Stage 2

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Planarian Anatomy Ontology Class Overview

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NAME:

  Stage 2


DEFINITON:

  A stage of Smed embryonic development defined by a unique gene expression signature and morphology, 2 - 3 days post-egg capsule deposition at 20˚C. Sphere formation. A fraction of the blastomeres differentiate into temporary embryonic tissues that provide form and function to the embryo. Undifferentiated blastomeres remain in the embryonic wall.


TERM DEFINITION CITATIONS:

  PMID:28072387


TERM CITATIONS:

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TERM ID:

  PLANA:0000002


ABOUT THIS TERM:

Stage 2

  ↳is a embryo stage


  → yolk syncytium existence ends during or before Stage 2





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Embryonic Molecular Fate Mapping


All experimental data displayed here is from Davies et. al., 2017, Smed Embryogenesis Molecular Staging Resource


DESCRIPTION:   

Embryos undergoing the dynamic process of sphere formation are called protospheres, and appear as loosely adherent masses of shaggy yolk, roughly 200 µm in diameter, in live preparations. During sphere formation some blastomeres differentiate into temporary embryonic tissues, providing form and function to the embryo. The primitive ectoderm forms a single cell layer bounding the sphere. Other blastomeres differentiate into the temporary embryonic pharynx and associated primitive gut cells. The temporary embryonic pharynx is an innervated, muscular pump that ingests yolk into the primitive gut cavity. The primitive gut consists of phagocytic cells associated with the temporary embryonic pharynx. Some undifferentiated blastomeres remain in the embryonic wall, the parenchymal space between the primitive gut and ectoderm.


 

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FIGURES:


Brightfield images of live Stage 2 (S2) embryos harvested for RNA-Sequencing (left), a paraffin embedded S2 embryo sectioned and stained with hematoxylin and eosin (middle), and heat maps for S2 enriched transcripts (right). Scale bars: 100 µm.

 

Figure 1 – figure supplement 4. Mean centered expression and average RPKM profiles for S2 enriched transcripts. Organized by cluster membership presented shown in the heat map and S2 enriched transcript excel file (

 

 

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IN SITU HYBRIDIZATION DATA:


Smed IDAccessionNameAliasExpressed during stage(s)Tissue/PatternImages
SMED30018602ATP dependent RNA helicase DDX5DDX5-likeStage 2, Stage 3, Stage 4embryonic digestive system, primitive ectoderm, embryonic pharynx, blastomere
SMED30001900Bruno-like proteinbruli-1Stage 2, Stage 3, Stage 4, Stage 5, Stage 6, Stage 7, Stage 8neoblast, blastomere
SMED30023322Cathepsin LCTSL-likeStage 2, Stage 3, Stage 4, Stage 5, Stage 6embryonic digestive system, embryonic gut cell, primitive gut cell, embryonic pharynx
SMED30003202Eukaryotic initiation factor 4A-like ProteineIF4a-likeStage 2, Stage 3, Stage 4embryonic digestive system, primitive ectoderm, embryonic pharynx, blastomere
SMED30007290AFF18488.1GATA456gata456aStage 2, Stage 5, Stage 6, Stage 7, Stage 8embryonic digestive system, gut, digestive system, gamma neoblast, embryonic pharynx
SMED30014940Gelsolingelsolin-likeStage 2, Stage 3, Stage 4, Stage 5embryonic digestive system, primitive ectoderm cell, primitive ectoderm, embryonic pharynx
SMED30033466Histone H4Stage 2, Stage 3, Stage 4, Stage 5, Stage 6, Stage 7, Stage 8embryonic digestive system, neoblast, primitive ectoderm, embryonic pharynx, blastomere
SMED30005748AFF18489.1HNF4hnf-4Stage 2, Stage 5, Stage 6, Stage 7, Stage 8embryonic digestive system, gut, digestive system, gamma neoblast, embryonic pharynx
SMED30028442Lysosomal alpha-glucosidaseStage 2, Stage 3, Stage 4, Stage 5, Stage 6embryonic digestive system, embryonic gut cell, primitive gut cell, embryonic pharynx
SMED30015696Macrophage-expressed gene 1 proteinMPEG1-like-3Stage 2, Stage 3, Stage 4, Stage 5embryonic digestive system, embryonic gut cell, primitive gut cell, embryonic pharynx
SMED30025388Myosin heavy chainDj-mhcStage 2, Stage 3, Stage 4, Stage 5, Stage 6, Stage 7, Stage 8embryonic digestive system, musculature system, muscle cell, embryonic pharynx
SMED30023593Netrin 1netrin-likeStage 2, Stage 3, Stage 4embryonic digestive system, embryonic pharynx
SMED30004304Proliferating cell nuclear antigenPCNAStage 2, Stage 3, Stage 4, Stage 5, Stage 6, Stage 7, Stage 8neoblast, blastomere
SMED30010115AFJ24744.1ribonucleoside diphosphate reductase subunit M2-2RRM2-2Stage 2, Stage 3, Stage 4, Stage 5, Stage 6, Stage 7, Stage 8neoblast, blastomere
SMED30007406Q2Q5Y9SMEDWI-1piwi-1Stage 2, Stage 3, Stage 4, Stage 5, Stage 6, Stage 7, Stage 8neoblast, blastomere
SMED30014446Q2Q5Y8SMEDWI-2piwi-2Stage 2, Stage 3, Stage 4, Stage 5, Stage 6, Stage 7, Stage 8neoblast, blastomere
SMED30001362ACC97187.1SMEDWI-3piwi-3Stage 2, Stage 3, Stage 4, Stage 5, Stage 6, Stage 7, Stage 8neoblast, blastomere
SMED30035063AFD29620.1SOXP-2SOXP-2Stage 2, Stage 3, Stage 4, Stage 5, Stage 6, Stage 7, Stage 8neoblast, sigma neoblast, blastomere
SMED30032088Spondin-1spondin1-likeStage 2, Stage 3, Stage 4primitive ectoderm cell, primitive ectoderm, blastomere
SMED30027646Transcription factor BTF3BTF3-likeStage 2, Stage 3, Stage 4embryonic digestive system, primitive ectoderm, embryonic pharynx, blastomere
SMED30025427Translationally controlled tumor proteintct-likeStage 2, Stage 3, Stage 4embryonic digestive system, primitive ectoderm, embryonic pharynx, blastomere
SMED30013909AHC00376.1tud-1tud-1Stage 2, Stage 3, Stage 4, Stage 5, Stage 6, Stage 7, Stage 8neoblast, blastomere
Click to see image symbols and abbreviations
Abbreviation or symbolDefinition
Ooral hemisphere
Aaboral hemisphere
Ddorsal
Vventral
Llateral
black arrowheadembryonic pharynx
red arrowheaddefinitive pharynx
black arrowsprimitive gut
yellow arrowsprimitive ectoderm cells
cyan arrowsbrain
cyan arrowheadsnerve cords
blue arrowheadseye progenitors (trail cells)
purple arrowheadseyes
scale bar100 µm

 

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SEQUENCES:

smed_20140614 transcript sequences for genes validated by in situ hybridization (above).

>SMED30004304 ID=SMED30004304|Name=Proliferating cell nuclear antigen|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=907bp
CTAAAAGGTAATAATTTAAATTTAATTAGAACATTGTTTTAATATTCGGTTATATTCTCCATTATTCTAAATTATGTTTG
AAGCAAAATTAATAAAAGGCGAAGTTTGGAAAAAGGTTATAGAAGCTATAAAAGACTTAGTACAAGAAGCAACATTGGAT
TGCTCAGAAAATGGAATTAGTCTTCAAGCCATGGATACATCTCATGTGTCCTTAGTTAGTATGCTTCTTCGAAGTGATGG
TTTTGAGACTTATCGATGTGATAGAAATGTCAATCTCGGTCTTAATATAACAAGTGTTTCAAAAATTTTAAAGGCGCTTG
GTAGTAATGATTCCCTAACAATGAAAGCCGCTGATTCAAGTGAAACAATTTCGCTTTTGATAGAATCTGCAAATGAAAAT
GAATTATCTGAATACGAAATAAAATTAATGGACTTGGATGGAGATCACTTAGGTATACCAGATACTGAATATAAGTGCAT
TGTGAAAATGCCGAGTTCAAAGTTACAAAGAATATGTCGAGATTTAAGCCAAATTGGAGAAGCAATCACGATTTGTGTTA
CTAAAGATGGTGTAACTTTTGCTGCTGCTGGAGATCTAGGAAAAGGAGCTATAAAACTTAATCAAAATTCTAGTGCTGAC
AAAGAAAATGAAGGAGTAACTATTGAAATGACCGAACCTGTTTCGATGACATATTCATTGAGGTATTTCAATATGTTTAC
AAAGGCTGCACCTCTTTCTTCTCAAGTATCTCTGTCGTTGACTGAAAATGTTCCAGCAGTTATTGAGTTCATAATCGAAG
ATTTGGGATTTATTCGATATTACCTAGCTCCTAAAATCGAAGACGACGAGTGAAAGTTTAACTATTAATGTTGTATGTTT
AATAGATGTTATTTTGTTTAAAAAAAA
>SMED30025482 ID=SMED30025482|Name=Histone H4|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=552bp
TGTCATTATCAAAATATTTTCAATATATAATAAATCAGAAATCACTAAACAGTCATTACTAAACTATTCTAACTCAAAAT
GTCTGGTCGAGGAAAAGGAGGAAAAGGCTTAGGTAAAGGTGGAGCTAAAAGACATAGAAAAGTTTTGCGAGACAACATCC
AAGGAATCACGAAACCAGCTATTAGAAGGTTAGCTCGCAGAGGTGGCGTGAAAAGAATTTCTGGTCTTATCTATGAAGAA
ACTAGAGGTGTTTTAAAGGTTTTCCTTGAAAACGTAATCAGAGATGCTGTTACTTACACTGAACATGCTAAGCGTAAGAC
AGTCACAGCTATGGATGTTGTTTATGCACTTAAACGACAAGGTCGTACTTTATACGGTTTTGGAGGGCCACAAATGTTGA
TTGTAGTGAATTGTTCAAATATTGTTATTCTATCTAGTAATTCTCAGCAATTTTATTAACGTTATTTAGAAATTAATTTT
ACAATTGCTAATTTCGAATGTTATATCTGGTGTCAATGTTCAGTTATATTATTTTACAAATGACTTGAAATG
>SMED30012792 ID=SMED30012792|Name=Netrin 1|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=2046bp
CATCTGCGTGCGAGATCGAGTGCTGACTGATTTGAAGAATACCATTTTTGCAATACAAAAAAACACATGAAAATTCTTTC
TCCGCCACAATATACAACGGACACAAAATAAAGATTCACTTTTTTAATTCATATCAAAAAGAAAAAATCAATATCAAAAC
AAACGAAGTGAAAACCCCACAAGAAAAATGTGCAGATATATTTTCACAGTTTATTTTTCAATGTTTTACAAATTTGTGCT
ATCGCAGTTACACATGAATAATTTGACTCCCAGTCCATGCTACGCTCACGGATCCGCATATCAGTGCATGCCTCCATTCA
CAAACATTGTAGAGAATATGATTCCAAAGATCGAAACCCTATGTAAAAAGAAGGAAGTCTGTCCTATAAAATCTCCAAGG
GATAATTTAATCACAGATTATCACTTGACTCACAATCAAACATGCTGGAAGTCAGTTCCGCTACAAGCTAATCATGTAAA
TATTACGTTTTCATTTGCTAAGAGATTTGAAGTTTATTACATCTCTTTGACACCATGCGAATCAGGAATTCCCAACGCCA
TCGCCTTTTATAAAAGCAACAACTTTGGAATCACTTGGAAACCTTGGCATTATCTTGCAACAAACTGTTTATCCATGTTC
AATATGAAAGAAACGACAATTCCCAGTCTACAGTTCAATGATTTTCGAATTCAACGTAGAGAACAAGCTGCTAGATGTTT
TCCATTAAAATTGTCGCTAACCGACAACGAGCCAGTTGTGGCTTTCAATACAGTTTTAGAAGGCGCCTATGAAAACGTTG
GGGATTCCAGCTTGATTGACTGGATGAGTGCGTCTGATATTCGGATTACATTGTTCAAATTTGACAATCCTAAACCGAAA
AAGTCGAATATTTTCCGATTCGCTAGAAATTCTCCGAAGAAAATTTTGTCAATTTCCGACATTTCAATAGGTGGACGATG
CAAATGCAATGGTCATGCAAATGCTTGCAATAAAAATCCTATAACGAATAAAATTGAATGCGTTTGTCAGCATAACACTG
AAGGACAAGATTGCGAAAAATGCAAAAAAAACTATTTGGATCTTCCTTGGGCAAGAGCCACAGTAAACTCTCCAGCTCAG
TGTAAAAAATGTGAATGCAATTTGCACTCTTCAAACTGCTATTTCAGTCAAGATCTTTACATTCTTCGAAAGCAAATCAC
TGGAGGCGTATGTACAAACTGTCAACACAATACAGCGGGAGTAAGATGCCATTATTGCAATGATGGATACTACAGAGATT
GGACAAAGCCATTAGATCATAAATTCGTTTGTAAAAAGTGTACTTGCCATATCATTGGGGCTAAATTTCCGGATAGATGT
GATAAAAGAACAGGACAGTGCTTGTGTAAAAGTGGTGTAACGGGAGAAATGTGTAATAGATGCGCATCAGGATTTAGACA
AAGTAACTCAACAGAAACCCCATGCGTAAAATATATTCAAATGGAGTCAGCTGAAAACAAATGCAAAGCGTGTGATTCGA
AAAGAACTAGAATTAGATTTCAAAAATTCTGTCGCAAAGACGCAGTGTTTTCTGCGACTTTACAATCTCAAGAAATCATT
GGGGATTTTATTCGGTTTGATGTCACAGTTGATAATATCTGGCATAGTAAAAATTCAATCAAAGATTTATATCCTGGAAT
ATTTAGCCAGCCCATAATGCGCCCTTCAAGCAAGTCCAGACTAAATAACAGGCCTACAAATCCGATATGGCTGAAATTGA
GGGACCTGAAATGCAACTGTGTCCAGTTGCAACTGGGGCAAACCTATTTATTAATTATCAAATCAACGACTTATCACTAT
CAAAATCGTGCGGAGCTTCTCATCAAATCTCCTCGAAGCATCATTTTAACATGGAATCCGACATGGAAACGACGACTCAA
TAGATTTAAACAAAAAAAAGAAAAAGGCGAATGCTCAAAATTTCAAAATCGTTCTCCGTTTCGAAAACCGGTGAACTGGT
CAACGCCGAATTACAGAACTGACTCAAATAATTTGTAAAGTTTCTC
>SMED30029163 ID=SMED30029163|Name=Histone H4|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=537bp
AGGTTACAGTTTTTCAACTAATACCTCAAAGAAATAATGAAAGATGGACAGTAGAGTTTTGTCACCATCAGGAGACCAAG
TGTCATTTAGGATGATAATAGCCCAGTTAAGGAATCTTGCTGATCTAATCAATGCCAAAAATATTACAAAATTTCGATTT
AAAAGAAGCTAAAGGAGAAAAATTACACGGAAAAGTTCAGAGGTACAACATCCAAGGCATCCCTAGGTCTGCAATTAAAC
GATTAGCACAAAAAAGAGGTGTGAAAAGAATTCATGGGCTTATTTACAAAGAAACAATATATGTTATCAAGTTAGTCCTT
GAAAATGTCATCTTATATGATATTAAATACACATTGCAAGCCAAGCAAGAAACTTTTACTGCCAAGGATGTTTTTAATAT
TCTTGAATGTTTGGAGTTTTCTATTTTGTGATAACATCCTTCCCCAAATGAAAGTTATCAGATCATTTTGCAAAGTTTGT
GAGAAGGGATATATATTTACCAACAAGAAAAATGTTTTGAATTTAAGAATAGGACTC
>SMED30014446 ID=SMED30014446|Name=SMEDWI-2|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=4773bp
ATTTAATTTTCGAAAAAAAATATGGAGGAAATACCAGTAAAAGTAGCTAAACTTGAAGCGAATGGAAGTGAAACAAGAGG
TAAAATGGGAAATCGTGGTGGCCTGAGAAGAACATTTAGAATTGTTGAACCTAACTTGCAACCTGCTGATATCACTGAAA
AAACAGGAAACATAGGAAGAACAGTTAAATTACAATCAAATTTTACCAAATTCTCTGTTTTGCGTTCAGAAAAGTTCATG
ATGTATGATTCCGTGTTTTCTCAAGTTGGTTTGTCACCCAAAGTAAAATTACAGTTTATTGTTCGAGTCTGCCAAGAAAA
TAAATTGCCAGGGGCTTTTTGTTTTGATGGAAGACGTCTATTTACTAGTGAAAAATGGCATGGAGAATCGGACATTCAAG
AATTTAGTCATGATGAAAAAAAAATGACACTAAGATTGGTATCAACTATCCTTCCTGAAACTGAAGAATATTACCAAATG
ATCAATGTATTACTCAATAATTTACAAGTAATGTTAGGTCAAGAAAGAATTGGTAAAGGTTATTTTTTAAGCCCAAATAT
TACAAAAGATGAAGTTCCCCGTAATTCTGGACCGACATTTTTTGAAACCAATAGTTTTAAAGTTCTTGGGGGCTTTGGTA
CAACTTTACAAAGAGGCACAAAACCAACTGGTGAATTAACCACTCTTTTATATATTGAGCGTATTAACAGAGTATTAAAC
GATAACTCTGTTATGAAGGCATACAACAGAAGAAGTATCGATCAGTTGATAGGCAGAGATATCATAACAAAATATAATAA
CAAAACTTATAGGATAAGTGAAATAAAAGAAATGAACGTAGATGAGAAATTTGAAATGGGTGGTAGAACTTTATCGTATG
CCGAATATTTTAAGGAACGATATAATATTCGATTAACTCAAGGCGATCAACCATTTGTTCTAACGCGAGTGAAGAAACCA
ATGCGTCGAGAAAGAAAGAAAAAAGACGAAGAAGGAGTGGAAAAAGAGAAAGAAAAAGAACGCGAAAAAGAGGCTCCAGA
AGAGAAGGACATGACTCTCAATATTCCTGGAGAGTTGTGTTTCTTATGTGGGTTTTCAGATCAAGAGAAATCGAATATGG
ATCTGCAGAAGAATTTAGGGTGCGTTTTAAAAAGAGAGCCACGTGAAAGATTGGATGATATACCAGCTTATTGTAACTGG
ATTAAAAATAGTGATGCGGCAACTGGAATGTGCAATAAATGGCAGCTGAAAATAGATAACAAACCATTAGAAATCGAAGG
TAGAGAATTACCTCCATGCGATGTAATAAGTGGTGGCAGCAAAATTAATGAAAAAATGGGAGATGATTGGAAATTTGGTC
GAGTTCAATTTGATATTAAGCGTGATCGTAAGCATGAAATCGATGTGGTCATCGTTGATCGAAATGACTTTCAGTATAAA
AATTTTATGAATGATGTGGAACAAGAATTAAGAAACATGAGAATTGATGCTCGAGTTGGAAAGGTTAATACTTGTGGTCC
AAATGATGTTGAAAGATGTTTGAATGATGCCGCTAGAAGTGGAAGTGGGTGTGCTAAAATGGCGCTGGTATTCGTCCCAG
ATGATAGAGTATATGCCAAGGTGAAATCATTTACCATGAGTACTGGTCTTTTAACCCAATGTGTAACAACACGTAATGGT
ACTAATAGAAACGATAAACGAAGAAAGGTGGTTTCAAGTAAAACCGTGATGCAAATATTTGCAAAATTCGGATATGATCC
ATGGACAGTTGAAATTAAATTGAGACCAACTATGATTGTCGGTATGGATACCTATCATAACAAGTCCAGCAAGAAATCAA
TTCAAGCATCTGTATTTTCGATCAACAGCACATTTACACAATATATGAGCTTTGTTAATTCTCCTAAAGGACGTCAGGAA
TTCCACGAAACTTTAGGCAAAAATTTCAATTTAGCGTTAGAAGATTTCAAGAAACGTTATGACATATTGCCCCAGCGAAT
TTTAGTCTTTAGAGATGGTGTTGGAGATAACCAACTTCAATTTACTAAAAATTTTGAAGTTGATGCAATGAAACCGCTTA
TTGAAAATATATACAAAGGCAACGGATTCCCTGTTCCACAAATCATTTATGTCATCGTAAAGAAAAGAGTCGGCACTAAG
CTTTTCAACAGAGGAAATAATCCAAATCCTGGAACTGTTGTGGATAAAGAAATTGTCAAACCGAATTTCTATGAATTTTT
CCTAGTTTCACAAAGAACAACGAAAGGAACTGCAACTCCAACTAATTATAATGTTTTAGAAGATACTCGATTGCTAACGA
AAAAAGGTACTATGGATCCTATGGCACCGAATGAGCTGCAAAAGATTACCTATGCTCTAACTCATTTATATTTCAATTGG
ATGGGAACTATCCGAGTTCCGGTTCCAGTGCATTATGCGCATAGATTGGCTGAATTAGTTGGAAAGGTGCATAAGGGCTC
TAATCCCGTTGCCATTAATGAAAGAATAAGAAATAGGCTCTTCTATTTATAAAAAGATCAAAACTTACATTTTTCTGTGT
TGATTACTATCCCAATTGTGGATTTAATTGTTTCTGAAAGCTGTTCATTCAAATTCTTCTGAAATCCATATTGATTCGTA
AGCAGCCTGTATTTGAATACTAAAATTGATAAAGTAGTTATAAGTATTGTAAAAGTATTAAATATTTGTTTATGTTATTC
GTAATACACTTGGGTTATTGCAATGTTTTAGTTGTTTTTCAATGATAATAAAGCTTAGCTGTATAAATTCTTTTAGGTTT
TTTAGAAGGTTTATTTATATCGTGTAATTGATTGTCGTGTTAATATTAATTAAATAAAAGTTTGATGTAATTGCTTTGTG
TTACGCATAATAAATCTTACGAAATTTCTGAATACAACTGCTGGTGATCGGGATATTGAATGCCGGGTCGTTTGAATTAA
TAATACAAATGCTTTCGATTATTGTCATTAATATTTTCTCCAGTGCGTAATGGGCCAGAGTTCCGGTGCCATGATTAATG
GTTCCTAAATTTTAGAAATAACATTTTGAATGACATGTTAAATGTGTATATAATAAATTTTCTAGTTTTTTTGCTAAGAT
TTTGAGAAATTTTAGTTACCTGTTTTTGTTAATTGCTTTGATAATTTCAATGCTGACACGTGCAGAATTTCACACATCTC
CAGCAGTCGACTGAATTCTTGGATTTTGTTTGATACAATTATGCTTGCAGATGTTATGGCGCATAGATCCAAGAAGGCTG
TGAATCTTGGGTCTTGTTTTGTAAAGGAAGCTTTGTAAAATATGATGGGACAGTTGCACATAAATTCTAGGAATCCAGAT
TTTAGGCAAGATTGAAGTAATGTTGAATGGTTCTATTATAGAATAATCAGTTGCACTTTTAGATAACCAATATACCACAA
AGAGCCATCCGCAAATTTTGAAAGCCCAAAGCATTGAATCGTTGTCTATGTTACTCAGTATAGACAGCAGTAAAATGGCG
CTTTTTTGATATTGTAAACCGAAATGATTACTAGAATTCATTGTTTCGTCAAGAGATTTCGCGAAACTCTGAATATTATC
TGATTGATTTGATACTATTCCTTGGAGTTTACAAATTGATTTCAGTTCCAAATTCATACTATTGTGTTCTGCTGATTTGC
TACTATTGGAGCTCTATAAGGAATTATTAGAATCAATTTTGGTTTGATAGTGGGTTTTGCAATCATTGGCTTATTGTGGG
TTGTGTAACCATGGAAGTAATTGTGAATAGTTATAGTGCTCGCTCTGCATAAAATAATATTTAATCAGTGCTTTAAAGTA
GATTTTTAACGATTATTATGAAAGATTTCTCTTATATATTAATGTTTTTGTATCCTTCAAAAGTTTACTAAAAATAATGC
ACATTTGAAATTTACGCGTTACCATAAAATGTCTGAAGTGGTCCAAAGCAATAAAAGCTTAAAAAGAAAGTTCTTGTTTT
TAAATGTATTGGGATATACTCCCACTAACCTTCCGTACTCCGCTGCCTCCCTTCCCATCACATACAATATTTGCTAGTTC
TACTTACAGAGTTGAAAATCGAAAAATTTTCCCAGTCAATGTCCATGATTATGCTGAATAAATTTTGTCCGAACATAATA
GAGATTGCCTCAGCCAGTATTTCTTTCGTTGTTGAGTTTTGATGAATGACATGTGAGACTAAATTTATGGACAACCATTG
ATTTTGGTTTTGCTGAAGTTGAGACTTCTTACGGTAAAGATAAACACGAAATAATGATAAACTCTAATCAAAAGATATTA
CAAACAAATATTATGATATCAAAACCTTCTGTCGAACCAAGGCACTTGTGTGAGATAATAAATGAAGAATGAATTCGAAA
AAGAAGTCATAATTCGAACATCGCTCCAGAATGCTGTCACTGACTTTGACTTCAATCACATTTTCCAATATTGAAATCAG
ACCGGCGATCACATGGACCCTTGATGATTCAGACTGACCACTGATTACGGGTTGATCGGTTAAATTATCTAGAGATTAAA
ATAATAGTCGGTAAAGGAAATTATCCATATAAACGGGAAACAGAAAAGTTTTAACCATGGTTTCAAAAGCTTTTGGGACT
ACCCCCAGCTTTGCAAAACAATTTTTTAACGCTCTTGTTATGACTTGAATCAACATTGTACAATTGTTACAATAGACTTG
ATGATTTACTTATTTACACCCCATCTAAATTGTTTCTTAACCCTTTGCCACCC
>SMED30027701 ID=SMED30027701|Name=ATP dependent RNA helicase DDX5|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=2292bp
ATAATAATAATTGTTGTTATTATTTGATGAAACAATGAAGAATAGTGTCGATGTTTACTAGACATACAAGCCGTTACAAC
AAAGCGGCACATTTACGGGACTAAGCTGACATGTCCATAAATGGTCTATGTTAGCCGTGTGGGCGCATATCTGTGTGCAT
CAACACGGTAATTTCTCACACGAGCCGGTGGAGTGGTCTCGTTCATCGTGTTGCTGATAACCACCGAATGATGGTTTGCT
GTTGCCAAATAGCTCATCAGCCTCAGAGATTTGTGTCGTCGACCGGGGTGGTCGATGGAGCCACAGGTTTTGTCACTGGT
TTCCCACCAAGAAAGCCCGTGACACGACATCGCTTCGTGGTTCTGGTGATCACTCGGCGCGACTTCAATGACACACAGAA
AGACACATAGACAACTGTCCGGTCTCTTATGGGAGTACGTGGATATTGATGATATTGAATATGTCATCAATTATGATTAT
CCGAGCAAGTTAGAGGATTATATACATAGAATTGGCAGAACAGCTAGAAGCGGCAAAAAGGGAATCGCGTATACATTTTT
CAATCCCATGAAAGATAAGCCTAGACAAGCACAAGATCTAATTATGATTCTGGAAGAAGCAAAGCAAGAAGTTCCAACGG
AATTAAGAGACGTTGCTTCAAATCGAATACCTAGCAAACGATTTAAAAGTAAAAGAAATCGATCTCGTAGTAAACAGCGA
TCAAATAGTCCTAAAAGGTCAAGAAGTCGAAGAAGTAGAAGAAGATCAAAGAGTTCCAAAAAATCGAGAAGTCGTAGTCG
TAGACGATCTCGCAGTCCAAAACGTCGATCGAGAAGTAATCGTAGAAGGCGCTCACGTAGTGTAAGAAGAAGATCTCGGA
GTATTCGAAGATCAAGAAGTAGAAGACGTCGATCTAGAAGTAATCCAAGAAGATCAATAAATAGACGTCGAAGAGCAGAA
AGTAGAAGAAGAAGCAGAAGTCGGAATGATAGAAGATTGGCTGTTCCTAGACGACGACGCGTTTCACCTACTCCACCAAG
GTTACGTAGAAGAAAAAGCAGTTCCAGCAGTATATCAGGAAGTCAGTCTAGTGATTCTCGTTCCAATAGTAGCGTCTCAA
TAAAACGGGAAGCACTAGCCGATAAGATTCCAAATATAGCCAATGAAAAAGAAACTCATCAAAATGAACTGGAATCAAAA
CTTCATGACGAATTGAGTTCGGAAAATAGAGAGCCATTGGATATCCAATTGACAGTTAATGAAAATGAATTTGAAATCGA
AATGTCGAAATCAAGATTGAAAAAAGATATTGGGGAAGAGAGAAATAAAGAAAACAAAGTATACGAAAATTGCATGTGGC
AAAATAACTTTGCGGAAGAGGTTTTTGAAGTGCCTCCCGTTGTTGCACACCACGAGGTCGATATGGATATTGATGAATAT
CGAAAGTCATTTGATGCATTGAATCAAACAAGGCAAAAGGAGAAATTATTCGATTCTATTCGGAAAATAATAAAAATCGA
TGACGCTGCAAAACAGCGACCGATAGAAGTTATGACTAATGAAGAAATCGATATTATAACAACTGTTGAGCAGCCACCTG
TTAAAATGACGGCAGAGAAATCTGTCCAATACGAAGAACCGGAATTGGATAATATTGCAATGAAGGAATCAATCAAATCA
GATGTTGAAGTACTTTTGGAAAAATCCACTGAAAAGGATCAAAAAGTCAAAGTTCTGGAGTCTGACGAGGAACCTAAAAC
CTCCAATAAATCTAATTTGGATGAAAAATGTAAAAGTCGAAATAAATCCGATAATCAACATAGTTCAAGAGATGATCGTG
ATGAGAAATTTAAAAAAAGCAAAAATGAAAGCGATAAATCCAAGCGCACCGAAGACAAAAGCGATTCTAGAGTGGATAAT
AGAAAAGAGAGCAAACGTGACTCGAAAGGTGAACCACGTGTTTCTCGTTGGGAGATTCATTCATCGAATAAAAATGAAGA
AATCAAAGCGATGGGAAAGTGGGAAACTAAATCTGAGCTTAATCAAGATAAATGTGAAGCTGAAAAAACGTTTGATAGTA
AAGAGGAAAAACCTTGTAATATGCTCGAAGAAAAAAAGTTGGAAAAGAAGCATGAGCCGAAAGATGACAAGAAGCGGGAT
CATAAAGATGAAAAGAAACACGAACAGAGAGAAGATAAAAAACGTGATCATAAAGAGGATAAAAAACACGAAACGAAAGA
CGATAAGAAACATGAAGTGAAAGAAGAAAAGAAACATGAAACGAAAGACGAC
>SMED30020956 ID=SMED30020956|Name=Lysosomal alpha-glucosidase|organism=Schmidtea mediterranea sexual|type=transcript|length=2869bp
GTAAAGTGCTAAATTTCAAGATGATGTATAGAGAAAATGAATGACCAAAGTACAAAATATAAAGATATTTAAGTAATAAA
ATTGAATTCCGAACTTAAATTGAAATGTTGAAGTTATTGTTGATAATCTCCTTGAACTTTATAATCGTGTCCAATGCTCT
CCAATGTTCAGTACCGAATAACAATTATAGGCTAGACTGCTTTCCTGGGTCCAATGCAAATCAGAACGATTGTTTGGCTA
GAGGATGTTGTTGGTCACCACCGGAAACCCGGGAATATAGTCAGAATAATCCGACTATTCCATACTGCTACTTTCCAATA
GAATATCCAAACTACCAAATTAATTCATTCACTCCTACCGATCGAGGATTCAAAGCTCGTCTAACAAAACAACAAAAATC
ATTTTTACCGAAGGAAATATTAAATTTGAACTTTGAAGTGATCTTTGAGACAAATACTCGATTGAGAATAAGAATCACCG
ATCCGAATGTGCAAAGATTTGAAGTTCCGATTCAGCTTGGATCTCCTGATCCGACTCCACCTTCAAATGTTCAATATAAA
TTCACAATGCCCACAAATGGTTCTTTTGGATTCGAAGTCAAAAGAAATTCCGACGGATTGAGCTTGTTCAAAACATTTGG
TCCTCTATTGTATTCTGATCAGTTCATACAAATATCTTCTTTGATGTCAATCCAACACGTTTATGGAATCGGAGAACAGA
ATCGTCCATTTCTACATGATTTGTCTACTCAATGGGAAAGAATAGGACTGTGGGCACGCGATAATGGAATAGATACATAT
AATAATTTATATGGTACTCACCCGTTTTATATGTCACTGCCTGATTCTGGAGAAGCGTTTGGAGTTTATTATTTCAATAG
CAATGCACAAGAATTTGTTTTACAACCGGCTCCAGCGATTACTTACCGAACAATCGGAGGAATACTCGATATTTTCATTT
TTTCAGGTGGAACACCGGAAACAACCGTTAGTCAATACACTGAATTAATAGGAAGACCAATGCTTCCTCCGTTTTGGTCT
CTTGGATTCCATCTATCAAAATACGGTTATAAAAGTATTGCTGATGTTTCTAACACTCTGTATAGAAATATTAATATAAG
CATACCAATAGAGGTCCAGTGGTCTGACATTGATTACATGGACAAATATAAAGACTTCACATCCGATCCGATCAAATATG
CAAATTTTGGTTCATTTGTTGCATATCTTAATATAACTTTAGGAATAAGGTATATTGTTATAATAGATCCCGGAATCAGT
ATACAAAGTCCCGGTGCATATTCCCCATATGATGAAGGACTTGAAATGAACTTATATATTAAAGATGCGAATACTAAGAA
ACCTTTAATTGGACAGGTTTGGCCAGGGGAAACATGTTATCCTGATTTTACTCATCCTAATGCTTCAAAGTATTGGTCAA
ATCAAATTCAAAGATTTCATTCTCAAGTACCAATAGATGGTTTGTGGATTGATATGAATGAACCATCAAATTTCTACGAT
GGATCTAGAACCGGATGCGCTCTAAATAATCCGTATGACTATCCATTCTTTGTACCGACAATCAGAGATGGTTCGTTAAT
TAAAAAAACAATATGTTCATCTTCTCTTCATTATAACAATGTCATGCATTACAACTTGCATAATTTATATGGTTACACCG
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GCGTAGTTAGACTTGAGACTAACTACTCTTCCATCTTTCCCTATTTTGTCTGTAACTGTATCAGGCTGTAAAGCAGGTTC
AATAATTGCGAATCTTCTTTGGAGACCTCCTCTTCTTGGTCTTAAATTGGGATCACTTGTAACATTAGTTGAATCCATTT
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Figure 1 – source data 2. S2 enriched transcripts from pairwise and/or mixed stage reference comparisons
Criteria for flagging differentially expressed transcripts:

1) Pairwise comparison (S2 vs Y): adjusted p-value < 1e-5 S2 vs mixed reference comparison: adjusted p-value <1e-52) log2 ratio ≥ 2.322 (5-fold upregulation, both comparisons) or log2 ratio ≤ -2.322 (5 fold downregulation, pairwise comparison only)3) Average scaled RPKM value ≥ 1.0 for S24) Transcript has ≥ 1 ORF5) Transcripts derived from transposase or retroviruses were omitted, as were S2 enriched transcripts also upregulated in yolk in the mixed reference comparison.

Tabs in this excel file contain 1) pairwise comparison data (if applicable), 2) mixed stage reference comparison data, 3) cluster membership, average RPKM values across embryogenesis (Y-S8), and in C4 and SX adults, as well as best BLASTx hits (E < 0.001) versus the NR, Swiss-Prot, C. elegans, D. melanogaster, D. rerio, X. tropicalis, M. musculus and H. sapiens REF-Seq databases, 4) GO analysis: Manually curated and categorized Biological Process (BP) GO IDs and 5) GO analysis: unabridged results. S2-S8: Stages 2-8. Y: Yolk. C4: C4 asexual adults. SX: Mature sexual adults

 

 

 

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