Stage 2
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Planarian Anatomy Ontology Class Overview
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NAME:
Stage 2
DEFINITON:
A stage of Smed embryonic development defined by a unique gene expression signature and morphology, 2 - 3 days post-egg capsule deposition at 20˚C. Sphere formation. A fraction of the blastomeres differentiate into temporary embryonic tissues that provide form and function to the embryo. Undifferentiated blastomeres remain in the embryonic wall.
TERM DEFINITION CITATIONS:
PMID:28072387
TERM CITATIONS:
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TERM ID:
PLANA:0000002
ABOUT THIS TERM:
Stage 2
↳is a embryo stage
→ yolk syncytium existence ends during or before Stage 2
Expand to see terms that existence overlaps Stage 2
→ embryonic pharynx epithelial cell
→ embryonic pharynx radial muscle cell
→ embryonic pharynx circular muscle cell
→ embryonic pharynx neuron
→ blastomere
→ primitive ectoderm surface
→ embryonic pharynx lumen epithelial surface
→ yolk syncytium
→ embryonic digestive system
→ primitive ectoderm
→ embryonic pharynx
→ primitive ectoderm cell
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→ embryonic pharynx epithelial cell
→ embryonic pharynx radial muscle cell
→ embryonic pharynx circular muscle cell
→ embryonic pharynx neuron
→ primitive ectoderm surface
→ embryonic pharynx lumen epithelial surface
→ embryonic digestive system
→ primitive ectoderm
→ embryonic pharynx
→ primitive ectoderm cell
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Embryonic Molecular Fate Mapping
All experimental data displayed here is from Davies et. al., 2017, Smed Embryogenesis Molecular Staging Resource
DESCRIPTION:
Embryos undergoing the dynamic process of sphere formation are called protospheres, and appear as loosely adherent masses of shaggy yolk, roughly 200 µm in diameter, in live preparations. During sphere formation some blastomeres differentiate into temporary embryonic tissues, providing form and function to the embryo. The primitive ectoderm forms a single cell layer bounding the sphere. Other blastomeres differentiate into the temporary embryonic pharynx and associated primitive gut cells. The temporary embryonic pharynx is an innervated, muscular pump that ingests yolk into the primitive gut cavity. The primitive gut consists of phagocytic cells associated with the temporary embryonic pharynx. Some undifferentiated blastomeres remain in the embryonic wall, the parenchymal space between the primitive gut and ectoderm.
FIGURES:
Brightfield images of live Stage 2 (S2) embryos harvested for RNA-Sequencing (left), a paraffin embedded S2 embryo sectioned and stained with hematoxylin and eosin (middle), and heat maps for S2 enriched transcripts (right). Scale bars: 100 µm.
Figure 1 – figure supplement 4. Mean centered expression and average RPKM profiles for S2 enriched transcripts. Organized by cluster membership presented shown in the heat map and S2 enriched transcript excel file (
IN SITU HYBRIDIZATION DATA:
Click to see image symbols and abbreviations
Abbreviation or symbol Definition O oral hemisphere A aboral hemisphere D dorsal V ventral L lateral black arrowhead embryonic pharynx red arrowhead definitive pharynx black arrows primitive gut yellow arrows primitive ectoderm cells cyan arrows brain cyan arrowheads nerve cords blue arrowheads eye progenitors (trail cells) purple arrowheads eyes scale bar 100 µm
SEQUENCES:
smed_20140614 transcript sequences for genes validated by in situ hybridization (above).
>SMED30004304 ID=SMED30004304|Name=Proliferating cell nuclear antigen|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=907bp
CTAAAAGGTAATAATTTAAATTTAATTAGAACATTGTTTTAATATTCGGTTATATTCTCCATTATTCTAAATTATGTTTG
AAGCAAAATTAATAAAAGGCGAAGTTTGGAAAAAGGTTATAGAAGCTATAAAAGACTTAGTACAAGAAGCAACATTGGAT
TGCTCAGAAAATGGAATTAGTCTTCAAGCCATGGATACATCTCATGTGTCCTTAGTTAGTATGCTTCTTCGAAGTGATGG
TTTTGAGACTTATCGATGTGATAGAAATGTCAATCTCGGTCTTAATATAACAAGTGTTTCAAAAATTTTAAAGGCGCTTG
GTAGTAATGATTCCCTAACAATGAAAGCCGCTGATTCAAGTGAAACAATTTCGCTTTTGATAGAATCTGCAAATGAAAAT
GAATTATCTGAATACGAAATAAAATTAATGGACTTGGATGGAGATCACTTAGGTATACCAGATACTGAATATAAGTGCAT
TGTGAAAATGCCGAGTTCAAAGTTACAAAGAATATGTCGAGATTTAAGCCAAATTGGAGAAGCAATCACGATTTGTGTTA
CTAAAGATGGTGTAACTTTTGCTGCTGCTGGAGATCTAGGAAAAGGAGCTATAAAACTTAATCAAAATTCTAGTGCTGAC
AAAGAAAATGAAGGAGTAACTATTGAAATGACCGAACCTGTTTCGATGACATATTCATTGAGGTATTTCAATATGTTTAC
AAAGGCTGCACCTCTTTCTTCTCAAGTATCTCTGTCGTTGACTGAAAATGTTCCAGCAGTTATTGAGTTCATAATCGAAG
ATTTGGGATTTATTCGATATTACCTAGCTCCTAAAATCGAAGACGACGAGTGAAAGTTTAACTATTAATGTTGTATGTTT
AATAGATGTTATTTTGTTTAAAAAAAA
>SMED30025482 ID=SMED30025482|Name=Histone H4|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=552bp
TGTCATTATCAAAATATTTTCAATATATAATAAATCAGAAATCACTAAACAGTCATTACTAAACTATTCTAACTCAAAAT
GTCTGGTCGAGGAAAAGGAGGAAAAGGCTTAGGTAAAGGTGGAGCTAAAAGACATAGAAAAGTTTTGCGAGACAACATCC
AAGGAATCACGAAACCAGCTATTAGAAGGTTAGCTCGCAGAGGTGGCGTGAAAAGAATTTCTGGTCTTATCTATGAAGAA
ACTAGAGGTGTTTTAAAGGTTTTCCTTGAAAACGTAATCAGAGATGCTGTTACTTACACTGAACATGCTAAGCGTAAGAC
AGTCACAGCTATGGATGTTGTTTATGCACTTAAACGACAAGGTCGTACTTTATACGGTTTTGGAGGGCCACAAATGTTGA
TTGTAGTGAATTGTTCAAATATTGTTATTCTATCTAGTAATTCTCAGCAATTTTATTAACGTTATTTAGAAATTAATTTT
ACAATTGCTAATTTCGAATGTTATATCTGGTGTCAATGTTCAGTTATATTATTTTACAAATGACTTGAAATG
>SMED30012792 ID=SMED30012792|Name=Netrin 1|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=2046bp
CATCTGCGTGCGAGATCGAGTGCTGACTGATTTGAAGAATACCATTTTTGCAATACAAAAAAACACATGAAAATTCTTTC
TCCGCCACAATATACAACGGACACAAAATAAAGATTCACTTTTTTAATTCATATCAAAAAGAAAAAATCAATATCAAAAC
AAACGAAGTGAAAACCCCACAAGAAAAATGTGCAGATATATTTTCACAGTTTATTTTTCAATGTTTTACAAATTTGTGCT
ATCGCAGTTACACATGAATAATTTGACTCCCAGTCCATGCTACGCTCACGGATCCGCATATCAGTGCATGCCTCCATTCA
CAAACATTGTAGAGAATATGATTCCAAAGATCGAAACCCTATGTAAAAAGAAGGAAGTCTGTCCTATAAAATCTCCAAGG
GATAATTTAATCACAGATTATCACTTGACTCACAATCAAACATGCTGGAAGTCAGTTCCGCTACAAGCTAATCATGTAAA
TATTACGTTTTCATTTGCTAAGAGATTTGAAGTTTATTACATCTCTTTGACACCATGCGAATCAGGAATTCCCAACGCCA
TCGCCTTTTATAAAAGCAACAACTTTGGAATCACTTGGAAACCTTGGCATTATCTTGCAACAAACTGTTTATCCATGTTC
AATATGAAAGAAACGACAATTCCCAGTCTACAGTTCAATGATTTTCGAATTCAACGTAGAGAACAAGCTGCTAGATGTTT
TCCATTAAAATTGTCGCTAACCGACAACGAGCCAGTTGTGGCTTTCAATACAGTTTTAGAAGGCGCCTATGAAAACGTTG
GGGATTCCAGCTTGATTGACTGGATGAGTGCGTCTGATATTCGGATTACATTGTTCAAATTTGACAATCCTAAACCGAAA
AAGTCGAATATTTTCCGATTCGCTAGAAATTCTCCGAAGAAAATTTTGTCAATTTCCGACATTTCAATAGGTGGACGATG
CAAATGCAATGGTCATGCAAATGCTTGCAATAAAAATCCTATAACGAATAAAATTGAATGCGTTTGTCAGCATAACACTG
AAGGACAAGATTGCGAAAAATGCAAAAAAAACTATTTGGATCTTCCTTGGGCAAGAGCCACAGTAAACTCTCCAGCTCAG
TGTAAAAAATGTGAATGCAATTTGCACTCTTCAAACTGCTATTTCAGTCAAGATCTTTACATTCTTCGAAAGCAAATCAC
TGGAGGCGTATGTACAAACTGTCAACACAATACAGCGGGAGTAAGATGCCATTATTGCAATGATGGATACTACAGAGATT
GGACAAAGCCATTAGATCATAAATTCGTTTGTAAAAAGTGTACTTGCCATATCATTGGGGCTAAATTTCCGGATAGATGT
GATAAAAGAACAGGACAGTGCTTGTGTAAAAGTGGTGTAACGGGAGAAATGTGTAATAGATGCGCATCAGGATTTAGACA
AAGTAACTCAACAGAAACCCCATGCGTAAAATATATTCAAATGGAGTCAGCTGAAAACAAATGCAAAGCGTGTGATTCGA
AAAGAACTAGAATTAGATTTCAAAAATTCTGTCGCAAAGACGCAGTGTTTTCTGCGACTTTACAATCTCAAGAAATCATT
GGGGATTTTATTCGGTTTGATGTCACAGTTGATAATATCTGGCATAGTAAAAATTCAATCAAAGATTTATATCCTGGAAT
ATTTAGCCAGCCCATAATGCGCCCTTCAAGCAAGTCCAGACTAAATAACAGGCCTACAAATCCGATATGGCTGAAATTGA
GGGACCTGAAATGCAACTGTGTCCAGTTGCAACTGGGGCAAACCTATTTATTAATTATCAAATCAACGACTTATCACTAT
CAAAATCGTGCGGAGCTTCTCATCAAATCTCCTCGAAGCATCATTTTAACATGGAATCCGACATGGAAACGACGACTCAA
TAGATTTAAACAAAAAAAAGAAAAAGGCGAATGCTCAAAATTTCAAAATCGTTCTCCGTTTCGAAAACCGGTGAACTGGT
CAACGCCGAATTACAGAACTGACTCAAATAATTTGTAAAGTTTCTC
>SMED30029163 ID=SMED30029163|Name=Histone H4|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=537bp
AGGTTACAGTTTTTCAACTAATACCTCAAAGAAATAATGAAAGATGGACAGTAGAGTTTTGTCACCATCAGGAGACCAAG
TGTCATTTAGGATGATAATAGCCCAGTTAAGGAATCTTGCTGATCTAATCAATGCCAAAAATATTACAAAATTTCGATTT
AAAAGAAGCTAAAGGAGAAAAATTACACGGAAAAGTTCAGAGGTACAACATCCAAGGCATCCCTAGGTCTGCAATTAAAC
GATTAGCACAAAAAAGAGGTGTGAAAAGAATTCATGGGCTTATTTACAAAGAAACAATATATGTTATCAAGTTAGTCCTT
GAAAATGTCATCTTATATGATATTAAATACACATTGCAAGCCAAGCAAGAAACTTTTACTGCCAAGGATGTTTTTAATAT
TCTTGAATGTTTGGAGTTTTCTATTTTGTGATAACATCCTTCCCCAAATGAAAGTTATCAGATCATTTTGCAAAGTTTGT
GAGAAGGGATATATATTTACCAACAAGAAAAATGTTTTGAATTTAAGAATAGGACTC
>SMED30014446 ID=SMED30014446|Name=SMEDWI-2|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=4773bp
ATTTAATTTTCGAAAAAAAATATGGAGGAAATACCAGTAAAAGTAGCTAAACTTGAAGCGAATGGAAGTGAAACAAGAGG
TAAAATGGGAAATCGTGGTGGCCTGAGAAGAACATTTAGAATTGTTGAACCTAACTTGCAACCTGCTGATATCACTGAAA
AAACAGGAAACATAGGAAGAACAGTTAAATTACAATCAAATTTTACCAAATTCTCTGTTTTGCGTTCAGAAAAGTTCATG
ATGTATGATTCCGTGTTTTCTCAAGTTGGTTTGTCACCCAAAGTAAAATTACAGTTTATTGTTCGAGTCTGCCAAGAAAA
TAAATTGCCAGGGGCTTTTTGTTTTGATGGAAGACGTCTATTTACTAGTGAAAAATGGCATGGAGAATCGGACATTCAAG
AATTTAGTCATGATGAAAAAAAAATGACACTAAGATTGGTATCAACTATCCTTCCTGAAACTGAAGAATATTACCAAATG
ATCAATGTATTACTCAATAATTTACAAGTAATGTTAGGTCAAGAAAGAATTGGTAAAGGTTATTTTTTAAGCCCAAATAT
TACAAAAGATGAAGTTCCCCGTAATTCTGGACCGACATTTTTTGAAACCAATAGTTTTAAAGTTCTTGGGGGCTTTGGTA
CAACTTTACAAAGAGGCACAAAACCAACTGGTGAATTAACCACTCTTTTATATATTGAGCGTATTAACAGAGTATTAAAC
GATAACTCTGTTATGAAGGCATACAACAGAAGAAGTATCGATCAGTTGATAGGCAGAGATATCATAACAAAATATAATAA
CAAAACTTATAGGATAAGTGAAATAAAAGAAATGAACGTAGATGAGAAATTTGAAATGGGTGGTAGAACTTTATCGTATG
CCGAATATTTTAAGGAACGATATAATATTCGATTAACTCAAGGCGATCAACCATTTGTTCTAACGCGAGTGAAGAAACCA
ATGCGTCGAGAAAGAAAGAAAAAAGACGAAGAAGGAGTGGAAAAAGAGAAAGAAAAAGAACGCGAAAAAGAGGCTCCAGA
AGAGAAGGACATGACTCTCAATATTCCTGGAGAGTTGTGTTTCTTATGTGGGTTTTCAGATCAAGAGAAATCGAATATGG
ATCTGCAGAAGAATTTAGGGTGCGTTTTAAAAAGAGAGCCACGTGAAAGATTGGATGATATACCAGCTTATTGTAACTGG
ATTAAAAATAGTGATGCGGCAACTGGAATGTGCAATAAATGGCAGCTGAAAATAGATAACAAACCATTAGAAATCGAAGG
TAGAGAATTACCTCCATGCGATGTAATAAGTGGTGGCAGCAAAATTAATGAAAAAATGGGAGATGATTGGAAATTTGGTC
GAGTTCAATTTGATATTAAGCGTGATCGTAAGCATGAAATCGATGTGGTCATCGTTGATCGAAATGACTTTCAGTATAAA
AATTTTATGAATGATGTGGAACAAGAATTAAGAAACATGAGAATTGATGCTCGAGTTGGAAAGGTTAATACTTGTGGTCC
AAATGATGTTGAAAGATGTTTGAATGATGCCGCTAGAAGTGGAAGTGGGTGTGCTAAAATGGCGCTGGTATTCGTCCCAG
ATGATAGAGTATATGCCAAGGTGAAATCATTTACCATGAGTACTGGTCTTTTAACCCAATGTGTAACAACACGTAATGGT
ACTAATAGAAACGATAAACGAAGAAAGGTGGTTTCAAGTAAAACCGTGATGCAAATATTTGCAAAATTCGGATATGATCC
ATGGACAGTTGAAATTAAATTGAGACCAACTATGATTGTCGGTATGGATACCTATCATAACAAGTCCAGCAAGAAATCAA
TTCAAGCATCTGTATTTTCGATCAACAGCACATTTACACAATATATGAGCTTTGTTAATTCTCCTAAAGGACGTCAGGAA
TTCCACGAAACTTTAGGCAAAAATTTCAATTTAGCGTTAGAAGATTTCAAGAAACGTTATGACATATTGCCCCAGCGAAT
TTTAGTCTTTAGAGATGGTGTTGGAGATAACCAACTTCAATTTACTAAAAATTTTGAAGTTGATGCAATGAAACCGCTTA
TTGAAAATATATACAAAGGCAACGGATTCCCTGTTCCACAAATCATTTATGTCATCGTAAAGAAAAGAGTCGGCACTAAG
CTTTTCAACAGAGGAAATAATCCAAATCCTGGAACTGTTGTGGATAAAGAAATTGTCAAACCGAATTTCTATGAATTTTT
CCTAGTTTCACAAAGAACAACGAAAGGAACTGCAACTCCAACTAATTATAATGTTTTAGAAGATACTCGATTGCTAACGA
AAAAAGGTACTATGGATCCTATGGCACCGAATGAGCTGCAAAAGATTACCTATGCTCTAACTCATTTATATTTCAATTGG
ATGGGAACTATCCGAGTTCCGGTTCCAGTGCATTATGCGCATAGATTGGCTGAATTAGTTGGAAAGGTGCATAAGGGCTC
TAATCCCGTTGCCATTAATGAAAGAATAAGAAATAGGCTCTTCTATTTATAAAAAGATCAAAACTTACATTTTTCTGTGT
TGATTACTATCCCAATTGTGGATTTAATTGTTTCTGAAAGCTGTTCATTCAAATTCTTCTGAAATCCATATTGATTCGTA
AGCAGCCTGTATTTGAATACTAAAATTGATAAAGTAGTTATAAGTATTGTAAAAGTATTAAATATTTGTTTATGTTATTC
GTAATACACTTGGGTTATTGCAATGTTTTAGTTGTTTTTCAATGATAATAAAGCTTAGCTGTATAAATTCTTTTAGGTTT
TTTAGAAGGTTTATTTATATCGTGTAATTGATTGTCGTGTTAATATTAATTAAATAAAAGTTTGATGTAATTGCTTTGTG
TTACGCATAATAAATCTTACGAAATTTCTGAATACAACTGCTGGTGATCGGGATATTGAATGCCGGGTCGTTTGAATTAA
TAATACAAATGCTTTCGATTATTGTCATTAATATTTTCTCCAGTGCGTAATGGGCCAGAGTTCCGGTGCCATGATTAATG
GTTCCTAAATTTTAGAAATAACATTTTGAATGACATGTTAAATGTGTATATAATAAATTTTCTAGTTTTTTTGCTAAGAT
TTTGAGAAATTTTAGTTACCTGTTTTTGTTAATTGCTTTGATAATTTCAATGCTGACACGTGCAGAATTTCACACATCTC
CAGCAGTCGACTGAATTCTTGGATTTTGTTTGATACAATTATGCTTGCAGATGTTATGGCGCATAGATCCAAGAAGGCTG
TGAATCTTGGGTCTTGTTTTGTAAAGGAAGCTTTGTAAAATATGATGGGACAGTTGCACATAAATTCTAGGAATCCAGAT
TTTAGGCAAGATTGAAGTAATGTTGAATGGTTCTATTATAGAATAATCAGTTGCACTTTTAGATAACCAATATACCACAA
AGAGCCATCCGCAAATTTTGAAAGCCCAAAGCATTGAATCGTTGTCTATGTTACTCAGTATAGACAGCAGTAAAATGGCG
CTTTTTTGATATTGTAAACCGAAATGATTACTAGAATTCATTGTTTCGTCAAGAGATTTCGCGAAACTCTGAATATTATC
TGATTGATTTGATACTATTCCTTGGAGTTTACAAATTGATTTCAGTTCCAAATTCATACTATTGTGTTCTGCTGATTTGC
TACTATTGGAGCTCTATAAGGAATTATTAGAATCAATTTTGGTTTGATAGTGGGTTTTGCAATCATTGGCTTATTGTGGG
TTGTGTAACCATGGAAGTAATTGTGAATAGTTATAGTGCTCGCTCTGCATAAAATAATATTTAATCAGTGCTTTAAAGTA
GATTTTTAACGATTATTATGAAAGATTTCTCTTATATATTAATGTTTTTGTATCCTTCAAAAGTTTACTAAAAATAATGC
ACATTTGAAATTTACGCGTTACCATAAAATGTCTGAAGTGGTCCAAAGCAATAAAAGCTTAAAAAGAAAGTTCTTGTTTT
TAAATGTATTGGGATATACTCCCACTAACCTTCCGTACTCCGCTGCCTCCCTTCCCATCACATACAATATTTGCTAGTTC
TACTTACAGAGTTGAAAATCGAAAAATTTTCCCAGTCAATGTCCATGATTATGCTGAATAAATTTTGTCCGAACATAATA
GAGATTGCCTCAGCCAGTATTTCTTTCGTTGTTGAGTTTTGATGAATGACATGTGAGACTAAATTTATGGACAACCATTG
ATTTTGGTTTTGCTGAAGTTGAGACTTCTTACGGTAAAGATAAACACGAAATAATGATAAACTCTAATCAAAAGATATTA
CAAACAAATATTATGATATCAAAACCTTCTGTCGAACCAAGGCACTTGTGTGAGATAATAAATGAAGAATGAATTCGAAA
AAGAAGTCATAATTCGAACATCGCTCCAGAATGCTGTCACTGACTTTGACTTCAATCACATTTTCCAATATTGAAATCAG
ACCGGCGATCACATGGACCCTTGATGATTCAGACTGACCACTGATTACGGGTTGATCGGTTAAATTATCTAGAGATTAAA
ATAATAGTCGGTAAAGGAAATTATCCATATAAACGGGAAACAGAAAAGTTTTAACCATGGTTTCAAAAGCTTTTGGGACT
ACCCCCAGCTTTGCAAAACAATTTTTTAACGCTCTTGTTATGACTTGAATCAACATTGTACAATTGTTACAATAGACTTG
ATGATTTACTTATTTACACCCCATCTAAATTGTTTCTTAACCCTTTGCCACCC
>SMED30027701 ID=SMED30027701|Name=ATP dependent RNA helicase DDX5|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=2292bp
ATAATAATAATTGTTGTTATTATTTGATGAAACAATGAAGAATAGTGTCGATGTTTACTAGACATACAAGCCGTTACAAC
AAAGCGGCACATTTACGGGACTAAGCTGACATGTCCATAAATGGTCTATGTTAGCCGTGTGGGCGCATATCTGTGTGCAT
CAACACGGTAATTTCTCACACGAGCCGGTGGAGTGGTCTCGTTCATCGTGTTGCTGATAACCACCGAATGATGGTTTGCT
GTTGCCAAATAGCTCATCAGCCTCAGAGATTTGTGTCGTCGACCGGGGTGGTCGATGGAGCCACAGGTTTTGTCACTGGT
TTCCCACCAAGAAAGCCCGTGACACGACATCGCTTCGTGGTTCTGGTGATCACTCGGCGCGACTTCAATGACACACAGAA
AGACACATAGACAACTGTCCGGTCTCTTATGGGAGTACGTGGATATTGATGATATTGAATATGTCATCAATTATGATTAT
CCGAGCAAGTTAGAGGATTATATACATAGAATTGGCAGAACAGCTAGAAGCGGCAAAAAGGGAATCGCGTATACATTTTT
CAATCCCATGAAAGATAAGCCTAGACAAGCACAAGATCTAATTATGATTCTGGAAGAAGCAAAGCAAGAAGTTCCAACGG
AATTAAGAGACGTTGCTTCAAATCGAATACCTAGCAAACGATTTAAAAGTAAAAGAAATCGATCTCGTAGTAAACAGCGA
TCAAATAGTCCTAAAAGGTCAAGAAGTCGAAGAAGTAGAAGAAGATCAAAGAGTTCCAAAAAATCGAGAAGTCGTAGTCG
TAGACGATCTCGCAGTCCAAAACGTCGATCGAGAAGTAATCGTAGAAGGCGCTCACGTAGTGTAAGAAGAAGATCTCGGA
GTATTCGAAGATCAAGAAGTAGAAGACGTCGATCTAGAAGTAATCCAAGAAGATCAATAAATAGACGTCGAAGAGCAGAA
AGTAGAAGAAGAAGCAGAAGTCGGAATGATAGAAGATTGGCTGTTCCTAGACGACGACGCGTTTCACCTACTCCACCAAG
GTTACGTAGAAGAAAAAGCAGTTCCAGCAGTATATCAGGAAGTCAGTCTAGTGATTCTCGTTCCAATAGTAGCGTCTCAA
TAAAACGGGAAGCACTAGCCGATAAGATTCCAAATATAGCCAATGAAAAAGAAACTCATCAAAATGAACTGGAATCAAAA
CTTCATGACGAATTGAGTTCGGAAAATAGAGAGCCATTGGATATCCAATTGACAGTTAATGAAAATGAATTTGAAATCGA
AATGTCGAAATCAAGATTGAAAAAAGATATTGGGGAAGAGAGAAATAAAGAAAACAAAGTATACGAAAATTGCATGTGGC
AAAATAACTTTGCGGAAGAGGTTTTTGAAGTGCCTCCCGTTGTTGCACACCACGAGGTCGATATGGATATTGATGAATAT
CGAAAGTCATTTGATGCATTGAATCAAACAAGGCAAAAGGAGAAATTATTCGATTCTATTCGGAAAATAATAAAAATCGA
TGACGCTGCAAAACAGCGACCGATAGAAGTTATGACTAATGAAGAAATCGATATTATAACAACTGTTGAGCAGCCACCTG
TTAAAATGACGGCAGAGAAATCTGTCCAATACGAAGAACCGGAATTGGATAATATTGCAATGAAGGAATCAATCAAATCA
GATGTTGAAGTACTTTTGGAAAAATCCACTGAAAAGGATCAAAAAGTCAAAGTTCTGGAGTCTGACGAGGAACCTAAAAC
CTCCAATAAATCTAATTTGGATGAAAAATGTAAAAGTCGAAATAAATCCGATAATCAACATAGTTCAAGAGATGATCGTG
ATGAGAAATTTAAAAAAAGCAAAAATGAAAGCGATAAATCCAAGCGCACCGAAGACAAAAGCGATTCTAGAGTGGATAAT
AGAAAAGAGAGCAAACGTGACTCGAAAGGTGAACCACGTGTTTCTCGTTGGGAGATTCATTCATCGAATAAAAATGAAGA
AATCAAAGCGATGGGAAAGTGGGAAACTAAATCTGAGCTTAATCAAGATAAATGTGAAGCTGAAAAAACGTTTGATAGTA
AAGAGGAAAAACCTTGTAATATGCTCGAAGAAAAAAAGTTGGAAAAGAAGCATGAGCCGAAAGATGACAAGAAGCGGGAT
CATAAAGATGAAAAGAAACACGAACAGAGAGAAGATAAAAAACGTGATCATAAAGAGGATAAAAAACACGAAACGAAAGA
CGATAAGAAACATGAAGTGAAAGAAGAAAAGAAACATGAAACGAAAGACGAC
>SMED30020956 ID=SMED30020956|Name=Lysosomal alpha-glucosidase|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=2869bp
GTAAAGTGCTAAATTTCAAGATGATGTATAGAGAAAATGAATGACCAAAGTACAAAATATAAAGATATTTAAGTAATAAA
ATTGAATTCCGAACTTAAATTGAAATGTTGAAGTTATTGTTGATAATCTCCTTGAACTTTATAATCGTGTCCAATGCTCT
CCAATGTTCAGTACCGAATAACAATTATAGGCTAGACTGCTTTCCTGGGTCCAATGCAAATCAGAACGATTGTTTGGCTA
GAGGATGTTGTTGGTCACCACCGGAAACCCGGGAATATAGTCAGAATAATCCGACTATTCCATACTGCTACTTTCCAATA
GAATATCCAAACTACCAAATTAATTCATTCACTCCTACCGATCGAGGATTCAAAGCTCGTCTAACAAAACAACAAAAATC
ATTTTTACCGAAGGAAATATTAAATTTGAACTTTGAAGTGATCTTTGAGACAAATACTCGATTGAGAATAAGAATCACCG
ATCCGAATGTGCAAAGATTTGAAGTTCCGATTCAGCTTGGATCTCCTGATCCGACTCCACCTTCAAATGTTCAATATAAA
TTCACAATGCCCACAAATGGTTCTTTTGGATTCGAAGTCAAAAGAAATTCCGACGGATTGAGCTTGTTCAAAACATTTGG
TCCTCTATTGTATTCTGATCAGTTCATACAAATATCTTCTTTGATGTCAATCCAACACGTTTATGGAATCGGAGAACAGA
ATCGTCCATTTCTACATGATTTGTCTACTCAATGGGAAAGAATAGGACTGTGGGCACGCGATAATGGAATAGATACATAT
AATAATTTATATGGTACTCACCCGTTTTATATGTCACTGCCTGATTCTGGAGAAGCGTTTGGAGTTTATTATTTCAATAG
CAATGCACAAGAATTTGTTTTACAACCGGCTCCAGCGATTACTTACCGAACAATCGGAGGAATACTCGATATTTTCATTT
TTTCAGGTGGAACACCGGAAACAACCGTTAGTCAATACACTGAATTAATAGGAAGACCAATGCTTCCTCCGTTTTGGTCT
CTTGGATTCCATCTATCAAAATACGGTTATAAAAGTATTGCTGATGTTTCTAACACTCTGTATAGAAATATTAATATAAG
CATACCAATAGAGGTCCAGTGGTCTGACATTGATTACATGGACAAATATAAAGACTTCACATCCGATCCGATCAAATATG
CAAATTTTGGTTCATTTGTTGCATATCTTAATATAACTTTAGGAATAAGGTATATTGTTATAATAGATCCCGGAATCAGT
ATACAAAGTCCCGGTGCATATTCCCCATATGATGAAGGACTTGAAATGAACTTATATATTAAAGATGCGAATACTAAGAA
ACCTTTAATTGGACAGGTTTGGCCAGGGGAAACATGTTATCCTGATTTTACTCATCCTAATGCTTCAAAGTATTGGTCAA
ATCAAATTCAAAGATTTCATTCTCAAGTACCAATAGATGGTTTGTGGATTGATATGAATGAACCATCAAATTTCTACGAT
GGATCTAGAACCGGATGCGCTCTAAATAATCCGTATGACTATCCATTCTTTGTACCGACAATCAGAGATGGTTCGTTAAT
TAAAAAAACAATATGTTCATCTTCTCTTCATTATAACAATGTCATGCATTACAACTTGCATAATTTATATGGTTACACCG
AGGCAGTAGCGACTCATAGTGCTTTATTGAATACCATTCCAAACAAAAGACCATTTATTTTATCTCGTTCCACATTCAGT
GGATCTGGTAAGTACACCTTTCATTGGACCGGTGATAATTCGGCAAATTGGGATCAGTTAGCCAATTCAATCAGGCAAGT
CCTCAATTTCAACATGTTTGGTATTCCAATGACGGGTGCGGATATTTGTGGATTCAATGGAGATAGTAATGAAGAACTGT
GTATAAGATGGATGCAATTAGGTGCTTTCTATCCATTCATGCGGAATCATAATACCTATGGTGTAAGAGATCAAGACCCA
GCATCTTGGAGTAAAGAAGCTCAGAACATTATGAGAAAAAGTATCAATTTAAGATATGTTTGGTTACCTAACTTTTATAC
ATTATTGGTTAAATCATATTTGTACGGTGGCACTGTGATGCGACCATTGAGTTTCCAGTTTTACAGTGATGCTGAGACGC
ATGAAATTGAGAGGCAATTTATGATTGGTTCCTCGATGCTCGTCAATCCAGTTGTTGTCCAAGGAGCTAGAAATGTTGTA
GCATATTTTCCAACTGGAGTCTGGTATGATGGATACACAAATCAAGTCGTCCATTCAGGACCAATTGGAAAATGGATCAG
TTTAGATGCGCCGATAGATAAATTGAATTATGCAATTAGAGGGGGCTCTATTTTGACAGGATTGTTTCCAGCTATGACCA
CTACGTCATCTCGCAATGGTCCTTGCTTTTTATATTGTGCTCTTTCTCTTAACAGAACTGCTTCTGGCGAATTGTATTGG
GACGATGGAGAAAGCTTCGACAGTTATTCAGGAAATAAATATAGTTATATTACCTTTACGGCAGACTCGAGGGGATTAAA
GGTGACACCTCAATTCGTTGGATTCCGTTCTATTCCTTTACTGGCAAGTATTTCTGTTGTTGGACTTGAAAATTTGTCAA
TCACAAAAGTGTCATTAAATGGAAAAGAAGTTCCATTTATTGTTTTGAACAATTGCTTAATAATTACGACTGGGAAGGTT
TCAATGTCAACTGATATTCATGTAACTTGGCTATAAAATTCGGGAATTTTATTTTTGATTTAATTATTCATTTGTTTAAA
AGAGTCATTATTATGGTTTCATTTTATTCAAATTAAATTGAGTTACTTTCACAGATAAAAATCTCACCT
>SMED30022921 ID=SMED30022921|Name=Netrin 1|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=1370bp
GATTTTTATAAGAACAATAGCAATTCTAAATTTATCAGTGTGGATTCATTCTGTCAAGGTTATTTTTGAATCTCAGTCTT
CACCATGCTATTTAAACGGGAGGCCTCAACAGTGTTTGCCGTCTTTTACAAATATTATTGAAAACGTTAAAGCAGAAACT
ACAAGTACGTGTGGGACCAATGGACCGGAACAGATTTGTCGGAATTGGTATGACAAGACAACTGCAGAAGCCCGACAATA
TTGTAGTATATGCGACGCAAAACATCGTTCATATCCACCATCCCATATAACAGACCGACACATTCCAAAAAATCAAACAT
GTTGGTTTTCTGGACCGTTACAGGAAAATCCTGGTCAAAATGAAGTCAATATTACTGTTTCGCTGAAGAAAAGCTTCGAA
GTTTATTACATTGCATTGCAAATCTGCGGAACACTTCCAGATTCAATAGCAATTTACAAAAGCTTAGATTTTGGAGTTTC
ATGGAAACCTTGGCAGTTTTTTTCACAAGATTGCTACAGGGCATTTAAAATGCCAACAACCAACGAACAGAACTCTCAAA
TCACTCCTGCAAACATTCACGAAGTTCTTTGTGTTGAATTAAAAGCCCCTGAACGATACAATGATTATGGACAAGCAGAA
ACTGTGTTACCGTTTAGTACCATTTATGGGCGACCATCTGGACCTCCATGGAGTCAAGATTTAGTTGAATGGATGACAAT
GACAGATTTGAGAATAAGTTTGATGAGATTTACACCGGAAAAATCGACTCCATACAGATTGAAAGAATTGTATTATCATA
CCGAATCACTTCCCCAAGCACCACCGAATTTAGTCAACCATAAAACTGAGCCGATTGTTCATTTTGGTTTGTCAGATCTT
GCTGTTGGTGGACGCTGCAAATGCAATGGCCATGCTAATCGATGTTTGATTGATGATAACGATGAAATCAAGTGTGACTG
TCACCACAACACCGAAGGTCAAGAGTGTGAAAGATGCAAATCTAATTATCTTGATCGACCATGGCAAAGAGCAACCAGGC
AAAATGCCAATGTCTGCAAATTATGCCAATGTTACAACCATTCTGATAAATGCATGTTCAGCATGGGCATGTACAAACAA
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TCATTATCGTGATATAACAAAACCAGTTACACATCCTCAAGCTTGTACAAATTCATGGCACAGGTAGGTGAAGGCGCAAA
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AACAAGAATCTATTTTCCGAGTTATAGCCGCAGTTTTACACATGGGAAATATCGAATTCAAACAAGAAAGAAGTTCGGAT
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AAGCTATAAGCAAATCAACATATGAAAGAATGTTTCGATGGCTGGTAATGAGAATAAATAGATCAATTGACAGAAATAGA
CAAAAAACTAATTTCATTGGCATTCTTGATATTGCTGGCTTTGAAATATTTGAAATAAACTCTTTTGAACAATTGTGTAT
AAACTATACCAACGAGAAATTGCAACAGCTTTTCAATCATACAATGTTTGTGCTAGAACAAGAAGAATACAGAAAAGAAA
ATATCAAATGGGAATTCATTGACTTTGGTCTTGATTTGCAGCCAACTATCGAACTAATTGAAAAGCCAATGGGTATTCTT
TCTTTGTTAGATGAAGAGTGCTTTTTCCCAAAAGCTACCACAAAGACATTTGTTGAAAAATTAATTAAAAACCAATCGAC
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GCTTTGAAGGAAGAAGAATTGAAAAAATCAAAAGAAACTCTCGAAAAGATGACTGCTGATTTCGAAACAACTAAGAAAAA
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AGAGGAACAGAACTTGCAAAAAGCTCAAGCAGACAAATTAAGTGCTGATAAACGAATTAAGGAACTGGAACAAAAAGTGG
CCGAATTAGAAGATAAACTTAACAAGTTAACTAAAGAGAAAAAGTCTCTAGAAGAGCGATTGGCTGATGTTATGTCTACT
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AAGAACACAGAACTACAACTTTCAGAAATATCTCATCGCCTTTCAGAATCTGAAGAACACAAGCTAGATGCTGAATCAAA
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AATCTGAATTATCAGTTCGAAGTCAGTTAGCAGATTTACAAAAGGACTTTGAAGAAGAAACTCGATTAAAATTGAATGCT
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TTTAGAAAGTCACGTACAAGCTCTACAGAGTCAAATGCAAGATGTCAAAAAGAAAGTTGAAGAAGATGCTCAACAGCTAT
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ATTTATTAAATCAATTAACAGAATCTGAGAAGGTCAAAGAAGAGCTGGCCAGACAGATTAAAAAATACCAAGGAAATTCT
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CTTACGTACTTCTGAAAGCAATGTAAACCAATTATCCGAAGACCTTTCGCAGTCTGAACGTGCTAAGAGAACCATTGCAT
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GAGAGTAGCATTTCAGCATTAAGCATGGATAATGAAGAATTGCAATTACTTTTGTCAGAATTAGAAGACAAAAATAAGAA
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TTCCTATTTGGTTTGCTCAATATATAATTGTTTTGATATATTTAATATTTCTATTTTATCAATTTGTGTACTTGGGG
>SMED30014692 ID=SMED30014692|Name=Histone H4|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=464bp
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ATTTTAATAAATTATTTAACTGGATTTTAATTTAAATATGTCGGTTTTGTAAATCCAATTTGTA
>SMED30023593 ID=SMED30023593|Name=Netrin 1|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=1962bp
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GTGCCAATGGAGATCCTAAACCTTGTGAACCATTATTAATAAATTTGGCTCAGCCAATGCATATTGAAGCTAGCTCTACG
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CAATTCTTTAGATCCTAAATTATCAAAATCGTCAAAAATGGTGGTTGATTCACATATACGAGGCAAGGAGACTTGTTGGA
TTTCAGAAGGTGTTCATGAAAGTAGTTATCCAACTAGCGTTAATCTTACATTGGGTTTGAAAAAGAGGTCATTAATATCA
TTTATTACTGTGGAATTATGTGGTCACAACCCGGATGGCATTATTATTTATAAAATGGACAGTGAAACAGATGATTGGTC
TCCTTGGCAATATTTTGCTAAAGACTGTCAACTGACATTTAAGATGCCGGCTTTAACAACGGATACAGTTAATACTTTTT
CCGATATAAATTCATTGAAACCAGTTTGTTTTGATTTGGAAAAAAGTATGGACTATGGAGGAGATGAAAAACTATTCAGA
CTTATCCCATTCAATCCAAGACAAGGCAGAAGTTTTGGAGATGTATTATCTAAAAATGAACAAAACTGGTTGGCAGCTAC
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AGAACTTCGGATGATACTTATCAGTGTGAATGTCAGCACAGTACTGCTGGAAAGGATTGTGAAAAATGCCATGAAGAATT
CAATGATCAACCGTGGAGTTCAGCAACGATTCGAAACCCAGCGGTTTGTAAAAGATGCGAGTGTAACAATCATTCGATAA
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GTCGGCCCTCAGTGTGATCAATGCGCTCCCGGATATTTCCGGCAACATGCTTATCCTATTTACCATAAAAATGCTTGTAA
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GAGTGACTGGGAAAACATGTACCCATTGTGCACCGGGTTATAAACAAACAAATTCCCTAAAGAATCCTTGCAGAAAGATA
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ATTTTGCAGCAAGGAAACAAATTTCAAAGTAAATATCAAGAGTAGAGAATCAAGGGGTCAGTGGATTCGGTTCATTTCTG
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GAAAACAACGGAATTTATGGGCCAAACTGAACTTATTTTAAACCAAAGTGATGTAATTGAGGATTGGAAGGAGACATGGG
AGGAGCAATTTTCTCAGTTTTATACCCAGGATAAAATGGGAAAATGCAATCGGTTTACTCGACAAAAGCGACACGTCAAG
AGGCGTAATTTTGCCTCAACCTATAACCAATATGCTATCTATTCCTGATCATTTGGACCCGGGATTAATTTAATTAACAT
TTTATCTAGCAGCTGAATGTGATGTCTTATTGTATTTATAAA
>SMED30000139 ID=SMED30000139|Name=Macrophage-expressed gene 1 protein|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=2115bp
GTTTGATAAAAGTTATAATTTTATTATTAAATAGTGAAAATGACAATTTTTATGTTGGGTCGAGTAATTTTATTCCTCTC
AATCGGATCCATTTTGGCTGTGCTGGCTGAGGAGAAAGAGCTAAATATTACTCATCCCCACAAAAATATTGCCACTTCGA
ATTTGCCATCAGCCAAATTTGTACATGGATGCCATTTGACCAACAATCAGTATCCATTCAATGTGCTTCCTGGATCTGGC
TGGGATAATTTGTCAAACCGCGAGTTGGGACAAGTTCTAAAAGTAGCCTATTCTCGTTGCAAATCATCCAATGATGGAAC
CTTTCTCATTCCGGACAAAACAAAAATTACGGCGTTTATGAAATCTAGAGTTCAAATGGATTCAGATATTGTAACACACT
TTTCCAAATATTCCTCCTTGACTTCGAAATCAGTAAATCTTGAAGTCAGTTCTGCAACTCCGAATGTTCAGATCAGCGGT
TCATTTTCTTATGAAAAGAAAGACATCAAGGACAATCAAATGAAAGAAAAATCCGCCTTTTCTCAAACTCAGTTAAGATA
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TTATAGAGAATAAAAAGGGTTCAGCTCATGCTCACTATCTCGCTGATTTGATTGTCAGAGATTTCGGAACTCATGTTATT
AAATCTGTTGATGCTGGAGCAATTCTTTCAAAAATTGATGTCCTAAAAGGTGACTATCTTTCAAAACACGAGGGCTCTCA
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GGATTATGTAATAACATTGAAAATGGAAATTTCTTTGGGGGTTTATACCAAAAATGCAGTTTAGACGATGACTCTCTCTG
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TCAAGTATAAATGTGAAGGTGATAACTGTCCTATTTATGAAACCTTCTGGTGTGTCTCTAACGGTAAATCGTCAAAAGGA
TATGAAATTTTTTTCGGAGGAATCTACACAACAAATATTCAGAATCCGTTTTATAGGGCTGACAGTTGTCCGCAATACTT
CTTTCCTGCTAATGTTGGAATTAACGGTAAAGTCTGCATTTCAATGGATAAAGAACTGGGATTTAAAAATAGTTTACCAT
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TCAACATCAACGCATTGAAAACGTCGGCTGGAATAAAAATGATTCTTTCTGAAAATGGATCTTGGGAAACAATGATTCCT
GAATTCTATTCCACGTACAAATATGCAATAATAACAGTGCTATTTCTCGTGCTATTATCCTTGCTTTTCCTGATGGCAGT
TTTAGCTTGGAAGGGTTTTAGACAATTTCTTGGAAGGATTTTCACTAAAATACCTTTAGTGAATAAAAAACAATCAAACC
ATAAACCGATTCGCGTACAAATAAAGGTGACCAGA
>SMED30015696 ID=SMED30015696|Name=Macrophage-expressed gene 1 protein|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=2665bp
AGTCGCGATAGCACGCAACGTCGACATTGCGATGACGTAATCATTGTGAATCTCTACTACAATCGGATCATTCTAATCAC
GTGCATCCTAAAACAATATAAATCTTACAAACGGGAATCCAATTGAACATTTATTTACTCAAGCGTGAAACCAATGATAC
CGTGTAGACTTAATAGTATAATATTGTTTATATTTGTTTATGGAGTTCTATCGGTTTCATGTGAAATTGAACCTAACCGA
GATCAACCATCTTCAAGACGAGTTCATGAGTGTAAACTCACCAGCAACCAATATCCAGTGAATGTTCTTCCCGGATCTGG
GTGGGATAATCTTGAAAACAAAGAACTCGGTCAAGTTTTAGAAATTTCATATAAAGGATGTTTTGGATCGAATGATGGAA
GCTTTCTCATTCCAGACAATGTGGTGATCACCCCAATAAAGAAATCTATTGTCGAGTTAACTTCAGATATATTTGACCAT
TTCTCAAATGTCACCTCTACAACGGCGATGTCTATCAACGCCGATGCCAGTTACTCAACACCAAGCTACAAAATCAGTGG
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TGGATGTCGCGGCAAAAAACCCAGTGACCAATAGTTATGCTTGTCCTGATAACTATGATACCATTGAATTACAAAGTGGA
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TTGGTGTTCTTCTACAAACAAAACGAAAATATCAGAAGGCGCACTTTTCGGGGGATTCTACACTAATACATTTCCGAATC
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GTTTCGTGTTATAATTGACGGAGCGAAATGATGCTTGGAACCTTTTATTATTTCTGTTGAATCTGATCTGTAAATGTTTT
CAGAATATTTTTCTAATAAAATCGTTCTGAAATTTTAAAGTGATCCTTGATGCTATTAAATGATGGACTTTATTGTACCC
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TTCCTTATTTTTATTAGCAATCCGTTTTATTTATAACGACAAATGCTTGATGTTTGAATCAAATTTTTATTATGTTTCTT
AATGAAACATAGTGAACAATGTGCCACTAATTTCATAACCAAGGTCTAATCAAATAGTTTGGGTAGTGAAAGCAATATTA
CAGAGTTTAGGTTTGTCATTCATAT
>SMED30007406 ID=SMED30007406|Name=SMEDWI-1|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=2730bp
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GTCATTTATCGCTGGAGGAGTAACACCACGATGAATCTTGCCAACGAGTTCAGCCAAACGATGGGCATAATGCGTTGGAA
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TTTAGTTGTTTTCTGAGACACCAAGTAAAATTCATAGAAATTGGGTTTCACTATTTTCTCATCAACCACAGTACCAGGAT
TTGGATTAGCCCCATCTTTGAAAAATTTAACACTAATTCTCTTCTTAACCACAACATAAATAATTTGGGGCAAAGTTTGA
TTTTCGTAAATTTTCTCTATCATTTTCATAACAGCATCAGTTTCGAACTTTTTGGTAAATGCTAACTGTGAATCTCCAAC
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TGCCCAAATTTTCGTGAAATTCATTTTTACCTTTAGATGAATTGACAAAACTGATATACTGAGAAAATTTGGCACTAATT
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TTTGCGTAAACTTTATCATCAGGAATGAACACTAATGCCATATGTACCTTGCTTACACGAATAAAATCTGTTAAAGCGTC
TTCAACTTCATTGGATCGACATGAAGATATACTGTCCATTGTGTAATTGATTCTTAATCTTCCTATTTCTCTTTTAACAT
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TCAAATTTAATTTCCCCAAACTTCCAATCATCAGGGATTTTAGTATTAATTTTAACTTCGTTTGAAAATATATCAACTGG
AGCCAATTCACGACCACGAATCGTAATCGGTTGTTCTTCAATACACATCCCCCAGCTCTTCATATAATCTTTTGATTTCC
CAGCTCCGGTCCACTTACAAAAATCTCTTATGTCATTTAATCGTTCTCTAGGCTCACGTTTCAATACGGTTCCTAAATTC
TTTTGCAAATTTATATTACTTCTTTCACTATCCGAAAATCCACATAAATAGCATAATTCACCTGGAATTGATAAACTTTG
ATCTGTTTCTGTAGGTCCTTCAGGTTCATTTTCAGTTTTTTTCTTTTGGGCGAACCATCGATCGCTTGACTCGCGATATA
ACAAATGGTTGTTTGTCATTTTTCAAATTAATGTTATACCGTTGCTTGAAATAATTCAAATAGGATATCTTTTTATCGCC
TAGCTGAACCTCGTCATTAACATCCATTTCTTTAATATCTGAAATTCTATACGTCTTGTTATTATACTTGGTAATTATGT
CCCTTCCTATTAATTGATCAATTTGATCTCGTCGATACACTGATACTACATTGTTTTCATTTAGAACACGATTAATTCTT
TCAAGATAAAGTAAAGTCGAAGCAGTTCCATTTTCATTTGTTCCTCTTGTAATTGTAGTAGAATACCCTCCTAATATCTT
GAAATTGTCCATTTTAAAAAAGCTAGGTCCTTCTCGAATACCACCACTTTCACAATTTGATCCCAGAAAAAATTGTCTAC
CAATTTTTTCTTGTCCCATAAATATTTGAATATTATTAAATACAATATTTATCATCTGATAATATTCTTCAGAATTTTTT
AAAAACGTCGTCAGCAATCGTATGGAAATTTCAACATCTTTGATAACTAAGTTTTCTGTATCTTCATCTGAGTGCCACTT
AGAAGTCGTAAATAATCTTCTGCCATCAAAACAAAATGGTTGACCATTATTTTTGCTGTTTGCATAAGCTAATAATAACT
CTAGCTTAGTACGGATACTTTTATTCTCCATAACTACATCATACATGTAAAATGGTCCTTCGACTTTAATATTAAAGTTA
GCGTAGTTAGACTTGAGACTAACTACTCTTCCATCTTTCCCTATTTTGTCTGTAACTGTATCAGGCTGTAAAGCAGGTTC
AATAATTGCGAATCTTCTTTGGAGACCTCCTCTTCTTGGTCTTAAATTGGGATCACTTGTAACATTAGTTGAATCCATTT
CGTAAATTTGAGTAAAAATGTTAAAACAAAGACTTCGGTTTAAATAAACAAAATATACTATGTAAAACGATAAATATAAT
TGCTTTAATGGTTTATGATTTGTATTATATAATAATAATAATTTAATTTCCCTGTGAATATTATATTAAAATATAGTAAA
AATTACTCGTAAATGTGTGTTAAAGTAATAGGATTAAATTAAAATAAACATTTTACGAAATAAGTTCTAGTCAATTATGA
AGTCTTTTCT
Download Supplemental Table
Figure 1 – source data 2. S2 enriched transcripts from pairwise and/or mixed stage reference comparisons
Criteria for flagging differentially expressed transcripts:
1) Pairwise comparison (S2 vs Y): adjusted p-value < 1e-5 S2 vs mixed reference comparison: adjusted p-value <1e-52) log2 ratio ≥ 2.322 (5-fold upregulation, both comparisons) or log2 ratio ≤ -2.322 (5 fold downregulation, pairwise comparison only)3) Average scaled RPKM value ≥ 1.0 for S24) Transcript has ≥ 1 ORF5) Transcripts derived from transposase or retroviruses were omitted, as were S2 enriched transcripts also upregulated in yolk in the mixed reference comparison.
Tabs in this excel file contain 1) pairwise comparison data (if applicable), 2) mixed stage reference comparison data, 3) cluster membership, average RPKM values across embryogenesis (Y-S8), and in C4 and SX adults, as well as best BLASTx hits (E < 0.001) versus the NR, Swiss-Prot, C. elegans, D. melanogaster, D. rerio, X. tropicalis, M. musculus and H. sapiens REF-Seq databases, 4) GO analysis: Manually curated and categorized Biological Process (BP) GO IDs and 5) GO analysis: unabridged results. S2-S8: Stages 2-8. Y: Yolk. C4: C4 asexual adults. SX: Mature sexual adults
→ yolk syncytium existence ends during or before Stage 2
Expand to see terms that existence overlaps Stage 2
→ embryonic pharynx epithelial cell
→ embryonic pharynx radial muscle cell
→ embryonic pharynx circular muscle cell
→ embryonic pharynx neuron
→ blastomere
→ primitive ectoderm surface
→ embryonic pharynx lumen epithelial surface
→ yolk syncytium
→ embryonic digestive system
→ primitive ectoderm
→ embryonic pharynx
→ primitive ectoderm cell
Expand to see terms that existence starts during or after Stage 2
→ embryonic pharynx epithelial cell
→ embryonic pharynx radial muscle cell
→ embryonic pharynx circular muscle cell
→ embryonic pharynx neuron
→ primitive ectoderm surface
→ embryonic pharynx lumen epithelial surface
→ embryonic digestive system
→ primitive ectoderm
→ embryonic pharynx
→ primitive ectoderm cell
DEPICTED BY:
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EXPLORE ONTOLOGY GRAPH:
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Embryonic Molecular Fate Mapping
All experimental data displayed here is from Davies et. al., 2017, Smed Embryogenesis Molecular Staging Resource
DESCRIPTION:
Embryos undergoing the dynamic process of sphere formation are called protospheres, and appear as loosely adherent masses of shaggy yolk, roughly 200 µm in diameter, in live preparations. During sphere formation some blastomeres differentiate into temporary embryonic tissues, providing form and function to the embryo. The primitive ectoderm forms a single cell layer bounding the sphere. Other blastomeres differentiate into the temporary embryonic pharynx and associated primitive gut cells. The temporary embryonic pharynx is an innervated, muscular pump that ingests yolk into the primitive gut cavity. The primitive gut consists of phagocytic cells associated with the temporary embryonic pharynx. Some undifferentiated blastomeres remain in the embryonic wall, the parenchymal space between the primitive gut and ectoderm.
FIGURES:
IN SITU HYBRIDIZATION DATA:
Click to see image symbols and abbreviations
| Abbreviation or symbol | Definition |
|---|---|
| O | oral hemisphere |
| A | aboral hemisphere |
| D | dorsal |
| V | ventral |
| L | lateral |
| black arrowhead | embryonic pharynx |
| red arrowhead | definitive pharynx |
| black arrows | primitive gut |
| yellow arrows | primitive ectoderm cells |
| cyan arrows | brain |
| cyan arrowheads | nerve cords |
| blue arrowheads | eye progenitors (trail cells) |
| purple arrowheads | eyes |
| scale bar | 100 µm |
SEQUENCES:
smed_20140614 transcript sequences for genes validated by in situ hybridization (above).
>SMED30004304 ID=SMED30004304|Name=Proliferating cell nuclear antigen|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=907bp
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GTAGTAATGATTCCCTAACAATGAAAGCCGCTGATTCAAGTGAAACAATTTCGCTTTTGATAGAATCTGCAAATGAAAAT
GAATTATCTGAATACGAAATAAAATTAATGGACTTGGATGGAGATCACTTAGGTATACCAGATACTGAATATAAGTGCAT
TGTGAAAATGCCGAGTTCAAAGTTACAAAGAATATGTCGAGATTTAAGCCAAATTGGAGAAGCAATCACGATTTGTGTTA
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TCGCCTTTTATAAAAGCAACAACTTTGGAATCACTTGGAAACCTTGGCATTATCTTGCAACAAACTGTTTATCCATGTTC
AATATGAAAGAAACGACAATTCCCAGTCTACAGTTCAATGATTTTCGAATTCAACGTAGAGAACAAGCTGCTAGATGTTT
TCCATTAAAATTGTCGCTAACCGACAACGAGCCAGTTGTGGCTTTCAATACAGTTTTAGAAGGCGCCTATGAAAACGTTG
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AAGGACAAGATTGCGAAAAATGCAAAAAAAACTATTTGGATCTTCCTTGGGCAAGAGCCACAGTAAACTCTCCAGCTCAG
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TGGAGGCGTATGTACAAACTGTCAACACAATACAGCGGGAGTAAGATGCCATTATTGCAATGATGGATACTACAGAGATT
GGACAAAGCCATTAGATCATAAATTCGTTTGTAAAAAGTGTACTTGCCATATCATTGGGGCTAAATTTCCGGATAGATGT
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AAGTAACTCAACAGAAACCCCATGCGTAAAATATATTCAAATGGAGTCAGCTGAAAACAAATGCAAAGCGTGTGATTCGA
AAAGAACTAGAATTAGATTTCAAAAATTCTGTCGCAAAGACGCAGTGTTTTCTGCGACTTTACAATCTCAAGAAATCATT
GGGGATTTTATTCGGTTTGATGTCACAGTTGATAATATCTGGCATAGTAAAAATTCAATCAAAGATTTATATCCTGGAAT
ATTTAGCCAGCCCATAATGCGCCCTTCAAGCAAGTCCAGACTAAATAACAGGCCTACAAATCCGATATGGCTGAAATTGA
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GAAAATGTCATCTTATATGATATTAAATACACATTGCAAGCCAAGCAAGAAACTTTTACTGCCAAGGATGTTTTTAATAT
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ATCAATGTATTACTCAATAATTTACAAGTAATGTTAGGTCAAGAAAGAATTGGTAAAGGTTATTTTTTAAGCCCAAATAT
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GATAACTCTGTTATGAAGGCATACAACAGAAGAAGTATCGATCAGTTGATAGGCAGAGATATCATAACAAAATATAATAA
CAAAACTTATAGGATAAGTGAAATAAAAGAAATGAACGTAGATGAGAAATTTGAAATGGGTGGTAGAACTTTATCGTATG
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AGAGAAGGACATGACTCTCAATATTCCTGGAGAGTTGTGTTTCTTATGTGGGTTTTCAGATCAAGAGAAATCGAATATGG
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TTTAGTCTTTAGAGATGGTGTTGGAGATAACCAACTTCAATTTACTAAAAATTTTGAAGTTGATGCAATGAAACCGCTTA
TTGAAAATATATACAAAGGCAACGGATTCCCTGTTCCACAAATCATTTATGTCATCGTAAAGAAAAGAGTCGGCACTAAG
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AAAAAGGTACTATGGATCCTATGGCACCGAATGAGCTGCAAAAGATTACCTATGCTCTAACTCATTTATATTTCAATTGG
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TGATTACTATCCCAATTGTGGATTTAATTGTTTCTGAAAGCTGTTCATTCAAATTCTTCTGAAATCCATATTGATTCGTA
AGCAGCCTGTATTTGAATACTAAAATTGATAAAGTAGTTATAAGTATTGTAAAAGTATTAAATATTTGTTTATGTTATTC
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TTACGCATAATAAATCTTACGAAATTTCTGAATACAACTGCTGGTGATCGGGATATTGAATGCCGGGTCGTTTGAATTAA
TAATACAAATGCTTTCGATTATTGTCATTAATATTTTCTCCAGTGCGTAATGGGCCAGAGTTCCGGTGCCATGATTAATG
GTTCCTAAATTTTAGAAATAACATTTTGAATGACATGTTAAATGTGTATATAATAAATTTTCTAGTTTTTTTGCTAAGAT
TTTGAGAAATTTTAGTTACCTGTTTTTGTTAATTGCTTTGATAATTTCAATGCTGACACGTGCAGAATTTCACACATCTC
CAGCAGTCGACTGAATTCTTGGATTTTGTTTGATACAATTATGCTTGCAGATGTTATGGCGCATAGATCCAAGAAGGCTG
TGAATCTTGGGTCTTGTTTTGTAAAGGAAGCTTTGTAAAATATGATGGGACAGTTGCACATAAATTCTAGGAATCCAGAT
TTTAGGCAAGATTGAAGTAATGTTGAATGGTTCTATTATAGAATAATCAGTTGCACTTTTAGATAACCAATATACCACAA
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CTTTTTTGATATTGTAAACCGAAATGATTACTAGAATTCATTGTTTCGTCAAGAGATTTCGCGAAACTCTGAATATTATC
TGATTGATTTGATACTATTCCTTGGAGTTTACAAATTGATTTCAGTTCCAAATTCATACTATTGTGTTCTGCTGATTTGC
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TTGTGTAACCATGGAAGTAATTGTGAATAGTTATAGTGCTCGCTCTGCATAAAATAATATTTAATCAGTGCTTTAAAGTA
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ACATTTGAAATTTACGCGTTACCATAAAATGTCTGAAGTGGTCCAAAGCAATAAAAGCTTAAAAAGAAAGTTCTTGTTTT
TAAATGTATTGGGATATACTCCCACTAACCTTCCGTACTCCGCTGCCTCCCTTCCCATCACATACAATATTTGCTAGTTC
TACTTACAGAGTTGAAAATCGAAAAATTTTCCCAGTCAATGTCCATGATTATGCTGAATAAATTTTGTCCGAACATAATA
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TAAAACGGGAAGCACTAGCCGATAAGATTCCAAATATAGCCAATGAAAAAGAAACTCATCAAAATGAACTGGAATCAAAA
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CAAATTTTGGTTCATTTGTTGCATATCTTAATATAACTTTAGGAATAAGGTATATTGTTATAATAGATCCCGGAATCAGT
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GGATCTGGTAAGTACACCTTTCATTGGACCGGTGATAATTCGGCAAATTGGGATCAGTTAGCCAATTCAATCAGGCAAGT
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GCATATTTTCCAACTGGAGTCTGGTATGATGGATACACAAATCAAGTCGTCCATTCAGGACCAATTGGAAAATGGATCAG
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CTACGTCATCTCGCAATGGTCCTTGCTTTTTATATTGTGCTCTTTCTCTTAACAGAACTGCTTCTGGCGAATTGTATTGG
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>SMED30022921 ID=SMED30022921|Name=Netrin 1|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=1370bp
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GCTGTTGGTGGACGCTGCAAATGCAATGGCCATGCTAATCGATGTTTGATTGATGATAACGATGAAATCAAGTGTGACTG
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TCTATTAAAC
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TTTACTCTGTCGACCAAAATTAAAAGAAACAGATCAAAGACGATTTAATACGCCAGAAACTTATCCCAACCGATGCGGAG
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AGAAAAGTCTACTTCAACAACAACGACAACGATCAGTCAGCCAGTAACGGTAAGAAAAGTCTGCATCTATTCCAACTGGT
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GGGAAAGAGAAAATTTGATCAAGCGATTAAAAGATATTGAATCAGATGCTCAAGAATGCGAGTCAAGAGAGATGGAAACA
AAAGACAAATGCAATAAATTGGAAATCGAGAAAAATAAATTACAAAATGAAATTTCACAGCTTAGCCAAAATTTAGAATC
AGAGGAACAGAACTTGCAAAAAGCTCAAGCAGACAAATTAAGTGCTGATAAACGAATTAAGGAACTGGAACAAAAAGTGG
CCGAATTAGAAGATAAACTTAACAAGTTAACTAAAGAGAAAAAGTCTCTAGAAGAGCGATTGGCTGATGTTATGTCTACT
TTGGCGGAAGAAGAAGAAAAGAGTAAACAATTAACGAAACTCAAATCCCGTCACGAAACAAGTATCACTGAATTAGAAGA
GAGATTGAGCAGAGAACAAGCAGCTCGACAAGATTTAGAAAAAACAAAGAGACGACTAGAAACTGAATTGTCTGAAAAAT
CTGATAATTTATCATCTCAAAGCCATACATATGAAGAAATTAGAATTACTCTTGAACGAGCAGAAACACAAATAATTCAA
ATGCAAGCTAAATTAGATGAAGAAACAACGGCAAAATCGTTGGCTCAGAGACAAATTCGAGACGCAGAAAACGTAATCAC
CGAAATCAAAGAAGATCTTGAAGCTGAAAAACGTTCAAAAGAGAGAGCTGAAAAAGCTAAGAGAGATTTAGCCGAAGAAA
TAGAATCTCTTAAAATGGAATTACTCGATACGGGAAATACATCAGAAGAACAGCAAAGCGTATTGCGCAAAAAAGAAGTT
GAATTACAAAATTTTAAAAAATCTTTTGAAGATGAAACAAAACGAACTGAACTTGAAATGCAAGAAATTCGTAAAAAAGC
CGCAGTAACGATTGAAAACCTCAACAATCAAATAGAAGCTGCTAACAAATCAAAACTTGTTGTTGAAAAGGCTAAATTAC
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AAGAACACAGAACTACAACTTTCAGAAATATCTCATCGCCTTTCAGAATCTGAAGAACACAAGCTAGATGCTGAATCAAA
ACTTAAAAAACAAACCGAGTTGGCTGACAAATTGGCTATGAATCTCGAAGAAATTGAAAGCAAATTGTCGCAATTAACTA
AATCTGAATTATCAGTTCGAAGTCAGTTAGCAGATTTACAAAAGGACTTTGAAGAAGAAACTCGATTAAAATTGAATGCT
CAAACTACATTAAGGCAGTTAGAAAGTCAATTTGCTTTATTAAAAGATCAATTAGAAGAGGAGCAACAATCAAAAGAAAA
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TAGAATTTGATGAATCTCGTAAAAAAGTAATGCGTGAACGAGAAGAATTGCAGATTAGACTTGAAGAAGCAATCAATCAG
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AATGACGATAAACTTTCGGAATTGGAAAATGCAAAATCCTTACTGACTCGGCAATTGAATGAATTGGTTTCGAGCAAAGA
TGATGTTGGTAAAAATGTTGGCAGTTTAGAAAAGGCTAAAATTCAATTAGAAACCGATTTAGAGAATTGTAAAGTTACTA
TTGAAGAATTAGAAGAAGAAAATGCAACTCTTCAAATGAATAAAGAACGAGTTGAAATGCAATTAACTGCTACTAAAGCC
CAACTGGATAGGGAGCTAGCTTCCAAAGATGAAATGCACGATGAACAGTTCAGAATTATAAACAAAAAGCTTCGTGATGC
AGAAGCGGCACTTGAAGAAGAGCAGAAATCCAAAACAGCTATGGTTTCATTGAAAAAGAAAATAGAAAATGAGAACATGG
ATTTATTAAATCAATTAACAGAATCTGAGAAGGTCAAAGAAGAGCTGGCCAGACAGATTAAAAAATACCAAGGAAATTCT
AGCAATCTTCAAAGAGAAATGCAAGAACTTGTTGCTGCTAAAAATGATTATTTGAAGCAGATTAAAGAACTAGAAAAGCG
CTTACGTACTTCTGAAAGCAATGTAAACCAATTATCCGAAGACCTTTCGCAGTCTGAACGTGCTAAGAGAACCATTGCAT
CTGAAAGAGATGAAGCTTTAGAAGAAATTGCCACAATCACTATGGCTAGGGATACAGCTATTGCAGATAAAAAACGTATT
GAGAGTAGCATTTCAGCATTAAGCATGGATAATGAAGAATTGCAATTACTTTTGTCAGAATTAGAAGACAAAAATAAGAA
AATTATTTCTCAGTTAGAACAAGTTCAAAATGAATTAAATGTTGAACGACAAAATATAAGTAGATTAGAAAATCAAAAAT
CAACTGCCGAAAGACTGAATAAAGAATTGCATGATAAAATTGAAGAATTGGAAATGGAAGCTGGTAAAAAATATAAAGCT
ACAGTTGCTGCTCAACAAAGTAAAATCCAAAGTCTTGATTCTCAGCTGGACGCTAAAATTGAGGAAATAAACCAAGCTAA
TAGAAATAACAAGAAACTAGAAAGAAAGTTGAAAGAAATTATGGCTCTTATGGCTGATGAAACAAAGCGGGCTGACAATG
CAATCGAACAGATTGAAAAAGCCACTGGCAGATTTAAAAAAGCAGAGAGAAGTTTACAGATGGAACAAGAAAACAATTCT
GCTCTAAGTACACAAAATCGCCGATTACAACGAGATTTGGAAGAAGTAAATGAAACCAAAGAAGCACGGGACCAAGAAAT
TAAAATTCTTAAAACCAAAATCGACAGATTGGAAAAAAGAACACGCGCTGGGGGTCGACCTCTTAGAGGAGACGGTGGAT
CTGATGATGGGTTATCTGGAGATGGAGAATCCGTAACTGATTCTGCTTTAAAATCTGTTCAAGAAGACTAATTCAATAAG
TCCTAAAATGAACAATAAATTCTTGAATAATTAGTTAATACAAAAATTTTTGAATAATTTATATTTGGACTAACTTTTAA
TTCCTATTTGGTTTGCTCAATATATAATTGTTTTGATATATTTAATATTTCTATTTTATCAATTTGTGTACTTGGGG
>SMED30014692 ID=SMED30014692|Name=Histone H4|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=464bp
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GGCACAGAAAAGTATTGCGTGATAATATTCAAGGAATCACTAAACCTGCAATTAGACGTTTAGCAAGAAGAGGTGGCGTT
AAACGAATATCTGGGCTGATTTATGAAGAAACACGAGGTGTGCTGAAGGTTTTTCTGGAAAATATCATCCGCGATGCTGT
CACATATACGGAACACGCGAAGCGAAAAACCGTGACTGCAATGGATGTTGTTTATGCTTTGAAACGTCAAGGTCGAACTC
TTTATGGGTTCGGTGGATAATCATTTTGTATTTTATTATTTAATGTTGTAATTGCTATAATTGTTGCTAGTATTAATCTT
ATTTTAATAAATTATTTAACTGGATTTTAATTTAAATATGTCGGTTTTGTAAATCCAATTTGTA
>SMED30023593 ID=SMED30023593|Name=Netrin 1|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=1962bp
GATCTTGAAATTCTTTTTAAAATTTCTAATCTTATTCATTGGTCTTGTGGCCTTAAATGGAGAACTGCAGACCTGCTACA
GTGCCAATGGAGATCCTAAACCTTGTGAACCATTATTAATAAATTTGGCTCAGCCAATGCATATTGAAGCTAGCTCTACG
TGTGGAGAAAACGGAGCGGAAAGTATTTGTACAGAATGGTTTGACAAACTAGGAAAAGCTCATAAGTCCTGTGAGAAATG
CAATTCTTTAGATCCTAAATTATCAAAATCGTCAAAAATGGTGGTTGATTCACATATACGAGGCAAGGAGACTTGTTGGA
TTTCAGAAGGTGTTCATGAAAGTAGTTATCCAACTAGCGTTAATCTTACATTGGGTTTGAAAAAGAGGTCATTAATATCA
TTTATTACTGTGGAATTATGTGGTCACAACCCGGATGGCATTATTATTTATAAAATGGACAGTGAAACAGATGATTGGTC
TCCTTGGCAATATTTTGCTAAAGACTGTCAACTGACATTTAAGATGCCGGCTTTAACAACGGATACAGTTAATACTTTTT
CCGATATAAATTCATTGAAACCAGTTTGTTTTGATTTGGAAAAAAGTATGGACTATGGAGGAGATGAAAAACTATTCAGA
CTTATCCCATTCAATCCAAGACAAGGCAGAAGTTTTGGAGATGTATTATCTAAAAATGAACAAAACTGGTTGGCAGCTAC
AGAAATACGAATCAGTTATATTCTAACTCCTAAAGAACATTACGGAAATCTGCTGTTGAGAGAAAAGCGAAATGCAGAAA
ATCCTGTTTATCATTTTGGTTCATCTGATATAATGATTGGTGGGCAACCTTTATGTCATGGACATGCTTCGAGAATAATC
AGAACTTCGGATGATACTTATCAGTGTGAATGTCAGCACAGTACTGCTGGAAAGGATTGTGAAAAATGCCATGAAGAATT
CAATGATCAACCGTGGAGTTCAGCAACGATTCGAAACCCAGCGGTTTGTAAAAGATGCGAGTGTAACAATCATTCGATAA
AATGTGTATTCGATTTTAATGTTTTCCTGAAATCTGGTAGAATTCATGGCAGTTCTTGCATAGATTGTGGTGATAACACT
GTCGGCCCTCAGTGTGATCAATGCGCTCCCGGATATTTCCGGCAACATGCTTATCCTATTTACCATAAAAATGCTTGTAA
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GAGTGACTGGGAAAACATGTACCCATTGTGCACCGGGTTATAAACAAACAAATTCCCTAAAGAATCCTTGCAGAAAGATA
TCAAAATTGCGTCATTTAGTGAAATCAAATTCGAGTTGCGATTTTTGTCAAAGGAAAAGTAAAAGAATTAATTTTAAGAG
ATTTTGCAGCAAGGAAACAAATTTCAAAGTAAATATCAAGAGTAGAGAATCAAGGGGTCAGTGGATTCGGTTCATTTCTG
AAATCGAACAGGTCTGGACAAGAAATCAACAAGATCCCCGAGTATCCCAACTTAATCTAGAATCTAGTGAAGGGACTTCG
ATGTGGGTTCATAAAGATCTCGTGGACTGCGGTTGCGTTGATTTTGAATTCGGTCATTCATATTTAGTCATGGCCAATGT
GAAAACAACGGAATTTATGGGCCAAACTGAACTTATTTTAAACCAAAGTGATGTAATTGAGGATTGGAAGGAGACATGGG
AGGAGCAATTTTCTCAGTTTTATACCCAGGATAAAATGGGAAAATGCAATCGGTTTACTCGACAAAAGCGACACGTCAAG
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>SMED30000139 ID=SMED30000139|Name=Macrophage-expressed gene 1 protein|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=2115bp
GTTTGATAAAAGTTATAATTTTATTATTAAATAGTGAAAATGACAATTTTTATGTTGGGTCGAGTAATTTTATTCCTCTC
AATCGGATCCATTTTGGCTGTGCTGGCTGAGGAGAAAGAGCTAAATATTACTCATCCCCACAAAAATATTGCCACTTCGA
ATTTGCCATCAGCCAAATTTGTACATGGATGCCATTTGACCAACAATCAGTATCCATTCAATGTGCTTCCTGGATCTGGC
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GGATTATGTAATAACATTGAAAATGGAAATTTCTTTGGGGGTTTATACCAAAAATGCAGTTTAGACGATGACTCTCTCTG
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GAATTCTATTCCACGTACAAATATGCAATAATAACAGTGCTATTTCTCGTGCTATTATCCTTGCTTTTCCTGATGGCAGT
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>SMED30015696 ID=SMED30015696|Name=Macrophage-expressed gene 1 protein|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=2665bp
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CGTGTAGACTTAATAGTATAATATTGTTTATATTTGTTTATGGAGTTCTATCGGTTTCATGTGAAATTGAACCTAACCGA
GATCAACCATCTTCAAGACGAGTTCATGAGTGTAAACTCACCAGCAACCAATATCCAGTGAATGTTCTTCCCGGATCTGG
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ATCATTTTCATTTGAAAAAATAAGAATAAAAAACGATCAAATCAAAGAAAAGTCGTCGATTTCGAGATCCCAGTTAAGAC
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CAGAATATTTTTCTAATAAAATCGTTCTGAAATTTTAAAGTGATCCTTGATGCTATTAAATGATGGACTTTATTGTACCC
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AATGAAACATAGTGAACAATGTGCCACTAATTTCATAACCAAGGTCTAATCAAATAGTTTGGGTAGTGAAAGCAATATTA
CAGAGTTTAGGTTTGTCATTCATAT
>SMED30007406 ID=SMED30007406|Name=SMEDWI-1|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=2730bp
AATCGAATACATAAAAATTTATTTGACACCAAATACAAAGAGACATTAATCTACAAGTAAAATAAGCGTTCGCGAATTCT
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TGCTTTAATGGTTTATGATTTGTATTATATAATAATAATAATTTAATTTCCCTGTGAATATTATATTAAAATATAGTAAA
AATTACTCGTAAATGTGTGTTAAAGTAATAGGATTAAATTAAAATAAACATTTTACGAAATAAGTTCTAGTCAATTATGA
AGTCTTTTCT
Download Supplemental Table
Figure 1 – source data 2. S2 enriched transcripts from pairwise and/or mixed stage reference comparisons
Criteria for flagging differentially expressed transcripts:
1) Pairwise comparison (S2 vs Y): adjusted p-value < 1e-5 S2 vs mixed reference comparison: adjusted p-value <1e-52) log2 ratio ≥ 2.322 (5-fold upregulation, both comparisons) or log2 ratio ≤ -2.322 (5 fold downregulation, pairwise comparison only)3) Average scaled RPKM value ≥ 1.0 for S24) Transcript has ≥ 1 ORF5) Transcripts derived from transposase or retroviruses were omitted, as were S2 enriched transcripts also upregulated in yolk in the mixed reference comparison.
Tabs in this excel file contain 1) pairwise comparison data (if applicable), 2) mixed stage reference comparison data, 3) cluster membership, average RPKM values across embryogenesis (Y-S8), and in C4 and SX adults, as well as best BLASTx hits (E < 0.001) versus the NR, Swiss-Prot, C. elegans, D. melanogaster, D. rerio, X. tropicalis, M. musculus and H. sapiens REF-Seq databases, 4) GO analysis: Manually curated and categorized Biological Process (BP) GO IDs and 5) GO analysis: unabridged results. S2-S8: Stages 2-8. Y: Yolk. C4: C4 asexual adults. SX: Mature sexual adults
