTGAATATTATATTAAAATATAGTAAA
AATTACTCGTAAATGTGTGTTAAAGTAATAGGATTAAATTAAAATAAACATTTTACGAAATAAGTTCTAGTCAATTATGA
AGTCTTTTCT
>SMED30004304 ID=SMED30004304|Name=Proliferating cell nuclear antigen|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=907bp
CTAAAAGGTAATAATTTAAATTTAATTAGAACATTGTTTTAATATTCGGTTATATTCTCCATTATTCTAAATTATGTTTG
AAGCAAAATTAATAAAAGGCGAAGTTTGGAAAAAGGTTATAGAAGCTATAAAAGACTTAGTACAAGAAGCAACATTGGAT
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