Stage 5
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Planarian Anatomy Ontology Class Overview
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NAME:
Stage 5
DEFINITON:
A stage of Smed embryonic development defined by a unique gene expression signature and morphology, 5-7 days post-egg capsule deposition at 20˚C. Organogenesis onset. Downregulation of early embryo enriched transcripts and birth of adult lineages within the blastomere population. Early embryonic gut formation continues. Yolk ingestion into the gut cavity.
TERM DEFINITION CITATIONS:
PMID:28072387
TERM CITATIONS:
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TERM ID:
PLANA:0000005
ABOUT THIS TERM:
Stage 5
↳is a embryo stage
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→ embryonic pharynx epithelial cell
→ embryonic pharynx radial muscle cell
→ embryonic pharynx circular muscle cell
→ embryonic pharynx neuron
→ blastomere
→ primitive ectoderm surface
→ embryonic pharynx lumen epithelial surface
→ embryonic gut cell surface
→ primtive gut cell surface
→ embryonic pharynx lumen
→ primitive gut
→ embryonic gut
→ primitive gut cell
→ oral hemisphere
→ embryonic gut cavity
→ embryonic wall
→ embryonic gut cell
→ embryonic digestive system
→ aboral hemisphere
→ Category 3 cell
→ epidermis
→ primitive ectoderm
→ gut
→ Category 2 cell
→ embryonic pharynx
→ Category 4 cell
→ pharynx
→ primitive ectoderm cell
→ neoblast
→ oral opening
Expand to see terms that existence starts during or after Stage 5
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Embryonic Molecular Fate Mapping
All experimental data displayed here is from Davies et. al., 2017, Smed Embryogenesis Molecular Staging Resource
DESCRIPTION:
Spherical embryos continue to grow via yolk ingestion, reaching maximal size by the end of Stage 5 (~400-800 µm in diameter). Blastomeres fill the parenchyma, forming a dense collection of cells blanketing the sphere. Yolk-laden gut cells generate a continuous, honeycomb-like lattice encircling the central ingested yolk mass. Many early embryo enriched transcripts expressed in S4 blastomeres are downregulated during S5. Progenitors for many of the definitive organs, including the epidermis, nervous system, muscle, gut, pharynx, protonephridia, eyes and primordial germ cells first appear during Stage 5, marking the onset of organogenesis. Pluripotent neoblasts and adult lineage progenitors arise in the blastomere population during S5.
FIGURES:
Brightfield images of live Stage 5 (S5) embryos harvested for RNA-Sequencing (left), a paraffin embedded S5 embryo sectioned and stained with hematoxylin and eosin (middle), and heat maps for S5 enriched transcripts (right). Yellow arrowhead: temporary embryonic pharynx. Scale bars: 100 µm.
Figure 1 – figure supplement 7. Mean centered expression and average RPKM profiles for S5 enriched transcripts.Organized by cluster membership presented shown in the heat map and S5 enriched transcript excel file (
IN SITU HYBRIDIZATION DATA:
Click to see image symbols and abbreviations
Abbreviation or symbol Definition O oral hemisphere A aboral hemisphere D dorsal V ventral L lateral black arrowhead embryonic pharynx red arrowhead definitive pharynx black arrows primitive gut yellow arrows primitive ectoderm cells cyan arrows brain cyan arrowheads nerve cords blue arrowheads eye progenitors (trail cells) purple arrowheads eyes scale bar 100 µm
SEQUENCES:
smed_20140614 transcript sequences for genes validated by in situ hybridization (above).
>SMED30015512 ID=SMED30015512|Name=Venom allergen 5|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=890bp
CTCTTTTATGGTGAAAAATAGAAAAGAATGGTTGAAAATAAGTAGAAAAATCAATTCATAATTGTCCGGAGACTCGATTT
AAACAAGTATAGAATTAAAAACTAAAGGAAATTTAACCAGAAATCTTTTCAATCAGTCAATCATACTTTTAATGGATCTC
AATACTTAGTTTGAGCAAAAATTATATAAATGATTGCTTAGTTTTAGATTGGAAAATCTACACGAATAATGAATTATAAT
TTCTTCATATTAATTATTAATATTATTTTTCTAAGGATTTGTTTGAGTGATCTTAATGAAAAGCATAAAGAAGAAATTCT
CTTTGAACACAATAGATATAGGCAACTGATCGCAAAGGGTATGATTTCGGATCAACCACCGGCTGCCAACATGGTAAAAA
TGACATGGAATGAAGAATCAGCAGAGAAAGCCCAACGAAAAGCGGATACATGCGAGTTTTCACACGACTCAAAGCAAGAT
CGTAGTTATAGTCATCATGAGTGGGTTGGTCAAAATATTGCCATGTCAAGTGGAAGAAAAATTTCAAACGGATTAAAATT
ATGGTTCAACGAAGTCAAAGGATATTCTTATTCCGATAATAGCTGTTCTTTAAATACTTGTGGACATTACACTCAGGTTA
TCTGGGCGAAATCCAAGGAATTAGGTTGTGGAATTTCAAAATGCAGTCATGGACGATTTTTGATAAATTTTTTGGTTTGC
AATTATGGTCCAGGGGGTAATTTTAACAGTGAATTACCATACGAATCCGGACCTGCGTGTTCAAAATGTATTTCAGGGAC
AACTTGTGATGGTGGCCTGTGTAATTAATGAGAACTTTCATTTGAAAAAAGCAATAGAATGTTTTTAGATATTTATATAA
TACTTTAGAA
>SMED30004304 ID=SMED30004304|Name=Proliferating cell nuclear antigen|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=907bp
CTAAAAGGTAATAATTTAAATTTAATTAGAACATTGTTTTAATATTCGGTTATATTCTCCATTATTCTAAATTATGTTTG
AAGCAAAATTAATAAAAGGCGAAGTTTGGAAAAAGGTTATAGAAGCTATAAAAGACTTAGTACAAGAAGCAACATTGGAT
TGCTCAGAAAATGGAATTAGTCTTCAAGCCATGGATACATCTCATGTGTCCTTAGTTAGTATGCTTCTTCGAAGTGATGG
TTTTGAGACTTATCGATGTGATAGAAATGTCAATCTCGGTCTTAATATAACAAGTGTTTCAAAAATTTTAAAGGCGCTTG
GTAGTAATGATTCCCTAACAATGAAAGCCGCTGATTCAAGTGAAACAATTTCGCTTTTGATAGAATCTGCAAATGAAAAT
GAATTATCTGAATACGAAATAAAATTAATGGACTTGGATGGAGATCACTTAGGTATACCAGATACTGAATATAAGTGCAT
TGTGAAAATGCCGAGTTCAAAGTTACAAAGAATATGTCGAGATTTAAGCCAAATTGGAGAAGCAATCACGATTTGTGTTA
CTAAAGATGGTGTAACTTTTGCTGCTGCTGGAGATCTAGGAAAAGGAGCTATAAAACTTAATCAAAATTCTAGTGCTGAC
AAAGAAAATGAAGGAGTAACTATTGAAATGACCGAACCTGTTTCGATGACATATTCATTGAGGTATTTCAATATGTTTAC
AAAGGCTGCACCTCTTTCTTCTCAAGTATCTCTGTCGTTGACTGAAAATGTTCCAGCAGTTATTGAGTTCATAATCGAAG
ATTTGGGATTTATTCGATATTACCTAGCTCCTAAAATCGAAGACGACGAGTGAAAGTTTAACTATTAATGTTGTATGTTT
AATAGATGTTATTTTGTTTAAAAAAAA
>SMED30013734 ID=SMED30013734|Name=Venom allergen 5|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=359bp
AATTAAAGTCGGATTTGTTTTAGTTGTTCTAGAATTTTGTTCTGGAGATCTTTCTAATGACGATAAAGACATAATCTTGA
CTCTCCACAACATGTACCGACAATATGTGGTCTATGAAGTATTTTCAGATATACCCGTCGCATCGAACATGCAGCAAATG
GTATGGAGTGAAGAATCCGCGTCAAAAGCGCAGATCTACGCGGATAAATGCATATTTGCTCACGACACAATAGATGACCG
TAAATACGGAGATTTTGAATGGGTTGGACAGAATGTTGCTAAGTTCGCTGGACAAAAAATTGCCAGAGGCGTCGAATTGT
GGTTTAATCAGGTTTCCGGATTCACATTTGAAAATAGTG
>SMED30028603 ID=SMED30028603|Name=Venom allergen 5|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=676bp
TAAAAATGTAAATCCGTTTAGTTTTTCTATTTCGATATGAATTTTTTAATTGAAGTCGCATTTGTTTTAGTTGTTCTAGA
TTTTTGTTCTGGAGATCTTTCTGAAAAAGAAAAAAATCTACTCTTGAATATCCACAATGAATACCGAGGAGATGTGGCCA
TAGGACAAGTTTCAGGGCAACCCACAGCATCGAACATGCAACTAATGGTATGGAATGAAAAATCCGCGTCGAAAGCGCAG
ATCTACGCGGATAAATGCATATTTGCTCACGACACAAAAGATGACCGTAAATACGGAGATTTTGAATGGGTTGGACAGAA
TGTTGCTAAGTTCGCTGGAGAGATAATTACCAGAGGCGCAGAATTGTGGTTTATTCAGGTTTCCGGATTCACATTTGAAA
ATAGTGCCTGTTCATTAAAAACCTGCGGCCATTATACACAACTTGTATGGGCCAACTCTACTGAGCTTGGATGTGGACTT
GCGAAATGTATAATTGACGGAATTGATTTGAATTTGTTAGTTTGCAATTACGGTCCAGGAGGCAATTATGTCGGTGAGAA
ACCCTATAAATCTGGCGAGCCATGTTCTGAATGCAAATCCGGCCAATCCTGCACTGCATATGGACTTTGTTATGATTAAT
AAATATCCCGTCAATCCTGCAGTCAGGATTGACTTG
>SMED30008247 ID=SMED30008247|Name=Venom allergen 5|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=799bp
TATTTAATTAGGGGAAATTATATTTGATTTATCTGAGTTGAACAGTTATTTAGTAAATCTTTATTCGCATGTTATATTAA
CTGACAAATTTGAAAAAAATATTCAATGATGATTCTTACGGGCTTCGTATTGATATCCATAATTTCTCAAGCATTTTCCA
TTACAAGTGATCTCCGAGATGACTTTCTAATGGCCCACAACAAGTTCCGGCGGCAAGTAGCTCAAGGTAAAGTTCCAGGT
CAACCGGCAGCCTCCGATATGATGGAAATGGTCTGGAGTGATGAATTGGCAGCGACTGCAGAGAAATGGGCCAGTAGATG
TGTGTTTGGACATGATGAAAATAGACAAACTAAATCTTTTCCAATAACAGGACAAAATATTTATGCCGGTTGGGAGCCAA
AAGAAGTGCAACAAAGTTATGGTTCAATGAACACATGCATTACACATACAACAATGATCATTGTAACGGAGTTTGTGGAC
ATTATACACAGGTGGTATGGGCCAACAGTAATGCTGTGGGATGCGCCAGTTCTCATTGTGAAAAGGTGAATGGATTCAGA
TACAAATATTTTGTCGTTTGCAACTATGGACCAGCATAATGGAAACTACCAATTTGTAAAACCTTATATTGCTGGAGAGA
CTTGATCAAAATGCCCTGCCGGTTCAACATGCAATGATGGACTCTGCTCAAATTATGACATCACTGACAAGAATGAGAAG
AATTAAAAAAAATAAGATATTGGACAAAATTATCCACCAAACAAAATTAAATGACAAACCTTTTGAAACGTTTTAAAAT
>SMED30019097 ID=SMED30019097|Name=SOXP-1|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=1596bp
GGAATAACAGCCAATTAGGGATCAGCTGCAATTTGGCCTATGATTGGACATTGATTTTTATAGTCTCAGGCGTTCTCAGC
TTACGTGTGCACCTTTTTAGTGGACACGTTAAATTTGATAGGTGCTTAGTGGTGTTGATTCCTGTTTGGAAACTGTATAT
AACCAAGGTTATTTGTTGCTTTGAGACAAATGCAACACAATCAAATAATTAATTATGCTATGTTCAAATTGTTCAAACAA
TCAGGATACTTTGAAATTATGGATGGTCCATTTAGCTTCTTGTCACCCATTACCTCCTGAATGGCTTAGTGAAAAGGCCA
AAGTATTAAATGATGACGAAAATCAGCGCCCCTATACAATTGTCACTGATTCCCGAAAAAGAAGGCGACGTCCAACCACA
CCAAGACCACTAAATACGTTCATGATTTTTTCGAGGCATATCAGACGAAATATTCTCTCAGTGTTTCCGGATGCATCAAA
TTCCCAATTAAGCAAAGAGCTTGGAATTTTATGGAAGAAAGTCACAAATGAAATTAAATCCCTTTATGAAGAAGAGGCAA
AGCGATTGGCTCAATTACATGCTCTTGAATTTCCCGATTATAAATATCAACCAAAGAAACGAGTCCGAAGATTTGGAAGA
GCGATTTATGATCGACAGCCCTGTACAACAGAAAGATCTAACTCAACTAGTGCAACAGACGAAGAAAATGGTAAAGACAA
TAATAGTGTTCAAGACGGTAGAAGATCAAGCGATATTGAGAATCAGTATATAAGATATTCAGTTTTGGGTAAAAATATTG
TAAAACGAGAATGTCAGTCCTTTAATAGTCCTTTAAAAAGCGACAACGTTAAATTGGAAACGCAAGAACAAGATTTTATC
CAAGCGATGCCCAAACCTCTAAACGTCCGAATAACGAATTACAACGAAAACAGTATATTTTTACGACAACAAAGATTACC
ATCAAGTAGCACAATGTATTTACTTCCTTCAGAAAACCTAATAATTAGTAATGGGATTATGGGATCACAGGACTTGGGTG
AGGATTATTGTAGAGAGTTGTATATAATTAATGATTTTTTCCCAGAAAATGTAAACATAGACGATGAAATTGATATAACA
GGAAACATTTTTAGCAATGATTTAGATTTAGAGTGGTCTGAAATTGATGAAAATTACAAACAAGATTTACCAAATCTTAA
TTCATTATTTCAACACTAATATATTTGATTTATAAAATATTTAAATATTTTTTATTAAACAGTCTTTTACATGTACATAT
AGTATTGGAACTCTTCTCTGACTTATAAGATAACAGAGATATTGTAATAAGATTAAATTGGTTATGTGTTTCGGTTTTTG
TAAGATTGGTAATTTTCAGAAGAATTTAGACTTTTTTCATGGAAATTGGAATTGAGAAACAAACTGAATAAAGAAACAAA
TTTTTGAAAAAAACGAAACAGATACTTATTATCAAAAGAAAATTATCTGAAGCATCGAGTCGGTATGAAAAATAAACTAA
TTAGTCAGAAAATTTTTGATGAAATAACGTCTAATGAAATTAAGATCTCCAAGGAATACTTTTTCTAACATTTGAT
>SMED30029163 ID=SMED30029163|Name=Histone H4|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=537bp
AGGTTACAGTTTTTCAACTAATACCTCAAAGAAATAATGAAAGATGGACAGTAGAGTTTTGTCACCATCAGGAGACCAAG
TGTCATTTAGGATGATAATAGCCCAGTTAAGGAATCTTGCTGATCTAATCAATGCCAAAAATATTACAAAATTTCGATTT
AAAAGAAGCTAAAGGAGAAAAATTACACGGAAAAGTTCAGAGGTACAACATCCAAGGCATCCCTAGGTCTGCAATTAAAC
GATTAGCACAAAAAAGAGGTGTGAAAAGAATTCATGGGCTTATTTACAAAGAAACAATATATGTTATCAAGTTAGTCCTT
GAAAATGTCATCTTATATGATATTAAATACACATTGCAAGCCAAGCAAGAAACTTTTACTGCCAAGGATGTTTTTAATAT
TCTTGAATGTTTGGAGTTTTCTATTTTGTGATAACATCCTTCCCCAAATGAAAGTTATCAGATCATTTTGCAAAGTTTGT
GAGAAGGGATATATATTTACCAACAAGAAAAATGTTTTGAATTTAAGAATAGGACTC
>SMED30018353 ID=SMED30018353|Name=Glycine amidinotransferase, mitochondrial|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=1408bp
CAAGGGTAGTTTGATTATTTAGAAAAAAAGGATTTCCACCGGTTTTCTGTGATAAAAATTGTACAAAAATGCTTACCAAA
ATTGCTAGATCTCTGCACGATCAGATTTCCATAAACGTTGTCAACAAATTGTCAGCTAGGTTATGCTCGTATACACCTGG
TAACAAAAAACACAGCCCGGTTTGGGCCTGGAATGAATGGGACCCATTAGAAGAAATCGTTTTGGGACTTCCAGATATGG
CATGTTGTCCAGAGATTTTACCAGAAGCCAAAGCTTGCATTTCGGAAAACAAATTTGATTTCCTTTTAAAACACAAAGGA
AAATATTGGAAGGATGTAATTGAACCAGAACACTACAAAATAATGCTAGATGAGCACAAGAACTTCATAAAGATTCTACA
AGGAGAAGGAGTTAAAGTCGTCCATCCAGAACCGATTGATTTCGCTAAAACGCTCTGTACTCCAAACTTTACTGCCCATG
GAGTCGACTGTGCGATGCCGAGAGATTTTCTATTAATTGTCGGAAATGAAATGATTGAGTCCACCATGACTTGGAGATCG
AGATATTTTGAATTTATGTGCTATAAAAAATTAATTAAAGATTACTGGAGCCGGGGCGCTAAATGGACAGCGGCACCAAA
GCCGATGTGTAAAGAAACACTTTTTAAAGAAAATTATCGTGCTGACGAAGATTCAACAGCATTTTTCGATGAAAAGACTT
CGATTCTAACGGAAGAGGAACCAGTTTTCGACGCCGCAGATTTCATTCGATGTGGTAGGGATATATTTGCGCATGTCAGT
CAGGTTAGCAACAATGCAGGAATTGAATGGGTACGTAGACATTTGGCACCGAAAGGAATTAGAGTTCATTCAATGAATTT
CGTTGACCCTAAACCAATGCATATTGACACGACACTTTTCACACCTCGGCCAGGCCTCGCGATAACATGCCCAGAAAGAC
CATGCTTACAAATTGGTATGCTTAAAAAAGCCGGCTGGGATGTTGTCGTTGCTCCTTATCCAGATATTGCAAAGAATTTC
CCATACTATATCAGCTCTCAATGGTTGTCTCTTAATGTTGTCATGTTGGATGAAAACCGAGTTCTCGTAGAGAAAGATGA
AATTGGAATTCAAAAACTGTTTGAAAAGTGTGGCATTACTCCTGTAAAAGTTCCATTCAAACACTGCTTTTCCATAGGAG
GTGGTATTCATTGCTGGACATCGGATGTTAGAAGGCGAGGAGACCTTCAAAACTATTTTGACTGGCCTCAAGAAATCTTG
GAGAAATTTGAAACTCACTGAATATCACAATTGAAAATATAAAGAACATAACTTTTCCAACGTATATTAATTATTTGTAA
TAAAATACACTGCTTACATCGTGTCAATTTTATTTACTGATTAATTAC
>SMED30022921 ID=SMED30022921|Name=Netrin 1|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=1370bp
GATTTTTATAAGAACAATAGCAATTCTAAATTTATCAGTGTGGATTCATTCTGTCAAGGTTATTTTTGAATCTCAGTCTT
CACCATGCTATTTAAACGGGAGGCCTCAACAGTGTTTGCCGTCTTTTACAAATATTATTGAAAACGTTAAAGCAGAAACT
ACAAGTACGTGTGGGACCAATGGACCGGAACAGATTTGTCGGAATTGGTATGACAAGACAACTGCAGAAGCCCGACAATA
TTGTAGTATATGCGACGCAAAACATCGTTCATATCCACCATCCCATATAACAGACCGACACATTCCAAAAAATCAAACAT
GTTGGTTTTCTGGACCGTTACAGGAAAATCCTGGTCAAAATGAAGTCAATATTACTGTTTCGCTGAAGAAAAGCTTCGAA
GTTTATTACATTGCATTGCAAATCTGCGGAACACTTCCAGATTCAATAGCAATTTACAAAAGCTTAGATTTTGGAGTTTC
ATGGAAACCTTGGCAGTTTTTTTCACAAGATTGCTACAGGGCATTTAAAATGCCAACAACCAACGAACAGAACTCTCAAA
TCACTCCTGCAAACATTCACGAAGTTCTTTGTGTTGAATTAAAAGCCCCTGAACGATACAATGATTATGGACAAGCAGAA
ACTGTGTTACCGTTTAGTACCATTTATGGGCGACCATCTGGACCTCCATGGAGTCAAGATTTAGTTGAATGGATGACAAT
GACAGATTTGAGAATAAGTTTGATGAGATTTACACCGGAAAAATCGACTCCATACAGATTGAAAGAATTGTATTATCATA
CCGAATCACTTCCCCAAGCACCACCGAATTTAGTCAACCATAAAACTGAGCCGATTGTTCATTTTGGTTTGTCAGATCTT
GCTGTTGGTGGACGCTGCAAATGCAATGGCCATGCTAATCGATGTTTGATTGATGATAACGATGAAATCAAGTGTGACTG
TCACCACAACACCGAAGGTCAAGAGTGTGAAAGATGCAAATCTAATTATCTTGATCGACCATGGCAAAGAGCAACCAGGC
AAAATGCCAATGTCTGCAAATTATGCCAATGTTACAACCATTCTGATAAATGCATGTTCAGCATGGGCATGTACAAACAA
ACTCGAGGACAACATGGAGGGGTTTGTTTGGAATGCAAACACAATACAGAGGGTCACGCTTGTGATGAATGTGCTGCATT
TCATTATCGTGATATAACAAAACCAGTTACACATCCTCAAGCTTGTACAAATTCATGGCACAGGTAGGTGAAGGCGCAAA
GCACCCGTTAATACTATTAATTGCGCACCGTGAACTAACCAATAAAAATCGAGTCAGGTTGCAAATGTCACACTATAGGA
TCTATTAAAC
>SMED30001900 ID=SMED30001900|Name=Bruno-like protein|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=1713bp
CTTTTGAGGGAAAAATAATTCTTTTATTAATAATGTTTCATCATTGGAATATAAAATAAAATATTAGGAGAAAACATAAG
TTAACCAACAATATTAGCCACATATTTCGTTTAATTATTGGTCTATCACTTTTCATTTTAACCAATTGTCTTGAGATAAT
GGAGAGTTTATCCTTAATTTTTATTATAAATCACTGGTTTTGATAGACTTATTAACAATGGAAAATTATTTCAAACTTTT
CGTTGGTCAGATACCTCGAAATACACCAGATAAAGAAATTAGACTTATTTTTGAAGCTTTTGGACCAATCTTTGAATTTT
TAATTTTAAGGGACAAGAAAACTGGTTTTCATAAAGGATGTGCTTTTGTTACATTTTATCATAAAGACTCTGCAGAAAAT
TGTCAAAAGGCGTTACATGACAAGAAAATCCTAAACGGGATGAATCGACCACTTCAAGTGAAACCAGCTAAAAATAAGTT
AGCAAAAAATTCAAGTTTGAATGGGGAAAATCAGACAGAAGAGCAGGTTTTCAGTGATGAAAGGAAATTGTTTGTTGGAA
TGTTGAGTAAAAATCAAACTGATGAAAATGTACAAAATATGTTCACAAAATTTGGCAAAATCGAAGAGTGCACTGTATTG
AAAGACCAAAATGGAAATAGTAAAGGATGTGCCTTTGTCAAATTCGTGAACCACACCGATGCTTGTGCAGCAATAAACGC
TCTTCATGCCAGTCAAAAAATGGAGGGTGCTTCATCCAGCCTTGTGGTTAAATTTGCTGACACGGATAAACAAAAACAAA
TAAGAAAATTGCAGCAATATATTCCAGATTTAAGCATTTTAAATTCGCGCATTCCTATTAATATTCCATACTATTCACAA
TACGGTACAATAATTAATCCAGAATATAATTCAACAATTCCTTCAAACCAATATATTCGAAATTGTAACGAATATATTCT
TGCTGCTCAAATTCAACAAATAAATTTGTTTTCTAATTTATCATCGGTCTACCCATCTAATTCAATAGTGTCAATGCCAT
CCAGCCATCCGGTACCAATGATTGACTATTCTGTTCCTATTAACAACTTTCCACAAACTGACCAAATAACAATGAAACCA
ATTGTTGATATACAGCCAATACCTCCAGAAGCTGTACACCGAACCATCGTAACTCCAGGATCACTCTTATCATATCCTTT
TCTTAATGTTCAAATTCCTACAGTATATCCAAACGCCTTTTCCAATGGAAATTTAACAAGTACAACACAAAGTTCAACAG
ATGTGAAAACCACTCCTTTGCCAACAGGTCCTGAAGGCTGCAATCTATTTATTTATCATCTGCCACAAGAAATTGGTGAT
TTACAATTATATCAAATTTTTATGCATTTTGGAAACGTTATCAGTTCTAAAGTTTATGTTGACAGAGCAACAAATCAAAG
CAAATGTTTTGGATTTGTCAGCTACGATGATCCGGCATGTGCCAATGCCGCCATCAAATCTATGAATGGATATCATATCG
GAACAAAAAGATTAAAAGTTCAGTTAAAAAAACCAAAAGAAGCAATAAACGAAATGAAAAACTTCAATCAAATGTTATCA
TCAACTCCCGACATAAACCAAGTATTTTGTTCATCCTAATGATTGTGATATTTTACAGGATTTTCTCGACCATATTGAAA
GCCTGATTGGTGATATGTAAAATGACCCACCGT
>SMED30030681 ID=SMED30030681|Name=SMED30030681|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=732bp
TATGGATATACATATAATAAAAAGATTCTTCGTTTTTCTCAAGCTTCCAAGTTATAGTTTCGTAGTTTTAAAAAAAAAAT
TATTATACCCTATTACTAAACAAATAAAATTTTAATTATCTCAAAAACGAAATCCACATTTTAAAAAGCTATGTTTTTAT
AAATTTTGTGCACTTTCATTCGATCACATTTTCCATATCTCTGATAGATCGGATCGCATCTCAAGTGCAATTGATGTGCT
AATTTGTCGCATCTGTGATCGATAATTTCGAATTTTCTGTAACACCATTTTCTGATGACCCGGATACCTTGATCGAGTTT
GGCGTACAAATTATCAATCTCTATTCGACATGACTCAGTTTGAACGTCAACGCATTTGTGATTTGCGATTTCTTCCTTAT
ATTTCAAATGAAAATGAGCTCGGCGTTCATAACAGGCCTTGTGGAGAACATAAGCCTTTTCATCGCATTTCCGATCGGCT
CTGGCCCAGTCTCTGTCACATTTAGTGACAGCATTGTAGAATCGGTATTCGTGTTTGCTGCACTCAGTAACGATAAAAAG
AATAGCCAAAAATATTATGTATTTCATTTTCAAAATAAATTTTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAGATAAATTTACCGTATTC
AGCGATATTTTTCTTTGGCATAGCATACATAATATTTTCCATTTTAAAAATGAAATAAAATGAATAAGCAAGTTGTTTTA
ATCAATCATTAG
>SMED30032925 ID=SMED30032925|Name=Macrophage-expressed gene 1 protein|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=2580bp
AGTCGCGATAGCACGCAACGTCGACATTGCGATGACGTAATCATTGTGAATCTCTACTACAATCGGATCATTCTAATCAC
GTGCATCCTAAAACAATATAAATCTTACAAACGGGAATCCAATTGAACATTTATTTACTCAAGCGTGAAACCAATGATAC
CGTGTAGACTTAATAGTATAATATTGTTTATATTTGTTTATGGAGTTCTATCGGTTTCATGTGAAGGCGAATCAAATAGA
GACCTCCCGTCAGAGAGGCAAGTCCATAAATGTAAACTTACCAACAAGCAATACACATTTGACATTCTTCCGGGGTCTGG
GTGGGATAATCTTGAAAACAAAGAACTCGGTCAAGTTTTAGAAATTTCATACAAGGAATGTTTGGCTTCGAATGATGGCA
GCTTTCTCATTCCAAAAGACGTAATAATAAATCCAATAAAGAAATCTACTGTCGACTTAACATCAGAGATATTTGATCAT
TTCTCAAATGTCACCTCGACAACAGCAATGTCTATAAATGCTGATGCAAGCTTCGCTTCTATAGGCTTTAAAATCAGTGG
ATCATTTTCTTTCGAAAAGAAAAGAATAAAGAACGACCAAATAAAAGAAAAGTCGTCGGTTTCACGAGCTCAATTGAGAC
ATGAATTATACACCGTTTCATTTCAACCTGACTCACAACTCGATCCGGAATTCAGGAACAGAATTCTAGATATTGGAGCG
TTATTGAAAGAAGGAAAAGACACAATTTATCCACAATATTTAGCGGATTTAATTGTCCGTGACTTCGGCACTCACGTCAT
TCGGTCGGTGGATGCGGGAGCGACACTAATAAAGACTGATGTTTTAAAATCGAATTATGTCAAAGGTTTTAAAGGGGATA
CAACTAAGATTGCAGCTGCGGCATCATTCAGTATGACAACAATGCTTTCAGTCAACCTCAAAGGAACCTATGTTGGTGAT
ACCACGAGTCTCAATGAATTCAATAGTAATAGTGCAAGTACAAAAGTCGAAACTTTTGGTGGTATACCGTTTGGTTCGAA
TTTTAAGTTGGAAGATTGGGAGAAAACCCTTGAAACGAATTTGGTAGCAATTGATCGCAAAGGTGAACCGTTGTCCTATG
CTATTACATCAAGAACTCTTCCAGAATTTGACGAGAAAATTATTTACAAAATCGCTACTCTCATCAAAGAAGCAGTCAAT
AGATATTATGCAGCCAACACGAGAGTGGGATGTATGAATATGGAGTCAGAAAATTTCAATGACGACGCAAATGTTGACGG
TGGAAACTGCGAACCTCCTAATACATTTTACAGTTTTGGAGGAACTTTTCAAACCTGCTCAGGCCCTGATTATCAGTGTA
TGGATGTCGCGGCAAAAAACCCAGTGACCAATAGTTATGCTTGTCCTGATAACTATGATACCATTGAATTACAAAGTGGA
TTGAATAAATGTGAGAACGAATGCTCTCATTATGCACTCTATTGGTGTGCCCCTGTTATTCAAAAGATATTTACAGAAGG
CGCCTTATTTGGAGGGTTTTACACGAAAACTTCTCCGAATCCAATTACAAAATCCTATAATTGTCCAGAGAATTATTATG
CATATCAATTTGGAATGACTACAAAGATTTGTTTAGCATTCAATAATGAAAATGCTTTGGAGAATCATTTACCATTTGGA
GGAATTTATAGTTGCAAAGCTGGCAATCCACTTGCAAGTAATCATGAATATGGCATGTTACAAGAATTCGAATATTGGCC
TCAAGGTTGCTCAACCGGATATTCATCACATGTAGCTATTGTCGACAGAGCTTGTCAAATTTCCTATTGCGTTAAAAATA
ACGCCATTAGCATGAGAGAGCAACCGCCTCTCTACCGACCACCTTTTATTGATTTGGGATTTGGACCCAATATGACAGTA
ATTACCTCTCTGGACACTCCAATGGGGGTCCGATTATCTGTTGATGAAAACGGGAAATGGAGTCATAATCACCAATACAA
ATTATCCAATTACAATATTATAATAATATCAGTCATTATGGCGGCAGGAGCCAGCATTGCAATTATTATTATAATTCTTG
GAGTTCAAAGATTCAGCAGAAACCGAAAAGGTCAAGTCTCACCGGAATCTCATGAATTTGATAGCAGATATGATTCTACT
AAAGATGTTGCCAATCTTGCGTTACCCGGCGAGGTTCCACCGTTTCGTGTTATAATTGACGGAGCGAAATGATGCTTGGA
ACCTTTTATTATTTCTGTTGAATCTGATCTGTAAATGTTTTCAGAATATTTTTCTAATAAAATCGTTCTGAAATTTTAAA
GTGATCCTTGATGCTATTAAATGATGGACTTTATTGTTCCCTGAATTGGGTCACCCTTATTCGCATAAATTTCATTATCA
TTTCTTTTTTAGACTATCGATCAATATATTGTCCTATATTAGACATGAATGTTCAGCACTGTCCGTTTAGTTTGTTTAAA
TATAAAACCCAATATCGGCCTTTAGTTCGAAAAAATGTAATAAATAATGAAGAATATAAAAAAAGATTAAATTTATATCA
ACGATTAAATTATTATGTCA
>SMED30007290 ID=SMED30007290|Name=GATA456|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=2033bp
AGGTAAGTGTCGTCATCACAAGTGGCTTTATTATTATCATTTAAATTTTTTATCATATTATCATTGATTGCTTGTTTTCC
TCATTCAAAATTTAACTGATTGTTATCAAGCTCATTTGATAACTCCAAATCTAATTGACACTCATGTAAATATCCCATTC
GAATTTCCGTTCCCGTCCGTAAGATCCACGATCCGACAATGTTTCTCCCATCGGTATTGTCGAATTCTCACCAGAGAAAC
TCACCAATAATGGACATTGTATCACCAAAATCCAACACCAGCAATCTGAATGCGTTGATCACGTATTCGAATTGTCCCAA
CATAGATCTACAGTCGAATGATCTGTCAGTGAACTTGACGAATTCTCAAAACTTCCACGAATTGGATCACAAAACCAATT
ACGGATACAAAGTTTCAAACAACGAGACAAAACTGAATGCTTTTCCATATTTAGCTCAATCGAACTTAACAGATTGCACA
ACAGACATCAGTGGAGATCTGAAAAATCCAAATTCACATCTCAACTATGGAAACGGAATTTCGTTCTCGGAATTTTCGAA
AATGTCCGAAACCAACATCCACGGATATCCGCCATATTGTTTCTCCACTAAACTGTTTCCCATTCCAAATCTACAAGAGA
AATCAATTATCAACGACAACTATTCCGTGAAATCCACCGCCGGAGGCTTTATCACCGAATCGAATGAGCATCAAAACTCT
GTAAATACTGGAAATTCCTACAATTCCAATTTAAGCTCATACAGAACGGTAATTCCCGCTCATTTTCATCTCTTCAATCA
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AAAATCTACCGGATTCAACAATCAACTGGACAACAAACAATCAAATTCCAAGCAGCAATTTAGTTTTTGATCCCTGGAGC
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TAATACAAATGCTTTCGATTATTGTCATTAATATTTTCTCCAGTGCGTAATGGGCCAGAGTTCCGGTGCCATGATTAATG
GTTCCTAAATTTTAGAAATAACATTTTGAATGACATGTTAAATGTGTATATAATAAATTTTCTAGTTTTTTTGCTAAGAT
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TTTAGGCAAGATTGAAGTAATGTTGAATGGTTCTATTATAGAATAATCAGTTGCACTTTTAGATAACCAATATACCACAA
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TTGTGTAACCATGGAAGTAATTGTGAATAGTTATAGTGCTCGCTCTGCATAAAATAATATTTAATCAGTGCTTTAAAGTA
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GTTTCGTTGGAAAGAAGTTAAATCCTACTCAAGTTTCAGCAGATCGGAAG
>SMED30025427 ID=SMED30025427|Name=Translationally controlled tumor protein|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=570bp
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ATTCCCAATGACGATTGTCGACGATGTCGTTTACGAATTCAACGGAAGAAATATTACTATTAAAAACGGTATTTCTGACG
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GAAGACCAAATTACCCCATACTTTGTTCTCTTCAAAGATGGCCTCGAAGAAGAAAAATGCTAGATTTCTGTTAAATAAAT
TTAGTGGAAC
>SMED30023322 ID=SMED30023322|Name=Cathepsin L|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=613bp
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TACAATTCATACTATCCATTGGTTTGATTGAACGACTTCTTATGAGTGTGTGT
>SMED30005748 ID=SMED30005748|Name=HNF4|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=3066bp
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CGCTACGAAAACTTGTATAAAAGATTCACATTAAAAGTCATCAATATTCCTCTTTTTTAAAGACTGATGATTCAGATTCT
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TTATTAATTAAATTATTATAATTATT
>SMED30014019 ID=SMED30014019|Name=Intermediate filament protein|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=768bp
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ATGTCTCAATTTATGAGTTTTTCAGCTGGTGGTGGAGCTGGAGGTTCTAGTGGAGTTGGAGGATCAGGAGTTGGAGGATC
AGGATTTGGAGGATCTAGCTTTGGAGTGTCAGGCACCGGACGATCAGGCTTTGGAGTGTCAGGTACCGGAGGATCTATGG
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ATCTGGCATGATGATTAAAAGAAACATAGATGGCGTAGCAAACTTTGTGACCTACTCAATTCCGAAGAAGATCGATCTAT
CCGCTGGTGAAAGAATAACAATTTGTGGACATGGAAAGAAAACAGGTAAAGGAAAAGAACTAGAAATAGAAGAAGATTCT
TGGGGATTTGGAGAAAACGTCATTACTGCGTTATGTGATGCGAATGGCGAGGAAAAAGCGGCTCTTTATCAAGAAATAGT
GGCTTAAATGGCATAGCCGAAAGACTTGCAAATTTAACCTTTTATTTAATGATTTCATTTAATGTTCCTCGCGTTCATTA
TTTGTTTGCTTCTTTCTAGATTAAAGTTTTAAATTTGTTGAAAAAAAA
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TGTCACTAGTAGATAATATGATGATGAATAATTCCATGCATCTTTATGATAGACTGAATACTCATCATTCAGCGTCGTAT
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TATTAACCTATTAATTTTGTTCTAAACTCGTTTGCCCTGATACATATTGTACATTTTCTTTCAATAGAATGTTCTTATAA
TTATAA
>SMED30035904 ID=SMED30035904|Name=PROG-1|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=728bp
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GACGTAGAATACAACAAAGTTGATCAATGTGAAAAAGGACAGAAAGTGTAATAAAATTGATTTGTAATAAAATTTATTAA
ATAAAAAA
>SMED30002168 ID=SMED30002168|Name=Spondin-1|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=2693bp
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GAATATTGCCCCCAAAGAGCTTACGTTCAGTATTTATATACCCAACCCCAACATGTCACATTCTATTGGATAGCACCTAA
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CCCACTGGATATGTGAACAAAAAAGAAACAAAATGGATCAGATGCAAGCAGATCAATATGCATCTACCTCTTGCGCAATG
AAACAAAAAACTGATCCAGTTAAACAATGTAATATTGGATCAACAGCGGTATATAGAATGACAATTGAAAATAAATGGAA
TTTATTAAATCATTGGAAAGATTGGCCGGGCAAAGACGGGTATTCTCCTAAAATAACTCAATATCTCGGAGCTTCTCATT
CAAATGAGTTTAATATTTATCATCTTGGTGGAATGGCCAATGAAGGAGTTTCTCAGGTATGTGGAAACGGGAGCTACACT
GAATTGCAAAAGCAATTCTACAAAGCTGGGAACGGGATCATGACAGTTATATTGGCCAGGTCACTAGATGCGTCATCAAA
AACCAATAAAAGATCAGCACTGATTGTTGTAAATGCAACTCAACATTTGGTTAGTTTTCTTGCAAGACTTCATCCAAGTC
CCGATTGGTGCACAGGTCTAAGTAGATTTGATCTTTGTAACGGCTCATGCAAATGGCAAGAAAAATTTATCGTCCATTTA
TATCCTTGGGATGCCGGTGTTTACAGTGGAGAGACTTATTTAAATAAAAACGAGAAAACTAGACAGACTCCAATATGTCC
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AATTAATACAAGAATATAACAAAAATGATAACCAGTATTGTAATTCTATTAATTCAATCCTTCAAGACGAAGCATACCAA
AATGAACCGAAATCCAGTGCTCTGAAATCAAATCCAGATAAAACCAGGCATTGCTTATTGTCAGAATGGAGTGAATGGAG
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AACTTTCTCGTAATTGTAAACCGGAATTTCCGCAATTTACTGACCGAGAATCATGTTACAATGCTTGTGCTTATGACTGA
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TTTGGTTTTTGATTTATTTTTTCTTGGTGTTTTTCTCTAGAATATGATTTGTT
>SMED30032169 ID=SMED30032169|Name=Glycine amidinotransferase, mitochondrial|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=1380bp
CGTGTTTCTGCCAGAATCCAAGTTTGGTAGGGTGGGTGGAGTAGGCTTTTATATCATATCTAAATCTGAAAATGAATTTT
TATCATCATATTTTCTCAAATGTTGTCTGTATTACGACAAATTAGCCATTCAAAATCTGCCATTTCTTCGAAAATATCGG
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CACTTTTGGACCCCCTAGACTTCCATTTTTTCAAAAACATGGTGGCAAAAAATTCTCAGAGGTTATGGGTCAAGAAATGT
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CTAGTGGAGTCAGGGTCCATGACATTGAATTTGACTCTCTCTATTCAATGCATATTGATACCAATTTTTTCCCCGTGAAA
CCTGGTATGTTTTTACTTAAAGATGGACTCAATTGTAAAACCCCGGATCTATTAAAAAAATCTAAATGGGACATAGTCAT
TATGCCAAAAGGACCTCATCGAGACGAGCATTACAAATGGATGAATTATCACGGATTACCGAACAATATGCTCAGTATAG
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GTTTCGCTTAAATTCGCAAATAATCTAGGAGGGGGCTTCCACTGCTGGACAGCGGACATCAGACGGCGAGGAAAACTAGA
AAGCTATTTTGAGTGGCCAGATGAGATTTTGGAGCGATTGACTCCATAAATCGGAAATATTAAATTAAAAAATATTTTTT
GTTTTAATTTTCTATACAAT
>SMED30004852 ID=SMED30004852|Name=Venom allergen 5|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=676bp
TAAAAATGTAAATCCGTTTAGTTTTTCTATTTCGATATGAATTTTTTAATTGAAGTCGCATTTGTTTTAGTTGTTCTAGA
TTTCTGTTCTGGAGATGTTACTAATTATGAAAAAGAAATGCTCTTGGATATCCACAATGAATGCCGAGCAAATGTGGCCA
AAGGAGACGTTTCAGGTCAACCCCCAGCAACGTACATGGAAGCATTGGTATGGAATCCAGAATCCGCGTCAAAAGCGCAG
ATCTACGCGGATAAATGCATATTTGCTCACGACACAAAAGACAACCGTAAATACGGAGATTTTGAATGGGTTGGACAGAA
TGTTGCTAAGTTCGCCTCAGAAATAATTTCCAGAGGCGTAGAATTGTGGTTTAATCAGGCTTCCGGATTCACATTTGCAG
ATAATTCCTGTTCATTAAAAAACTGCGGACATTATACACAACTTGTATGGGCCAACTCTACTGAGGTTGGATGTGGACTT
TCCAAATGTTCAATTGACGGAATTGATTTGAGTTTGTTAGTTTGCAATTACGGTCCAGGAGGCAATTATGTCGGTGAGAA
ACCCTATAAATCTGGCGAGCCATGTTCTGAATGCAAATCCGGCCAATCCTGCACTGCATATGGACTTTGTTATGATTAAT
AAATATCCCGTCAATCCTGCAGTCAGGATTGACTTG
Download Supplemental Table
Figure 1 – source data 5. S5 enriched transcripts from pairwise and/or mixed stage reference comparisons
Criteria for flagging differentially expressed transcripts:
1) Pairwise comparison (S4 vs S5): adjusted p-value < 1e-5 S5 vs mixed reference comparison: adjusted p-value <1e-52) log2 ratio ≥ 2.322 (5-fold upregulation, both comparisons) or log2 ratio ≤ -2.322 (5 fold downregulation, pairwise comparison only)3) Average scaled RPKM value ≥ 1.0 for S54) Transcript has ≥ 1 ORF5) Transcripts derived from transposase or retroviruses were omitted.
Tabs in this excel file contain 1) pairwise comparison data (if applicable), 2) mixed stage reference comparison data, 3) cluster membership, average RPKM values across embryogenesis (Y-S8), and in C4 and SX adults, as well as best BLASTx hits (E < 0.001) versus the NR, Swiss-Prot, C. elegans, D. melanogaster, D. rerio, X. tropicalis, M. musculus and H. sapiens REF-Seq databases, 4) GO analysis: Manually curated and categorized Biological Process (BP) GO IDs and 5) GO analysis: unabridged results. S2-S8: Stages 2-8. Y: Yolk. C4: C4 asexual adults. SX: Mature sexual adults
Expand to see terms that existence ends during or before Stage 5
Expand to see terms that existence overlaps Stage 5
→ embryonic pharynx epithelial cell
→ embryonic pharynx radial muscle cell
→ embryonic pharynx circular muscle cell
→ embryonic pharynx neuron
→ blastomere
→ primitive ectoderm surface
→ embryonic pharynx lumen epithelial surface
→ embryonic gut cell surface
→ primtive gut cell surface
→ embryonic pharynx lumen
→ primitive gut
→ embryonic gut
→ primitive gut cell
→ oral hemisphere
→ embryonic gut cavity
→ embryonic wall
→ embryonic gut cell
→ embryonic digestive system
→ aboral hemisphere
→ Category 3 cell
→ epidermis
→ primitive ectoderm
→ gut
→ Category 2 cell
→ embryonic pharynx
→ Category 4 cell
→ pharynx
→ primitive ectoderm cell
→ neoblast
→ oral opening
Expand to see terms that existence starts during or after Stage 5
DEPICTED BY:
BROWSE PLANARIAN ONTOLOGY TREE (IN OLS):
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EXPLORE ONTOLOGY GRAPH:
Dynamically explore this term by selecting additional relationships to display (checkboxes on the right). Expand nodes by double-clicking on it . Single-click on a node to display the definition below the graph.
Embryonic Molecular Fate Mapping
All experimental data displayed here is from Davies et. al., 2017, Smed Embryogenesis Molecular Staging Resource
DESCRIPTION:
Spherical embryos continue to grow via yolk ingestion, reaching maximal size by the end of Stage 5 (~400-800 µm in diameter). Blastomeres fill the parenchyma, forming a dense collection of cells blanketing the sphere. Yolk-laden gut cells generate a continuous, honeycomb-like lattice encircling the central ingested yolk mass. Many early embryo enriched transcripts expressed in S4 blastomeres are downregulated during S5. Progenitors for many of the definitive organs, including the epidermis, nervous system, muscle, gut, pharynx, protonephridia, eyes and primordial germ cells first appear during Stage 5, marking the onset of organogenesis. Pluripotent neoblasts and adult lineage progenitors arise in the blastomere population during S5.
FIGURES:
IN SITU HYBRIDIZATION DATA:
Click to see image symbols and abbreviations
| Abbreviation or symbol | Definition |
|---|---|
| O | oral hemisphere |
| A | aboral hemisphere |
| D | dorsal |
| V | ventral |
| L | lateral |
| black arrowhead | embryonic pharynx |
| red arrowhead | definitive pharynx |
| black arrows | primitive gut |
| yellow arrows | primitive ectoderm cells |
| cyan arrows | brain |
| cyan arrowheads | nerve cords |
| blue arrowheads | eye progenitors (trail cells) |
| purple arrowheads | eyes |
| scale bar | 100 µm |
SEQUENCES:
smed_20140614 transcript sequences for genes validated by in situ hybridization (above).
>SMED30015512 ID=SMED30015512|Name=Venom allergen 5|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=890bp
CTCTTTTATGGTGAAAAATAGAAAAGAATGGTTGAAAATAAGTAGAAAAATCAATTCATAATTGTCCGGAGACTCGATTT
AAACAAGTATAGAATTAAAAACTAAAGGAAATTTAACCAGAAATCTTTTCAATCAGTCAATCATACTTTTAATGGATCTC
AATACTTAGTTTGAGCAAAAATTATATAAATGATTGCTTAGTTTTAGATTGGAAAATCTACACGAATAATGAATTATAAT
TTCTTCATATTAATTATTAATATTATTTTTCTAAGGATTTGTTTGAGTGATCTTAATGAAAAGCATAAAGAAGAAATTCT
CTTTGAACACAATAGATATAGGCAACTGATCGCAAAGGGTATGATTTCGGATCAACCACCGGCTGCCAACATGGTAAAAA
TGACATGGAATGAAGAATCAGCAGAGAAAGCCCAACGAAAAGCGGATACATGCGAGTTTTCACACGACTCAAAGCAAGAT
CGTAGTTATAGTCATCATGAGTGGGTTGGTCAAAATATTGCCATGTCAAGTGGAAGAAAAATTTCAAACGGATTAAAATT
ATGGTTCAACGAAGTCAAAGGATATTCTTATTCCGATAATAGCTGTTCTTTAAATACTTGTGGACATTACACTCAGGTTA
TCTGGGCGAAATCCAAGGAATTAGGTTGTGGAATTTCAAAATGCAGTCATGGACGATTTTTGATAAATTTTTTGGTTTGC
AATTATGGTCCAGGGGGTAATTTTAACAGTGAATTACCATACGAATCCGGACCTGCGTGTTCAAAATGTATTTCAGGGAC
AACTTGTGATGGTGGCCTGTGTAATTAATGAGAACTTTCATTTGAAAAAAGCAATAGAATGTTTTTAGATATTTATATAA
TACTTTAGAA
>SMED30004304 ID=SMED30004304|Name=Proliferating cell nuclear antigen|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=907bp
CTAAAAGGTAATAATTTAAATTTAATTAGAACATTGTTTTAATATTCGGTTATATTCTCCATTATTCTAAATTATGTTTG
AAGCAAAATTAATAAAAGGCGAAGTTTGGAAAAAGGTTATAGAAGCTATAAAAGACTTAGTACAAGAAGCAACATTGGAT
TGCTCAGAAAATGGAATTAGTCTTCAAGCCATGGATACATCTCATGTGTCCTTAGTTAGTATGCTTCTTCGAAGTGATGG
TTTTGAGACTTATCGATGTGATAGAAATGTCAATCTCGGTCTTAATATAACAAGTGTTTCAAAAATTTTAAAGGCGCTTG
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GAATTATCTGAATACGAAATAAAATTAATGGACTTGGATGGAGATCACTTAGGTATACCAGATACTGAATATAAGTGCAT
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TTAAATATATTTTAAATTTTTAAAACAAATTAAATCACTTAATTAATTTTTAGACAATGTCACAATTTTATGGCGGATCC
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CGGACACGTTCTAGCAATGTTCTGCGTATTGACCTTGCAATTTCGGCCGATAATCAACGACAAAGTCAACATAATGAACA
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CCATTAATGAAGATATTAATTTCTCTGATTTCCCTACTTTAATAAATGGCGCATTTTCAAACGAAAAGACCTCTTTGAAA
AGGAAAAAAATAAAGAAAAATTCTATTTTATCTCAAGTTCAATTGAGATACGAAGTTTATAATATTTTGTCTCAACCGGA
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TATCATCATATTTTCTCAAATGTTGTCTGTATTACGACAAATTAGCCATTCAAAATCTGCCATTTCTTCGAAAATATCGG
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ACCCTATAAATCTGGCGAGCCATGTTCTGAATGCAAATCCGGCCAATCCTGCACTGCATATGGACTTTGTTATGATTAAT
AAATATCCCGTCAATCCTGCAGTCAGGATTGACTTG
Download Supplemental Table
Figure 1 – source data 5. S5 enriched transcripts from pairwise and/or mixed stage reference comparisons
Criteria for flagging differentially expressed transcripts:
1) Pairwise comparison (S4 vs S5): adjusted p-value < 1e-5 S5 vs mixed reference comparison: adjusted p-value <1e-52) log2 ratio ≥ 2.322 (5-fold upregulation, both comparisons) or log2 ratio ≤ -2.322 (5 fold downregulation, pairwise comparison only)3) Average scaled RPKM value ≥ 1.0 for S54) Transcript has ≥ 1 ORF5) Transcripts derived from transposase or retroviruses were omitted.
Tabs in this excel file contain 1) pairwise comparison data (if applicable), 2) mixed stage reference comparison data, 3) cluster membership, average RPKM values across embryogenesis (Y-S8), and in C4 and SX adults, as well as best BLASTx hits (E < 0.001) versus the NR, Swiss-Prot, C. elegans, D. melanogaster, D. rerio, X. tropicalis, M. musculus and H. sapiens REF-Seq databases, 4) GO analysis: Manually curated and categorized Biological Process (BP) GO IDs and 5) GO analysis: unabridged results. S2-S8: Stages 2-8. Y: Yolk. C4: C4 asexual adults. SX: Mature sexual adults
