embryonic pharynx
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▻ PAGE: Planarian Anatomy Gene Expression
Planarian Anatomy Ontology Class Overview
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NAME:
embryonic pharynx
DEFINITON:
An innervated, muscular pump that ingests yolk cells into the gut cavity. The embryonic pharynx is an extraembryonic tissue that forms during Stage 2, functions during Stages 3-5, and degenerates during Stages 6-7.
TERM DEFINITION CITATIONS:
PMID:28072387
TERM CITATIONS:
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TERM ID:
PLANA:0000023
ABOUT THIS TERM:
embryonic pharynx
↳is a extraembryonic organ and material entity ↳contained in oral hemisphere
↳develops from blastomere
↳existence ends during or before Stage 6
↳existence overlaps Stage 4, Stage 3, Stage 6, Stage 5 and Stage 2
↳existence starts during or after Stage 2
↳part of embryonic digestive system
→ embryonic pharynx lumen luminal space of embryonic pharynx
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Embryonic Molecular Fate Mapping
All experimental data displayed here is from Davies et. al., 2017, Smed Embryogenesis Molecular Staging Resource
DESCRIPTION:
The temporary embryonic pharynx is an innervated, muscular pump that ingests yolk into the gut cavity (Figure 1 – figure supplement 12 A-B). It forms during S2 and likely functions during S3 through S5. Temporary embryonic pharynx-specific markers were identified among the S2-S4 enriched transcripts, including VAL-like (Figure 1 – figure supplement 12 C-D), netrin-like (Figure 1 – figure supplement 12 C,E), MPEG1-like-1 (Figure 1 – figure supplement 12 C,F), MPEG1-like-2 (Figure 1 – figure supplement 12 C,G). Expression of foxA1, a developmental transcription factor required for maintenance and regeneration of the pharynx during adulthood (Adler et al., 2014; Scimone et al., 2014), was detected in the epithelial cells lining the lumen of the temporary embryonic pharynx during S3-S5 (Figure 1 – figure supplement 14 A, black arrowheads). The temporary embryonic pharynx degenerates during S6, as the definitive pharynx primordium develops beneath it (Martín-Durán and Romero, 2011). Temporary embryonic pharynx markers are no longer detectable by S7 (Figure 1 – figure supplement 12 C-D).
FIGURES:
Figure 1 – figure supplement 12: Molecular markers for the temporary embryonic pharynx
A-B: The temporary embryonic pharynx is innervated by PC-2+ neurons (A) and contains mhc-1+ radial muscle fibers (B). For simplicity, only S4 is shown. The image shown in B is also shown in Figure 1 – figure supplement 17 C.
C: Average RPKM values per embryo for the temporary embryonic pharynx markers venom allergen-like (VAL-like; SMED30015313), macrophage expressed gene 1 like-1 (MPEG1-like 1; SMED30000139), MPEG1-like 2 (SMED30034696) and netrin-like (SMED30023593) during embryogenesis, Y (yolk), Stage (S) S2-S8.
D-G: Expression of temporary embryonic pharynx specific markers VAL-like (D, S3-S7), netrin-like (E, S2-S7), MPEG1-like-1 (F, S3-S4) and MPEG1-like-2 (G, S3-S4).
A-B, D-G: Anterior: top (S6-S8). Black arrowheads: temporary embryonic pharynx. Red arrowheads: definitive pharynx. O: oral hemisphere. A: aboral hemisphere. D: dorsal. V: ventral. Scale bars: 100 µm.
IN SITU HYBRIDIZATION DATA:
Click to see image symbols and abbreviations
Abbreviation or symbol Definition O oral hemisphere A aboral hemisphere D dorsal V ventral L lateral black arrowhead embryonic pharynx red arrowhead definitive pharynx black arrows primitive gut yellow arrows primitive ectoderm cells cyan arrows brain cyan arrowheads nerve cords blue arrowheads eye progenitors (trail cells) purple arrowheads eyes scale bar 100 µm
SEQUENCES:
smed_20140614 transcript sequences for genes validated by in situ hybridization (above).
>SMED30015512 ID=SMED30015512|Name=Venom allergen 5|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=890bp
CTCTTTTATGGTGAAAAATAGAAAAGAATGGTTGAAAATAAGTAGAAAAATCAATTCATAATTGTCCGGAGACTCGATTT
AAACAAGTATAGAATTAAAAACTAAAGGAAATTTAACCAGAAATCTTTTCAATCAGTCAATCATACTTTTAATGGATCTC
AATACTTAGTTTGAGCAAAAATTATATAAATGATTGCTTAGTTTTAGATTGGAAAATCTACACGAATAATGAATTATAAT
TTCTTCATATTAATTATTAATATTATTTTTCTAAGGATTTGTTTGAGTGATCTTAATGAAAAGCATAAAGAAGAAATTCT
CTTTGAACACAATAGATATAGGCAACTGATCGCAAAGGGTATGATTTCGGATCAACCACCGGCTGCCAACATGGTAAAAA
TGACATGGAATGAAGAATCAGCAGAGAAAGCCCAACGAAAAGCGGATACATGCGAGTTTTCACACGACTCAAAGCAAGAT
CGTAGTTATAGTCATCATGAGTGGGTTGGTCAAAATATTGCCATGTCAAGTGGAAGAAAAATTTCAAACGGATTAAAATT
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TCTGGGCGAAATCCAAGGAATTAGGTTGTGGAATTTCAAAATGCAGTCATGGACGATTTTTGATAAATTTTTTGGTTTGC
AATTATGGTCCAGGGGGTAATTTTAACAGTGAATTACCATACGAATCCGGACCTGCGTGTTCAAAATGTATTTCAGGGAC
AACTTGTGATGGTGGCCTGTGTAATTAATGAGAACTTTCATTTGAAAAAAGCAATAGAATGTTTTTAGATATTTATATAA
TACTTTAGAA
>SMED30013734 ID=SMED30013734|Name=Venom allergen 5|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=359bp
AATTAAAGTCGGATTTGTTTTAGTTGTTCTAGAATTTTGTTCTGGAGATCTTTCTAATGACGATAAAGACATAATCTTGA
CTCTCCACAACATGTACCGACAATATGTGGTCTATGAAGTATTTTCAGATATACCCGTCGCATCGAACATGCAGCAAATG
GTATGGAGTGAAGAATCCGCGTCAAAAGCGCAGATCTACGCGGATAAATGCATATTTGCTCACGACACAATAGATGACCG
TAAATACGGAGATTTTGAATGGGTTGGACAGAATGTTGCTAAGTTCGCTGGACAAAAAATTGCCAGAGGCGTCGAATTGT
GGTTTAATCAGGTTTCCGGATTCACATTTGAAAATAGTG
>SMED30028603 ID=SMED30028603|Name=Venom allergen 5|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=676bp
TAAAAATGTAAATCCGTTTAGTTTTTCTATTTCGATATGAATTTTTTAATTGAAGTCGCATTTGTTTTAGTTGTTCTAGA
TTTTTGTTCTGGAGATCTTTCTGAAAAAGAAAAAAATCTACTCTTGAATATCCACAATGAATACCGAGGAGATGTGGCCA
TAGGACAAGTTTCAGGGCAACCCACAGCATCGAACATGCAACTAATGGTATGGAATGAAAAATCCGCGTCGAAAGCGCAG
ATCTACGCGGATAAATGCATATTTGCTCACGACACAAAAGATGACCGTAAATACGGAGATTTTGAATGGGTTGGACAGAA
TGTTGCTAAGTTCGCTGGAGAGATAATTACCAGAGGCGCAGAATTGTGGTTTATTCAGGTTTCCGGATTCACATTTGAAA
ATAGTGCCTGTTCATTAAAAACCTGCGGCCATTATACACAACTTGTATGGGCCAACTCTACTGAGCTTGGATGTGGACTT
GCGAAATGTATAATTGACGGAATTGATTTGAATTTGTTAGTTTGCAATTACGGTCCAGGAGGCAATTATGTCGGTGAGAA
ACCCTATAAATCTGGCGAGCCATGTTCTGAATGCAAATCCGGCCAATCCTGCACTGCATATGGACTTTGTTATGATTAAT
AAATATCCCGTCAATCCTGCAGTCAGGATTGACTTG
>SMED30008247 ID=SMED30008247|Name=Venom allergen 5|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=799bp
TATTTAATTAGGGGAAATTATATTTGATTTATCTGAGTTGAACAGTTATTTAGTAAATCTTTATTCGCATGTTATATTAA
CTGACAAATTTGAAAAAAATATTCAATGATGATTCTTACGGGCTTCGTATTGATATCCATAATTTCTCAAGCATTTTCCA
TTACAAGTGATCTCCGAGATGACTTTCTAATGGCCCACAACAAGTTCCGGCGGCAAGTAGCTCAAGGTAAAGTTCCAGGT
CAACCGGCAGCCTCCGATATGATGGAAATGGTCTGGAGTGATGAATTGGCAGCGACTGCAGAGAAATGGGCCAGTAGATG
TGTGTTTGGACATGATGAAAATAGACAAACTAAATCTTTTCCAATAACAGGACAAAATATTTATGCCGGTTGGGAGCCAA
AAGAAGTGCAACAAAGTTATGGTTCAATGAACACATGCATTACACATACAACAATGATCATTGTAACGGAGTTTGTGGAC
ATTATACACAGGTGGTATGGGCCAACAGTAATGCTGTGGGATGCGCCAGTTCTCATTGTGAAAAGGTGAATGGATTCAGA
TACAAATATTTTGTCGTTTGCAACTATGGACCAGCATAATGGAAACTACCAATTTGTAAAACCTTATATTGCTGGAGAGA
CTTGATCAAAATGCCCTGCCGGTTCAACATGCAATGATGGACTCTGCTCAAATTATGACATCACTGACAAGAATGAGAAG
AATTAAAAAAAATAAGATATTGGACAAAATTATCCACCAAACAAAATTAAATGACAAACCTTTTGAAACGTTTTAAAAT
>SMED30012792 ID=SMED30012792|Name=Netrin 1|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=2046bp
CATCTGCGTGCGAGATCGAGTGCTGACTGATTTGAAGAATACCATTTTTGCAATACAAAAAAACACATGAAAATTCTTTC
TCCGCCACAATATACAACGGACACAAAATAAAGATTCACTTTTTTAATTCATATCAAAAAGAAAAAATCAATATCAAAAC
AAACGAAGTGAAAACCCCACAAGAAAAATGTGCAGATATATTTTCACAGTTTATTTTTCAATGTTTTACAAATTTGTGCT
ATCGCAGTTACACATGAATAATTTGACTCCCAGTCCATGCTACGCTCACGGATCCGCATATCAGTGCATGCCTCCATTCA
CAAACATTGTAGAGAATATGATTCCAAAGATCGAAACCCTATGTAAAAAGAAGGAAGTCTGTCCTATAAAATCTCCAAGG
GATAATTTAATCACAGATTATCACTTGACTCACAATCAAACATGCTGGAAGTCAGTTCCGCTACAAGCTAATCATGTAAA
TATTACGTTTTCATTTGCTAAGAGATTTGAAGTTTATTACATCTCTTTGACACCATGCGAATCAGGAATTCCCAACGCCA
TCGCCTTTTATAAAAGCAACAACTTTGGAATCACTTGGAAACCTTGGCATTATCTTGCAACAAACTGTTTATCCATGTTC
AATATGAAAGAAACGACAATTCCCAGTCTACAGTTCAATGATTTTCGAATTCAACGTAGAGAACAAGCTGCTAGATGTTT
TCCATTAAAATTGTCGCTAACCGACAACGAGCCAGTTGTGGCTTTCAATACAGTTTTAGAAGGCGCCTATGAAAACGTTG
GGGATTCCAGCTTGATTGACTGGATGAGTGCGTCTGATATTCGGATTACATTGTTCAAATTTGACAATCCTAAACCGAAA
AAGTCGAATATTTTCCGATTCGCTAGAAATTCTCCGAAGAAAATTTTGTCAATTTCCGACATTTCAATAGGTGGACGATG
CAAATGCAATGGTCATGCAAATGCTTGCAATAAAAATCCTATAACGAATAAAATTGAATGCGTTTGTCAGCATAACACTG
AAGGACAAGATTGCGAAAAATGCAAAAAAAACTATTTGGATCTTCCTTGGGCAAGAGCCACAGTAAACTCTCCAGCTCAG
TGTAAAAAATGTGAATGCAATTTGCACTCTTCAAACTGCTATTTCAGTCAAGATCTTTACATTCTTCGAAAGCAAATCAC
TGGAGGCGTATGTACAAACTGTCAACACAATACAGCGGGAGTAAGATGCCATTATTGCAATGATGGATACTACAGAGATT
GGACAAAGCCATTAGATCATAAATTCGTTTGTAAAAAGTGTACTTGCCATATCATTGGGGCTAAATTTCCGGATAGATGT
GATAAAAGAACAGGACAGTGCTTGTGTAAAAGTGGTGTAACGGGAGAAATGTGTAATAGATGCGCATCAGGATTTAGACA
AAGTAACTCAACAGAAACCCCATGCGTAAAATATATTCAAATGGAGTCAGCTGAAAACAAATGCAAAGCGTGTGATTCGA
AAAGAACTAGAATTAGATTTCAAAAATTCTGTCGCAAAGACGCAGTGTTTTCTGCGACTTTACAATCTCAAGAAATCATT
GGGGATTTTATTCGGTTTGATGTCACAGTTGATAATATCTGGCATAGTAAAAATTCAATCAAAGATTTATATCCTGGAAT
ATTTAGCCAGCCCATAATGCGCCCTTCAAGCAAGTCCAGACTAAATAACAGGCCTACAAATCCGATATGGCTGAAATTGA
GGGACCTGAAATGCAACTGTGTCCAGTTGCAACTGGGGCAAACCTATTTATTAATTATCAAATCAACGACTTATCACTAT
CAAAATCGTGCGGAGCTTCTCATCAAATCTCCTCGAAGCATCATTTTAACATGGAATCCGACATGGAAACGACGACTCAA
TAGATTTAAACAAAAAAAAGAAAAAGGCGAATGCTCAAAATTTCAAAATCGTTCTCCGTTTCGAAAACCGGTGAACTGGT
CAACGCCGAATTACAGAACTGACTCAAATAATTTGTAAAGTTTCTC
>SMED30000735 ID=SMED30000735|Name=Venom allergen 5|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=669bp
GTTGACAGTAGACGGCAGGAAATTCGGCCCGATTTTAGTGGTGCTCATCTAGGAGGGGGTAAAACATCGATTAAATCCAA
ATTACCCCCATCGTTGTTCTAGAATTTTGTTCTGGAGATCTTTCTAATGACGATAAAGACGCACTCTTGAGATTCCACAA
CAATTACCGAAGAGATGTGGTCTATGGAAGCGTTACAGGGCAACCCACAGCAACGAACATGAAACACATGGTATGGAGTA
AAGAATCCGCGTCGAAAGCGCAGATCTACGCGGATAAATGCATATTTGCTCACGACACAATAGACGACCGTAAATACGGA
GATTTTGAATGGGTTGGACAGAATGTTGCTAAGTTCGCTGGAAAAAAAATTGACAGAGGCTTAGAATTGTGGTATAATGA
GGCTTCCGGATTCACATTTGAAAATAGTGCCTGTTCATTAAAAACCTGCGGCCATTATACACAACTTGTATGGGCCAACT
CTACTGAGGTTGGATGTGGACTTTCCAAATGTTCAATTGACGGAATTGATTTGAGTTTGTTAGTTTGCAATTACGGTCCA
GGAGGCAATTATGTCGGTGAGAAACCCTATAAAGCTGGCAAGACATGTTCTGAATGCAAATCCGGCCAATCCTGCACTGA
ATATGGACTTTGTAATTGATTAAAATAAA
>SMED30029163 ID=SMED30029163|Name=Histone H4|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=537bp
AGGTTACAGTTTTTCAACTAATACCTCAAAGAAATAATGAAAGATGGACAGTAGAGTTTTGTCACCATCAGGAGACCAAG
TGTCATTTAGGATGATAATAGCCCAGTTAAGGAATCTTGCTGATCTAATCAATGCCAAAAATATTACAAAATTTCGATTT
AAAAGAAGCTAAAGGAGAAAAATTACACGGAAAAGTTCAGAGGTACAACATCCAAGGCATCCCTAGGTCTGCAATTAAAC
GATTAGCACAAAAAAGAGGTGTGAAAAGAATTCATGGGCTTATTTACAAAGAAACAATATATGTTATCAAGTTAGTCCTT
GAAAATGTCATCTTATATGATATTAAATACACATTGCAAGCCAAGCAAGAAACTTTTACTGCCAAGGATGTTTTTAATAT
TCTTGAATGTTTGGAGTTTTCTATTTTGTGATAACATCCTTCCCCAAATGAAAGTTATCAGATCATTTTGCAAAGTTTGT
GAGAAGGGATATATATTTACCAACAAGAAAAATGTTTTGAATTTAAGAATAGGACTC
>SMED30002175 ID=SMED30002175|Name=Venom allergen 5|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=647bp
AAATGAATAATACAATCCTCGCAATTGTTATAATTCTAAGCAATCTCTTTGTATGTTATGGAGATCTTTTGGAAGATCAA
AAATCTCAACTTCTAGAAGCTCACAACATTTTTAGGCAAACTGTAGCAAAAGGTCTTGTTAAAAGTCAACCGCCAGCAGC
TGATATGTTGAAATTAATTTGGAGCACTGATTCCGCTTCTAAAGCACAGGGGTTAGCAGATAAATGTGCATTCTCCCATG
ATTCCATGAGCGATCGGGCATATGGAGATTACCAGTGGGTCGGACAAAATGTAGCAATGTTCAGTGGACAAAATATATCA
AAGGGTCTAGAGCTCTGGTTTAATGAAGTTACAGGATATTCTTATACAACTGGTGCTTGCTCGGGAATATCCTGTGGACA
TTATACACAATTAATATGGGCAACATCAAAGGAACTTGGTTGTGGAGTGGCTAGTTGTCCATATTCGAGTTACACAATTT
TATTTTTGGTCTGCAACTATGCCCCGGGTGGTAATACTAACGATGAGAAGCCATATCAAGTAGGAGATAATTGTTCTAAA
TGTCCAATTGGAACCGCTTGTACTGATGGACTTTGCAATTAGTTTTTCATTATTAAAATAAAAATTATGCACTGCAGATC
GGAAGAG
>SMED30018781 ID=SMED30018781|Name=Venom allergen 5|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=627bp
CCATGAATTTTATAATTAAAATTACATTTGTTTTAGTTGCACTAGATTTCTGTTCTGGAGATCTTTCTGATGAAGAAAGA
AATCAAATCTTGGAAATCCATAACAAATTCCGAAAATCTGTGGCCAATGGAGAAGTTTCGAACCAACCCAAAGCAGCGAA
CATGCAACAAATGGTATGGAGTGAAGAAGCGGCATCCAGAGCGCAGGCAACCGCGGATAAATGCTCATTTAATCACGACA
CAATAAATGACCGTAAATATGGAAATTATGAATGGGTTGGACAGAATATTGCCATGTTCACAGGAGGAAATATTGCCAAG
GGCGTACAATTGTGGTTTAACGAGGTTTCCGGATACACATTTTCAGATAATAGTTGTTCAGAAAATACTTGCGGACATTA
TACACAAATTGTATGGGCCAAATCTAAAGAGCTGGGCTGTGGACTGGCCAAATGTAAATATTCAAAGTATAAAATGAATT
TTTTGGTTTGCAATTACGGTCCAGGGGGTAATTTCAACAGTGAGCTACCTTACGAAACAGGCGAGCCATGTTCAAAATGT
CAATCCGGTTCAAACTGTAGTAATGGACTATGTTAAAGTTTTCAATAAATAAAATTTGCATCCAATG
>SMED30027701 ID=SMED30027701|Name=ATP dependent RNA helicase DDX5|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=2292bp
ATAATAATAATTGTTGTTATTATTTGATGAAACAATGAAGAATAGTGTCGATGTTTACTAGACATACAAGCCGTTACAAC
AAAGCGGCACATTTACGGGACTAAGCTGACATGTCCATAAATGGTCTATGTTAGCCGTGTGGGCGCATATCTGTGTGCAT
CAACACGGTAATTTCTCACACGAGCCGGTGGAGTGGTCTCGTTCATCGTGTTGCTGATAACCACCGAATGATGGTTTGCT
GTTGCCAAATAGCTCATCAGCCTCAGAGATTTGTGTCGTCGACCGGGGTGGTCGATGGAGCCACAGGTTTTGTCACTGGT
TTCCCACCAAGAAAGCCCGTGACACGACATCGCTTCGTGGTTCTGGTGATCACTCGGCGCGACTTCAATGACACACAGAA
AGACACATAGACAACTGTCCGGTCTCTTATGGGAGTACGTGGATATTGATGATATTGAATATGTCATCAATTATGATTAT
CCGAGCAAGTTAGAGGATTATATACATAGAATTGGCAGAACAGCTAGAAGCGGCAAAAAGGGAATCGCGTATACATTTTT
CAATCCCATGAAAGATAAGCCTAGACAAGCACAAGATCTAATTATGATTCTGGAAGAAGCAAAGCAAGAAGTTCCAACGG
AATTAAGAGACGTTGCTTCAAATCGAATACCTAGCAAACGATTTAAAAGTAAAAGAAATCGATCTCGTAGTAAACAGCGA
TCAAATAGTCCTAAAAGGTCAAGAAGTCGAAGAAGTAGAAGAAGATCAAAGAGTTCCAAAAAATCGAGAAGTCGTAGTCG
TAGACGATCTCGCAGTCCAAAACGTCGATCGAGAAGTAATCGTAGAAGGCGCTCACGTAGTGTAAGAAGAAGATCTCGGA
GTATTCGAAGATCAAGAAGTAGAAGACGTCGATCTAGAAGTAATCCAAGAAGATCAATAAATAGACGTCGAAGAGCAGAA
AGTAGAAGAAGAAGCAGAAGTCGGAATGATAGAAGATTGGCTGTTCCTAGACGACGACGCGTTTCACCTACTCCACCAAG
GTTACGTAGAAGAAAAAGCAGTTCCAGCAGTATATCAGGAAGTCAGTCTAGTGATTCTCGTTCCAATAGTAGCGTCTCAA
TAAAACGGGAAGCACTAGCCGATAAGATTCCAAATATAGCCAATGAAAAAGAAACTCATCAAAATGAACTGGAATCAAAA
CTTCATGACGAATTGAGTTCGGAAAATAGAGAGCCATTGGATATCCAATTGACAGTTAATGAAAATGAATTTGAAATCGA
AATGTCGAAATCAAGATTGAAAAAAGATATTGGGGAAGAGAGAAATAAAGAAAACAAAGTATACGAAAATTGCATGTGGC
AAAATAACTTTGCGGAAGAGGTTTTTGAAGTGCCTCCCGTTGTTGCACACCACGAGGTCGATATGGATATTGATGAATAT
CGAAAGTCATTTGATGCATTGAATCAAACAAGGCAAAAGGAGAAATTATTCGATTCTATTCGGAAAATAATAAAAATCGA
TGACGCTGCAAAACAGCGACCGATAGAAGTTATGACTAATGAAGAAATCGATATTATAACAACTGTTGAGCAGCCACCTG
TTAAAATGACGGCAGAGAAATCTGTCCAATACGAAGAACCGGAATTGGATAATATTGCAATGAAGGAATCAATCAAATCA
GATGTTGAAGTACTTTTGGAAAAATCCACTGAAAAGGATCAAAAAGTCAAAGTTCTGGAGTCTGACGAGGAACCTAAAAC
CTCCAATAAATCTAATTTGGATGAAAAATGTAAAAGTCGAAATAAATCCGATAATCAACATAGTTCAAGAGATGATCGTG
ATGAGAAATTTAAAAAAAGCAAAAATGAAAGCGATAAATCCAAGCGCACCGAAGACAAAAGCGATTCTAGAGTGGATAAT
AGAAAAGAGAGCAAACGTGACTCGAAAGGTGAACCACGTGTTTCTCGTTGGGAGATTCATTCATCGAATAAAAATGAAGA
AATCAAAGCGATGGGAAAGTGGGAAACTAAATCTGAGCTTAATCAAGATAAATGTGAAGCTGAAAAAACGTTTGATAGTA
AAGAGGAAAAACCTTGTAATATGCTCGAAGAAAAAAAGTTGGAAAAGAAGCATGAGCCGAAAGATGACAAGAAGCGGGAT
CATAAAGATGAAAAGAAACACGAACAGAGAGAAGATAAAAAACGTGATCATAAAGAGGATAAAAAACACGAAACGAAAGA
CGATAAGAAACATGAAGTGAAAGAAGAAAAGAAACATGAAACGAAAGACGAC
>SMED30020956 ID=SMED30020956|Name=Lysosomal alpha-glucosidase|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=2869bp
GTAAAGTGCTAAATTTCAAGATGATGTATAGAGAAAATGAATGACCAAAGTACAAAATATAAAGATATTTAAGTAATAAA
ATTGAATTCCGAACTTAAATTGAAATGTTGAAGTTATTGTTGATAATCTCCTTGAACTTTATAATCGTGTCCAATGCTCT
CCAATGTTCAGTACCGAATAACAATTATAGGCTAGACTGCTTTCCTGGGTCCAATGCAAATCAGAACGATTGTTTGGCTA
GAGGATGTTGTTGGTCACCACCGGAAACCCGGGAATATAGTCAGAATAATCCGACTATTCCATACTGCTACTTTCCAATA
GAATATCCAAACTACCAAATTAATTCATTCACTCCTACCGATCGAGGATTCAAAGCTCGTCTAACAAAACAACAAAAATC
ATTTTTACCGAAGGAAATATTAAATTTGAACTTTGAAGTGATCTTTGAGACAAATACTCGATTGAGAATAAGAATCACCG
ATCCGAATGTGCAAAGATTTGAAGTTCCGATTCAGCTTGGATCTCCTGATCCGACTCCACCTTCAAATGTTCAATATAAA
TTCACAATGCCCACAAATGGTTCTTTTGGATTCGAAGTCAAAAGAAATTCCGACGGATTGAGCTTGTTCAAAACATTTGG
TCCTCTATTGTATTCTGATCAGTTCATACAAATATCTTCTTTGATGTCAATCCAACACGTTTATGGAATCGGAGAACAGA
ATCGTCCATTTCTACATGATTTGTCTACTCAATGGGAAAGAATAGGACTGTGGGCACGCGATAATGGAATAGATACATAT
AATAATTTATATGGTACTCACCCGTTTTATATGTCACTGCCTGATTCTGGAGAAGCGTTTGGAGTTTATTATTTCAATAG
CAATGCACAAGAATTTGTTTTACAACCGGCTCCAGCGATTACTTACCGAACAATCGGAGGAATACTCGATATTTTCATTT
TTTCAGGTGGAACACCGGAAACAACCGTTAGTCAATACACTGAATTAATAGGAAGACCAATGCTTCCTCCGTTTTGGTCT
CTTGGATTCCATCTATCAAAATACGGTTATAAAAGTATTGCTGATGTTTCTAACACTCTGTATAGAAATATTAATATAAG
CATACCAATAGAGGTCCAGTGGTCTGACATTGATTACATGGACAAATATAAAGACTTCACATCCGATCCGATCAAATATG
CAAATTTTGGTTCATTTGTTGCATATCTTAATATAACTTTAGGAATAAGGTATATTGTTATAATAGATCCCGGAATCAGT
ATACAAAGTCCCGGTGCATATTCCCCATATGATGAAGGACTTGAAATGAACTTATATATTAAAGATGCGAATACTAAGAA
ACCTTTAATTGGACAGGTTTGGCCAGGGGAAACATGTTATCCTGATTTTACTCATCCTAATGCTTCAAAGTATTGGTCAA
ATCAAATTCAAAGATTTCATTCTCAAGTACCAATAGATGGTTTGTGGATTGATATGAATGAACCATCAAATTTCTACGAT
GGATCTAGAACCGGATGCGCTCTAAATAATCCGTATGACTATCCATTCTTTGTACCGACAATCAGAGATGGTTCGTTAAT
TAAAAAAACAATATGTTCATCTTCTCTTCATTATAACAATGTCATGCATTACAACTTGCATAATTTATATGGTTACACCG
AGGCAGTAGCGACTCATAGTGCTTTATTGAATACCATTCCAAACAAAAGACCATTTATTTTATCTCGTTCCACATTCAGT
GGATCTGGTAAGTACACCTTTCATTGGACCGGTGATAATTCGGCAAATTGGGATCAGTTAGCCAATTCAATCAGGCAAGT
CCTCAATTTCAACATGTTTGGTATTCCAATGACGGGTGCGGATATTTGTGGATTCAATGGAGATAGTAATGAAGAACTGT
GTATAAGATGGATGCAATTAGGTGCTTTCTATCCATTCATGCGGAATCATAATACCTATGGTGTAAGAGATCAAGACCCA
GCATCTTGGAGTAAAGAAGCTCAGAACATTATGAGAAAAAGTATCAATTTAAGATATGTTTGGTTACCTAACTTTTATAC
ATTATTGGTTAAATCATATTTGTACGGTGGCACTGTGATGCGACCATTGAGTTTCCAGTTTTACAGTGATGCTGAGACGC
ATGAAATTGAGAGGCAATTTATGATTGGTTCCTCGATGCTCGTCAATCCAGTTGTTGTCCAAGGAGCTAGAAATGTTGTA
GCATATTTTCCAACTGGAGTCTGGTATGATGGATACACAAATCAAGTCGTCCATTCAGGACCAATTGGAAAATGGATCAG
TTTAGATGCGCCGATAGATAAATTGAATTATGCAATTAGAGGGGGCTCTATTTTGACAGGATTGTTTCCAGCTATGACCA
CTACGTCATCTCGCAATGGTCCTTGCTTTTTATATTGTGCTCTTTCTCTTAACAGAACTGCTTCTGGCGAATTGTATTGG
GACGATGGAGAAAGCTTCGACAGTTATTCAGGAAATAAATATAGTTATATTACCTTTACGGCAGACTCGAGGGGATTAAA
GGTGACACCTCAATTCGTTGGATTCCGTTCTATTCCTTTACTGGCAAGTATTTCTGTTGTTGGACTTGAAAATTTGTCAA
TCACAAAAGTGTCATTAAATGGAAAAGAAGTTCCATTTATTGTTTTGAACAATTGCTTAATAATTACGACTGGGAAGGTT
TCAATGTCAACTGATATTCATGTAACTTGGCTATAAAATTCGGGAATTTTATTTTTGATTTAATTATTCATTTGTTTAAA
AGAGTCATTATTATGGTTTCATTTTATTCAAATTAAATTGAGTTACTTTCACAGATAAAAATCTCACCT
>SMED30022921 ID=SMED30022921|Name=Netrin 1|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=1370bp
GATTTTTATAAGAACAATAGCAATTCTAAATTTATCAGTGTGGATTCATTCTGTCAAGGTTATTTTTGAATCTCAGTCTT
CACCATGCTATTTAAACGGGAGGCCTCAACAGTGTTTGCCGTCTTTTACAAATATTATTGAAAACGTTAAAGCAGAAACT
ACAAGTACGTGTGGGACCAATGGACCGGAACAGATTTGTCGGAATTGGTATGACAAGACAACTGCAGAAGCCCGACAATA
TTGTAGTATATGCGACGCAAAACATCGTTCATATCCACCATCCCATATAACAGACCGACACATTCCAAAAAATCAAACAT
GTTGGTTTTCTGGACCGTTACAGGAAAATCCTGGTCAAAATGAAGTCAATATTACTGTTTCGCTGAAGAAAAGCTTCGAA
GTTTATTACATTGCATTGCAAATCTGCGGAACACTTCCAGATTCAATAGCAATTTACAAAAGCTTAGATTTTGGAGTTTC
ATGGAAACCTTGGCAGTTTTTTTCACAAGATTGCTACAGGGCATTTAAAATGCCAACAACCAACGAACAGAACTCTCAAA
TCACTCCTGCAAACATTCACGAAGTTCTTTGTGTTGAATTAAAAGCCCCTGAACGATACAATGATTATGGACAAGCAGAA
ACTGTGTTACCGTTTAGTACCATTTATGGGCGACCATCTGGACCTCCATGGAGTCAAGATTTAGTTGAATGGATGACAAT
GACAGATTTGAGAATAAGTTTGATGAGATTTACACCGGAAAAATCGACTCCATACAGATTGAAAGAATTGTATTATCATA
CCGAATCACTTCCCCAAGCACCACCGAATTTAGTCAACCATAAAACTGAGCCGATTGTTCATTTTGGTTTGTCAGATCTT
GCTGTTGGTGGACGCTGCAAATGCAATGGCCATGCTAATCGATGTTTGATTGATGATAACGATGAAATCAAGTGTGACTG
TCACCACAACACCGAAGGTCAAGAGTGTGAAAGATGCAAATCTAATTATCTTGATCGACCATGGCAAAGAGCAACCAGGC
AAAATGCCAATGTCTGCAAATTATGCCAATGTTACAACCATTCTGATAAATGCATGTTCAGCATGGGCATGTACAAACAA
ACTCGAGGACAACATGGAGGGGTTTGTTTGGAATGCAAACACAATACAGAGGGTCACGCTTGTGATGAATGTGCTGCATT
TCATTATCGTGATATAACAAAACCAGTTACACATCCTCAAGCTTGTACAAATTCATGGCACAGGTAGGTGAAGGCGCAAA
GCACCCGTTAATACTATTAATTGCGCACCGTGAACTAACCAATAAAAATCGAGTCAGGTTGCAAATGTCACACTATAGGA
TCTATTAAAC
>SMED30020435 ID=SMED30020435|Name=Myosin heavy chain|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=3615bp
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ATGAATTATATGAAGTAGCGTTCCAACCACACTCAAAACTAGACGCAAAATTCAGAAACAGAATTCTAGATATTGGAGCG
TTATTGAAAGAAGGAAAAGACACAATTTATCCACAATATTTAGCGGATTTAATTGTCCGTGACTTCGGCACTCACGTCAT
TCGGTCGGTGGATGCGGGAGCGACACTAATAAAGACTGATGTTTTAAAATCGAATTATGTCAAAGGTTTTAAAGGGGATA
CAACTAAGATTGCAGCTGCGGCATCATTCAGTATGACAACAATGCTTTCAGTCAACCTCAAAGGAACCTATGTTGGTGAT
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AGATATTATGCAGCCAACACGAGAGTGGGATGTATGAATATGGAGTCAGAAAATTTCAATGACGACGCAAATGTTGACGG
TGGAAACTGCGAACCTCCTAATACATTTTACAGTTTTGGAGGAACTTTTCAAACCTGCTCAGGCCCTGATTATCAGTGTA
TGGATGTCGCGGCAAAAAACCCAGTGACCAATAGTTATGCTTGTCCTGATAACTATGATACCATTGAATTACAAAGTGGA
TTGAATAAATGCATAAATTATTGCACCAAATACTTATTTTCCACTCAATGTCATTACGAGTGTTCCCAATATGCATTGTA
TTGGTGTTCTTCTACAAACAAAACGAAAATATCAGAAGGCGCACTTTTCGGGGGATTCTACACTAATACATTTCCGAATC
CACTTACAAATTCCTATAGTTGTCCACAATACTATGTAGCGACAAGATTCGGCGTAAACGCCAAGGTTTGCACTGCACTC
AATAAGGCAGAGGCTATGGAACACCATTTGCCGTTTGGAGGATTTTATAGTTGCAAAGTTGGAAATCCTCTACTAGATGA
TCCTCTCTACAACATTACACAGGATCCCAAATATTGGCCTCAAGGTTGTTCAACCGGATATTCATCACATGTAGCTATTG
TCGACAGAGCTTGTCAAATTTCCTATTGCGTTAAAAATAACGCCCTTAGCATGAGAGAGCAACCGCCTCTCTACCGACCA
CCTTTTATTGATTTGGGATTTGGACCCAATATGACAGTAATTACCTCTCTGGACACTCCAATGGGGGTCCGATTATCTGT
TGATGAAAACGGGAAATGGAGTCATAATCACCAATACAAATTATCCAATTACAATATTATAATAATATCAGTCATTATGG
CGGCAGGAGCCAGCATTGCAATTATTATTATAATTCTTGGAGTTCAAAGATTCAGCAGAAACCGAAAAGGTCAAGTCTCA
CCGGAATCTCATGAATTTGATAGCAGATATGATTCTACTAAAGATGTTGCCAATCTTGCGTTACCCGGCGAGGTTCCACC
GTTTCGTGTTATAATTGACGGAGCGAAATGATGCTTGGAACCTTTTATTATTTCTGTTGAATCTGATCTGTAAATGTTTT
CAGAATATTTTTCTAATAAAATCGTTCTGAAATTTTAAAGTGATCCTTGATGCTATTAAATGATGGACTTTATTGTACCC
CGAATTGGGTCACCCTTGTTCACGCAAATTCGTGCTTAGGATATTTGTACGGGCTTATGCAACTTTTTAAATTTTTATTT
TTCCTTATTTTTATTAGCAATCCGTTTTATTTATAACGACAAATGCTTGATGTTTGAATCAAATTTTTATTATGTTTCTT
AATGAAACATAGTGAACAATGTGCCACTAATTTCATAACCAAGGTCTAATCAAATAGTTTGGGTAGTGAAAGCAATATTA
CAGAGTTTAGGTTTGTCATTCATAT
>SMED30025482 ID=SMED30025482|Name=Histone H4|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=552bp
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GTCTGGTCGAGGAAAAGGAGGAAAAGGCTTAGGTAAAGGTGGAGCTAAAAGACATAGAAAAGTTTTGCGAGACAACATCC
AAGGAATCACGAAACCAGCTATTAGAAGGTTAGCTCGCAGAGGTGGCGTGAAAAGAATTTCTGGTCTTATCTATGAAGAA
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TTGTAGTGAATTGTTCAAATATTGTTATTCTATCTAGTAATTCTCAGCAATTTTATTAACGTTATTTAGAAATTAATTTT
ACAATTGCTAATTTCGAATGTTATATCTGGTGTCAATGTTCAGTTATATTATTTTACAAATGACTTGAAATG
ADDITIONAL REFERENCES:
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PAGE: Planarian Anatomy Gene Expression
These transcripts were reported as being expressed in embryonic pharynx. Click this link to learn more about PAGE.
PAGE Curations: 67
PLANA Term Reference Transcript Description Gene Models Published Transcript Transcriptome Publication Specimen Lifecycle Evidence embryonic pharynx SMED30007290 GATA456 SMESG000039559.1 SMESG000037031.1 JF802198.1 smed_ncbi_20200123 PMID:28072387
Davies et al., 2017 
embryonic pharynx SMED30007290 GATA456 SMESG000039559.1 SMESG000037031.1 AFF18488.1 smed_ncbi_20200123 PMID:28072387
Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30007290 GATA456 SMESG000039559.1 SMESG000037031.1 SMED30007290 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30000139 Macrophage-expressed gene 1 protein SMED30000139 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 
embryonic pharynx SMED30000139 Macrophage-expressed gene 1 protein SMED30000139 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 
embryonic pharynx SMED30014940 Gelsolin SMESG000035418.1 SMED30014940 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30014940 Gelsolin SMESG000035418.1 SMED30014940 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30014940 Gelsolin SMESG000035418.1 SMED30014940 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 
embryonic pharynx SMED30014940 Gelsolin SMESG000035418.1 SMED30014940 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30005748 HNF4 SMESG000014588.1 JF802199.1 smed_ncbi_20200123 PMID:28072387
Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30005748 HNF4 SMESG000014588.1 AFF18489.1 smed_ncbi_20200123 PMID:28072387
Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30005748 HNF4 SMESG000014588.1 SMED30005748 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30004295 Elongation factor 1-alpha 1 SMED30004295 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 
embryonic pharynx SMED30004295 Elongation factor 1-alpha 1 SMED30004295 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30004295 Elongation factor 1-alpha 1 SMED30004295 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30003202 Eukaryotic initiation factor 4A-like Protein SMED30003202 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30003202 Eukaryotic initiation factor 4A-like Protein SMED30003202 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30003202 Eukaryotic initiation factor 4A-like Protein SMED30003202 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30015313 Venom allergen 5 SMESG000047165.1 SMED30015313 smed_20140614 PMID:28072387
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Davies et al., 2017 
embryonic pharynx SMED30015696 Macrophage-expressed gene 1 protein SMESG000067839.1 SMED30015696 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30015696 Macrophage-expressed gene 1 protein SMESG000067839.1 SMED30015696 smed_20140614 PMID:28072387
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Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30018602 ATP dependent RNA helicase DDX5 SMESG000033916.1 SMESG000033908.1 SMESG000033907.1 SMED30018602 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30018602 ATP dependent RNA helicase DDX5 SMESG000033916.1 SMESG000033908.1 SMESG000033907.1 SMED30018602 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30027428 forkhead box A-1 SMESG000065670.1 JX010556.1 smed_ncbi_20200123 PMID:28072387
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Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30028442 Lysosomal alpha-glucosidase SMED30028442 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30028442 Lysosomal alpha-glucosidase SMED30028442 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 
embryonic pharynx SMED30028442 Lysosomal alpha-glucosidase SMED30028442 smed_20140614 PMID:28072387
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Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30027646 Transcription factor BTF3 SMESG000008919.1 SMED30027646 smed_20140614 PMID:28072387
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Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30025427 Translationally controlled tumor protein SMESG000013566.1 SMED30025427 smed_20140614 PMID:28072387
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Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30023593 Netrin 1 SMED30023593 smed_20140614 PMID:28072387
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Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30023322 Cathepsin L SMED30023322 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30023322 Cathepsin L SMED30023322 smed_20140614 PMID:28072387
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Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30014981 Gelsolin-like protein SMESG000015924.1 gelsolin-like smed_ncbi_20200123 PMID:28072387
Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30014981 Gelsolin-like protein SMESG000015924.1 gelsolin-like smed_ncbi_20200123 PMID:28072387
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Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30035691 Macrophage-expressed gene 1 protein SMESG000067839.1 SMED30015696 smed_20140614 PMID:28072387
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Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30035691 Macrophage-expressed gene 1 protein SMESG000067839.1 SMED30015696 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30025623 SMED30025623 SMESG000065670.1 SMED30027428 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30025623 SMED30025623 SMESG000065670.1 SMED30027428 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30025623 SMED30025623 SMESG000065670.1 SMED30027428 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30034696 Macrophage-expressed gene 1 protein SMED30034696 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30034696 Macrophage-expressed gene 1 protein SMED30034696 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30021818 SCP domain-containing protein SMESG000047165.1 SMED30015313 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30021818 SCP domain-containing protein SMESG000047165.1 SMED30015313 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30021818 SCP domain-containing protein SMESG000047165.1 SMED30015313 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017 embryonic pharynx SMED30021818 SCP domain-containing protein SMESG000047165.1 SMED30015313 smed_20140614 PMID:28072387
Davies et al., 2017
Note: Hover over icons to view figure legend
↳contained in oral hemisphere
↳develops from blastomere
↳existence ends during or before Stage 6
↳existence overlaps Stage 4, Stage 3, Stage 6, Stage 5 and Stage 2
↳existence starts during or after Stage 2
↳part of embryonic digestive system
→ embryonic pharynx lumen luminal space of embryonic pharynx
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Embryonic Molecular Fate Mapping
All experimental data displayed here is from Davies et. al., 2017, Smed Embryogenesis Molecular Staging Resource
DESCRIPTION:
The temporary embryonic pharynx is an innervated, muscular pump that ingests yolk into the gut cavity (Figure 1 – figure supplement 12 A-B). It forms during S2 and likely functions during S3 through S5. Temporary embryonic pharynx-specific markers were identified among the S2-S4 enriched transcripts, including VAL-like (Figure 1 – figure supplement 12 C-D), netrin-like (Figure 1 – figure supplement 12 C,E), MPEG1-like-1 (Figure 1 – figure supplement 12 C,F), MPEG1-like-2 (Figure 1 – figure supplement 12 C,G). Expression of foxA1, a developmental transcription factor required for maintenance and regeneration of the pharynx during adulthood (Adler et al., 2014; Scimone et al., 2014), was detected in the epithelial cells lining the lumen of the temporary embryonic pharynx during S3-S5 (Figure 1 – figure supplement 14 A, black arrowheads). The temporary embryonic pharynx degenerates during S6, as the definitive pharynx primordium develops beneath it (Martín-Durán and Romero, 2011). Temporary embryonic pharynx markers are no longer detectable by S7 (Figure 1 – figure supplement 12 C-D).
FIGURES:
Figure 1 – figure supplement 12: Molecular markers for the temporary embryonic pharynx
A-B: The temporary embryonic pharynx is innervated by PC-2+ neurons (A) and contains mhc-1+ radial muscle fibers (B). For simplicity, only S4 is shown. The image shown in B is also shown in Figure 1 – figure supplement 17 C.
C: Average RPKM values per embryo for the temporary embryonic pharynx markers venom allergen-like (VAL-like; SMED30015313), macrophage expressed gene 1 like-1 (MPEG1-like 1; SMED30000139), MPEG1-like 2 (SMED30034696) and netrin-like (SMED30023593) during embryogenesis, Y (yolk), Stage (S) S2-S8.
D-G: Expression of temporary embryonic pharynx specific markers VAL-like (D, S3-S7), netrin-like (E, S2-S7), MPEG1-like-1 (F, S3-S4) and MPEG1-like-2 (G, S3-S4).
A-B, D-G: Anterior: top (S6-S8). Black arrowheads: temporary embryonic pharynx. Red arrowheads: definitive pharynx. O: oral hemisphere. A: aboral hemisphere. D: dorsal. V: ventral. Scale bars: 100 µm.
IN SITU HYBRIDIZATION DATA:
Click to see image symbols and abbreviations
| Abbreviation or symbol | Definition |
|---|---|
| O | oral hemisphere |
| A | aboral hemisphere |
| D | dorsal |
| V | ventral |
| L | lateral |
| black arrowhead | embryonic pharynx |
| red arrowhead | definitive pharynx |
| black arrows | primitive gut |
| yellow arrows | primitive ectoderm cells |
| cyan arrows | brain |
| cyan arrowheads | nerve cords |
| blue arrowheads | eye progenitors (trail cells) |
| purple arrowheads | eyes |
| scale bar | 100 µm |
SEQUENCES:
smed_20140614 transcript sequences for genes validated by in situ hybridization (above).
>SMED30015512 ID=SMED30015512|Name=Venom allergen 5|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=890bp
CTCTTTTATGGTGAAAAATAGAAAAGAATGGTTGAAAATAAGTAGAAAAATCAATTCATAATTGTCCGGAGACTCGATTT
AAACAAGTATAGAATTAAAAACTAAAGGAAATTTAACCAGAAATCTTTTCAATCAGTCAATCATACTTTTAATGGATCTC
AATACTTAGTTTGAGCAAAAATTATATAAATGATTGCTTAGTTTTAGATTGGAAAATCTACACGAATAATGAATTATAAT
TTCTTCATATTAATTATTAATATTATTTTTCTAAGGATTTGTTTGAGTGATCTTAATGAAAAGCATAAAGAAGAAATTCT
CTTTGAACACAATAGATATAGGCAACTGATCGCAAAGGGTATGATTTCGGATCAACCACCGGCTGCCAACATGGTAAAAA
TGACATGGAATGAAGAATCAGCAGAGAAAGCCCAACGAAAAGCGGATACATGCGAGTTTTCACACGACTCAAAGCAAGAT
CGTAGTTATAGTCATCATGAGTGGGTTGGTCAAAATATTGCCATGTCAAGTGGAAGAAAAATTTCAAACGGATTAAAATT
ATGGTTCAACGAAGTCAAAGGATATTCTTATTCCGATAATAGCTGTTCTTTAAATACTTGTGGACATTACACTCAGGTTA
TCTGGGCGAAATCCAAGGAATTAGGTTGTGGAATTTCAAAATGCAGTCATGGACGATTTTTGATAAATTTTTTGGTTTGC
AATTATGGTCCAGGGGGTAATTTTAACAGTGAATTACCATACGAATCCGGACCTGCGTGTTCAAAATGTATTTCAGGGAC
AACTTGTGATGGTGGCCTGTGTAATTAATGAGAACTTTCATTTGAAAAAAGCAATAGAATGTTTTTAGATATTTATATAA
TACTTTAGAA
>SMED30013734 ID=SMED30013734|Name=Venom allergen 5|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=359bp
AATTAAAGTCGGATTTGTTTTAGTTGTTCTAGAATTTTGTTCTGGAGATCTTTCTAATGACGATAAAGACATAATCTTGA
CTCTCCACAACATGTACCGACAATATGTGGTCTATGAAGTATTTTCAGATATACCCGTCGCATCGAACATGCAGCAAATG
GTATGGAGTGAAGAATCCGCGTCAAAAGCGCAGATCTACGCGGATAAATGCATATTTGCTCACGACACAATAGATGACCG
TAAATACGGAGATTTTGAATGGGTTGGACAGAATGTTGCTAAGTTCGCTGGACAAAAAATTGCCAGAGGCGTCGAATTGT
GGTTTAATCAGGTTTCCGGATTCACATTTGAAAATAGTG
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GGATCTGGTAAGTACACCTTTCATTGGACCGGTGATAATTCGGCAAATTGGGATCAGTTAGCCAATTCAATCAGGCAAGT
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ACAATTGCTAATTTCGAATGTTATATCTGGTGTCAATGTTCAGTTATATTATTTTACAAATGACTTGAAATG
ADDITIONAL REFERENCES:
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PAGE: Planarian Anatomy Gene Expression
These transcripts were reported as being expressed in embryonic pharynx. Click this link to learn more about PAGE.
PAGE Curations: 67
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| embryonic pharynx | SMED30000139 | Macrophage-expressed gene 1 protein | SMED30000139 | smed_20140614 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | | |
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| embryonic pharynx | SMED30014940 | Gelsolin | SMESG000035418.1 | SMED30014940 | smed_20140614 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | |
| embryonic pharynx | SMED30014940 | Gelsolin | SMESG000035418.1 | SMED30014940 | smed_20140614 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | |
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| embryonic pharynx | SMED30005748 | HNF4 | SMESG000014588.1 | JF802199.1 | smed_ncbi_20200123 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | |
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| embryonic pharynx | SMED30005748 | HNF4 | SMESG000014588.1 | SMED30005748 | smed_20140614 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | |
| embryonic pharynx | SMED30004295 | Elongation factor 1-alpha 1 | SMED30004295 | smed_20140614 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | | |
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| embryonic pharynx | SMED30003202 | Eukaryotic initiation factor 4A-like Protein | SMED30003202 | smed_20140614 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | | |
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| embryonic pharynx | SMED30015313 | Venom allergen 5 | SMESG000047165.1 | SMED30015313 | smed_20140614 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | |
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| embryonic pharynx | SMED30015696 | Macrophage-expressed gene 1 protein | SMESG000067839.1 | SMED30015696 | smed_20140614 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | |
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| embryonic pharynx | SMED30018602 | ATP dependent RNA helicase DDX5 | SMESG000033916.1 SMESG000033908.1 SMESG000033907.1 | SMED30018602 | smed_20140614 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | |
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| embryonic pharynx | SMED30027428 | forkhead box A-1 | SMESG000065670.1 | JX010556.1 | smed_ncbi_20200123 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | |
| embryonic pharynx | SMED30027428 | forkhead box A-1 | SMESG000065670.1 | JX010556.1 | smed_ncbi_20200123 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | |
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| embryonic pharynx | SMED30027428 | forkhead box A-1 | SMESG000065670.1 | SMED30027428 | smed_20140614 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | |
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| embryonic pharynx | SMED30027428 | forkhead box A-1 | SMESG000065670.1 | SMED30027428 | smed_20140614 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | |
| embryonic pharynx | SMED30028442 | Lysosomal alpha-glucosidase | SMED30028442 | smed_20140614 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | | |
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| embryonic pharynx | SMED30027646 | Transcription factor BTF3 | SMESG000008919.1 | SMED30027646 | smed_20140614 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | |
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| embryonic pharynx | SMED30025427 | Translationally controlled tumor protein | SMESG000013566.1 | SMED30025427 | smed_20140614 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | |
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| embryonic pharynx | SMED30023593 | Netrin 1 | SMED30023593 | smed_20140614 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | | |
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| embryonic pharynx | SMED30023322 | Cathepsin L | SMED30023322 | smed_20140614 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | | |
| embryonic pharynx | SMED30023322 | Cathepsin L | SMED30023322 | smed_20140614 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | | |
| embryonic pharynx | SMED30023322 | Cathepsin L | SMED30023322 | smed_20140614 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | | |
| embryonic pharynx | SMED30014981 | Gelsolin-like protein | SMESG000015924.1 | gelsolin-like | smed_ncbi_20200123 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | |
| embryonic pharynx | SMED30014981 | Gelsolin-like protein | SMESG000015924.1 | gelsolin-like | smed_ncbi_20200123 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | |
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| embryonic pharynx | SMED30014981 | Gelsolin-like protein | SMESG000015924.1 | gelsolin-like | smed_ncbi_20200123 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | |
| embryonic pharynx | SMED30035691 | Macrophage-expressed gene 1 protein | SMESG000067839.1 | SMED30015696 | smed_20140614 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | |
| embryonic pharynx | SMED30035691 | Macrophage-expressed gene 1 protein | SMESG000067839.1 | SMED30015696 | smed_20140614 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | |
| embryonic pharynx | SMED30035691 | Macrophage-expressed gene 1 protein | SMESG000067839.1 | SMED30015696 | smed_20140614 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | |
| embryonic pharynx | SMED30025623 | SMED30025623 | SMESG000065670.1 | SMED30027428 | smed_20140614 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | |
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| embryonic pharynx | SMED30025623 | SMED30025623 | SMESG000065670.1 | SMED30027428 | smed_20140614 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | |
| embryonic pharynx | SMED30034696 | Macrophage-expressed gene 1 protein | SMED30034696 | smed_20140614 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | | |
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| embryonic pharynx | SMED30021818 | SCP domain-containing protein | SMESG000047165.1 | SMED30015313 | smed_20140614 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | |
| embryonic pharynx | SMED30021818 | SCP domain-containing protein | SMESG000047165.1 | SMED30015313 | smed_20140614 | PMID:28072387 Davies et al., 2017 | | | |
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